1 / 77

Ferredoxina

Ferredoxina. Helena Abarca Miriam Ejarque Ester García Anna Lluís. Índex. Introducció. Combinacions Mateixa família Diferents famílies Folds Modificacions redox Exemple de complex. Ferredoxines. Què són?.

harken
Download Presentation

Ferredoxina

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Ferredoxina Helena Abarca Miriam Ejarque Ester García Anna Lluís

  2. Índex • Introducció. • Combinacions • Mateixa família • Diferents famílies • Folds • Modificacions redox • Exemple de complex

  3. Ferredoxines. Què són? • Grup de proteïnes involucrades en reaccions REDOX, presents en la natura des dels seus inicis. • Capacitat d’oxidar-se i reduïr-se. • Són proteïnes àcides, petites i solubles que contenen àtoms de ferro i sofre organitzats en clusters Fe-S.

  4. Ferredoxines. Clusters

  5. Ferredoxines. Clusters S =1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 4s2 3d10 4p2

  6. Ferredoxina. Què és? • Proteïna. • Domini. • Fold. • Família • Superfamíla

  7. Ferredoxina. Què és?

  8. Ferredoxina. Objectius Intentar establir si existeix conservació entre els residus que interaccionen amb el cluster Fe-S de les diferents proteïnes d’estudi, tot i que aquestes pertanyin a folds diferents.

  9. Ferredoxina • Classe: a + b • Fold: Ubiquitin-like • Superfamília: 2Fe-2S ferredoxins • Famílies: • 2Fe-2S ferredoxin-related • 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins • Classe: a + b • Fold: Ferredoxin-like • Superfamília: 4Fe-4S ferredoxins • Famílies: • Short-chain ferredoxins • 7-Fe ferredoxin • Archaeal ferredoxins • Single 4Fe-4S cluster f. • Ferredoxin domains from multidomains protein

  10. Ferredoxina. Fold 2Fe-2S ferredoxin-related 4Fe-4S cluster ferredoxin

  11. FoldI. Ubiquitin-like

  12. FoldI. Entre mateixa família

  13. FoldI. Entre mateixa família Aliniament de seqüència. CLUSTALW. % aliniament= 72.41% % identitat = 4.31%

  14. FoldI. Entre mateixa família Alineament d’estructura. STAMP. % aliniament = 69.49% % identitat = 6.78%

  15. FoldI. Entre mateixa família Resultats STAMP: Alignment score Sc = 7.874380 Alignment length Lp = 113 RMS deviation after fitting on 76 atoms = 1.827750 STAMP

  16. FoldI. Entre mateixa família Cys Fe2-S2 Gly Cys Cys Glu Arg Cys STAMP

  17. FoldI. Entre mateixa família (Interaccions) Cluster 2Fe-2S Cys

  18. 2.18A 2.17A 2.2A 2.2A FoldI. Entre mateixa família (Interaccions)

  19. FoldI. Entre diferents famílies.

  20. FoldI. Entre diferents famílies. Aliniament de seqüències. CLUSTALW % similaritat = 82.73% % identitat = 5.45%

  21. FoldI. Entre diferents famílies. Aliniament d’estructura. STAMP avançat. % similaritat = 55.45% % identitat = 4.45%

  22. FoldI. Entre diferents famílies. Resultats STAMP: Alignment score Sc = 5.587478 Alignment length Lp = 123 RMS deviation after fitting on 55 atoms = 2.741937 NO GAIRE BO.... STAMP

  23. FoldI. Entre diferents famílies. Resultats STAMP: Alignment score Sc = 5.582133 Alignment length Lp = 112 RMS deviation after fitting on 51 atoms = 2.588359 LA SUPERPOSICIÓ ESTÀ BÉ... PERÒ ANEM A VEURE EL CLUSTER 2Fe-2S... STAMP avançat

  24. Cluster 2Fe-2S Cys FoldI. Entre diferents famílies. STAMP avançat

  25. S Fe 2.34A 2.18A 2.29A 2.26A Fe S FoldI. Entre diferents famílies. STAMP avançat

  26. FoldI. Entre diferents famílies.

  27. 1eu4A 1e9m FoldI. Entre diferents superfamílies 1l5p4

  28. FoldII. Ferredoxin-like Fins a 49 famílies

  29. FoldII. Entre la mateixa família

  30. FoldII. Entre la mateixa família Aliniament de seqüència. CLUSTALW % similaritat= 64.93% % identitat = 46.45%

  31. FoldII. Entre la mateixa família Aliniament d’estructura. STAMP % similaritat= 100% % identitat = 48.65%

  32. FoldII. Entre la mateixa família STAMP Resultats STAMP: Alignment score Sc = 6.63 RMS = 0.68

  33. FoldII. Entre diferents famílies Aliniament CLUSTALW

  34. FoldII. Entre diferents famílies CXXCXXC…CP Aliniament STAMP

  35. FoldII. Entre diferents famílies STAMP avançat Resultats STAMP: Alignment score Sc = 4.18 RMS = 1.58

  36. Entre diferents folds

  37. Entre diferents folds 2Fe-2S

  38. Ile 6 Ile 3 Gly 10 Glu 76 Val 23 Gly 31 Leu 84 Cluster 2Fe-2S Entre diferents folds 1e9m1

  39. Gly 10 Ile 3 Ile 6 Glu 76 Gly 31 Val 23 Leu 84 Cluster 2Fe-2S Entre diferents folds 1e9m2

  40. Entre diferents folds 4Fe-4S

  41. Glu 37 Cluster 4Fe-4S Cluster 3Fe-4S Ile 9 Pro 50 Entre diferents folds 1h981

  42. Cluster 4Fe-4S Glu 37 Val 3 Cluster 3Fe-4S Pro 50 Ile 9 Ala 53 Entre diferents folds 1e9m2

  43. Entre diferents folds Aliniament CLUSTALW

  44. Entre diferents folds 2Fe2S (1frr) 4Fe4S (1h98)

  45. Entre diferents folds • Es tracta d’un fenomen de convergència evolutiva • Proteïnes de plegaments totalment diferents tenen certes similaritats estructurals i desenvolupen la mateixa funció (transferència d’electrons)

  46. Canvis reducció-oxidacióPutidaredoxina

  47. Putidaredoxin • TIPUS: • - Plant-type [2Fe-2S] (cloroplasts, cianobactèris) • carrier d’electrons entre fotosistema I i ferredoxin-NADP+ reductase • -Vertebrate-type [2Fe-2S] • proteïna soluble que fa de carrier simple entre NADH-putidaredoxin reductasa i diversos tipus de CYP450 involucrats en el metabolisme oxidatiu

  48. C-terminal

  49. Sc 9’19 RMS 0’94

  50. Cys que interaccionen amb el cluster: 39, 45, 48, 86

More Related