ePDB Европейский белковый банк данных

1. Сибирский федеральный университет Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Кафедра биофизики ePDBЕвропейский белковый банк данных Выполнила: магистрант 1 года, Авсиевич Т. И.

2. (http://www.ebi.ac.uk/pdbe/)

3. Преимущества • Обработка 1/3 данных • As of 23 May 2012 the PDB contains 81756 entries (latest entries, latest compounds) and EMDB contains 1364 entries (latest) • Система Motifs and Sites

4. Параметры поиска

5. PDBePISA (Protein Interfaces, Surfaces and Assemblies)pdbe.org/pisa Расчет: • площади поверхности белков (по отношению к растворителю) • Константы диссоциации; • Вероятность формировнаия четвертичной структуры; • Просмотр отдельных единиц белка (олигомеры, лиганды)

6. PDBeFold (Structure Similarity) pdbe.org/fold • Интерактивный сервис для сравнения белковых структур в 3D • Например: 1sar (рибонуклеаза) со всеми структурами банка

7. PDBeFold (Structure Similarity) pdbe.org/fold • Интерактивный сервис для сравнения белковых структур в 3D • Например: 1sar (рибонуклеаза) со всеми структурами банка

8. Motifs and Sitespdbe.org/pdbemotif • Быстрый и мощный поисковый инструмент, объединяющий последовательность белка, химическую структуру и 3D графику.

10. PDB header search – поиск по заголовкам(ключевые слова, авторы); • Molecule binding – сборка и отображение молекул, связанных с белком • Pair bonds – отображение связей, возниющих между олекулами или их фрагментами; • Motif binding - сравнение элементов вторичной структуры, белковых участков; • 3D Environment – показывает, какие лиганды образуют связи в данной среде

11. Biobar • Посковая система в панели инструментов вашего браузера по протеомным, генетическим, функциональн и др. базам данны. Осуществляет поиск по такми базам как: • European Bioinformatics Institute (EBI), National Center for Biotechnology Information (NCBI) and DNA Data Bank of Japan (DDBJ)

12. Quips