1 / 32

Bioinformatic PhD. course

Bioinformatic PhD. course. Bioinformatics Xavier Messeguer Peypoch (http://www.lsi.upc.es/~alggen) LSI Dep. de Llenguatges i Sistemes Informàtics BSC Barcelona Supercomputing Center Universitat Politècnica de Catalunya. Contents. 1. Biological introduction .

iain
Download Presentation

Bioinformatic PhD. course

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Bioinformatic PhD. course Bioinformatics Xavier Messeguer Peypoch (http://www.lsi.upc.es/~alggen) LSI Dep. de Llenguatges i Sistemes Informàtics BSC Barcelona Supercomputing Center Universitat Politècnica de Catalunya

  2. Contents 1. Biological introduction 2. Comparison of short sequences ( up to 10.000bps) Dot Matrix Pairwise alignment Multiple alignment 3. Comparison of large sequences ( more that 10.000bps) Data structures Suffix trees MUMs 4. String matching Exact Extended Approximate 5. Sequence assembly 4. Projects: PROMO, MREPATT, …

  3. Contents 1. Biological introduction 2. Comparison of short sequences ( up to 10.000bps) Dot Matrix Pairwise alignment Multiple alignment 3. Comparison of large sequences ( more that 10.000bps) Data structures Suffix trees MUMs 4. String matching Exact Extended Approximate 5. Sequence assembly 4. Projects: PROMO, MREPATT, …

  4. Genoma Nucli Teixit Cél.lula • El cromosomes contenen les instruccions necessàries per viure i reproduir-se. • Els cromosomes són els volums d’una enciclopèdia anomanada Genoma. Les lletres, les paraules i les frases com són?

  5. Dna STRUCTURE 1953 – Watson and Crick discover the structure of DNA 1953 – Rosalind Franklin X difraction image of DNA

  6. Cromosomes: les lletres Base • Dues cadenes de DNA: • alfabet quatre bases { A, C, G, T} • complementàries (A T, G C) Llavors un cromosoma serà: ... A T A G G C T A C G C A A A C C G G T C T A ...

  7. Cromosomes: les lletres ... G A C T ... ... C T G A .. Llavors G A C T = A G T C Si busquem GACT dins la seqüència CACGACTATACGATATCGACTCATACGAGTCGTACGTA Les paraules i les frases com són?

  8. Cromosomes: les frases i les paraules DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) DNA:

  9. Cromosomes: activació d’una instrucció DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) DNA: RNA: Transcripció

  10. Transcription

  11. Cromosomes: activació d’una instrucció DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) DNA: RNA: RNA: Transcripció Maduració Traducció

  12. Cromosomes: activació d’una instrucció DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) DNA: Com passa dins de la cel.lula? RNA: RNA: Transcripció Maduració Traducció Síntesi

  13. Dogma central de la biologia molecular

  14. Síntesi de les proteïnes Dins la cel.lula: mol/cel tipus mRNA 1500 600 tRNA 200000 >3000 Proteïnes 106 2000

  15. Cromosomes: activació d’una instrucció DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) Transcripció DNA: Maduració RNA: Traducció RNA: Plegament : quines fases té?

  16. Plegament de la proteïna

  17. Proteins

  18. Proteins QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAEKMKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERIEKTINFEKLTEWTNPNTMEKRRVKVYLPQMKIEEKYNLTSVLMALGMTDLFIPSANLTGISSAESLKISQAVHGAFMELSEDGIEMAGSTGVIEDIKHSPESEQFRADHPFLFLIKHNPTNTIVYFGRYWSP

  19. Activació d’una instrucció (a l’inversa) DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) DNA: RNA: RNA: Transcripció Maduració Traducció Plegament

  20. Traducció Alfabet RNA {A,C,G,U} Alfabet proteïnes {A,I,H,…} Traducció RNA: ACUCCAUUCUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAG Maduració Transcripció Gen: RNA: LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA Llavors la informació està codificada com LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA que és la traducció de ACUCCAUUCUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAUAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUACUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAA

  21. Maduració RNA: ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Gen: RNA: La informació UCUCCAUUCUUUAACAGGAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU està distribuïda en trossos ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA Traducció UCUCCAUUCUUUAACAGGAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Maduració Transcripció

  22. Maduració LRRLPGAATXXYRTFAAGTRRRXXXWA Traducció RNA: UCUCCAUUCUUUAACAGGAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Maduració ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Transcripció Gen: RNA:

  23. Transcripció Torrades amb mantega i melmelada Traducció ACUCCAUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Maduració ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Transcripció Gen: …………….ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT…………………... RNA: ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT……………….. RNA: DNA: Gana mati estiu Torrades amb mantegai melmelada ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT………………..

  24. Cromosoma Torrades amb mantega i melmelada Traducció ACUCCAUUUAACAGGGCCAUAUCGGCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAGCACGGAUAUAGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU DNA: Maduració ACUCCAUUCUUUAAACCGUACUACACACACUACUGAUCGACGAUUACGACGACGAAAGGGCCAUAUCGGCUAACUACAUCAUAGACAACAUCACGGAUCGUCUAAGGCCGAGUUAGGUACGAUUAACGUACGACUACCUAUCGUAUAUACAUCACGGAUAUAACCUAUCUACUACGAUUAACACGAUCUAUCGUACGGCAUAUGCAUCGUAUAGCAUCGAUUAGAAU Transcripció Gen: …………….ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT…………………... RNA: ………………...cagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAAT……………….. RNA: DNA: ? Torrades amb mantega i melmelada Els gens ocupen el 8% del genoma

  25. Part d’un cromosoma TACGTATACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGATCGTCGATCGTcagctcgatacgttacgatctacgattacgatcatctatactatactatacgatatatctagatatcgatcta.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAATACGTATACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGATGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTGTCACGTAGCATGCTGACGTACGATCGATTCGATCGATCGTACGATCGTAGCTAGCTAGTCGTAGCGACGTAGGATTCACGTAGCGATGCGTAGCGTAGCATGCTGACGATGCATCGATCGATGCATCATGCTAGCGTAGCTAGCTAGCATGACTGATCGATTAACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGATCGTATGCTAGCTAGCATGCATGCATGCATGCAT

  26. On es troba? TACGTATACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGATCGTCGATCGTCAGCTCGATACGTTACGATCTACGATTACGATCATCTATACTATACTATACGATATATCTAGATATCGATCTA.ACTCCATTCTTTAAACCGTACTACACACACTACTGATCGACGATTACGACGACGAAAGGGCCATATCGGCTAACTACATCATAGACAACATCACGGATCGTCTAAGGCCGAGTTAGGTACGATTAACGTACGACTACCTATCGTATATACATCACGGATATAACCTATCTACTACGATTAACACGATCTATCGTACGGCATATGCATCGTATAGCATCGATTAGAATACGTATACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGCGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGATGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGATGCTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACTGCATCGATGCTATACGACGATCGTAGCTACGTACGATCGTACGACGTACGTTACGTACGATCGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTGTCACGTAGCATGCTGACGTACGATCGATTCGATCGATCGTACGATCGTAGCTAGCTAGTCGTAGCGACGTAGGATTCACGTAGCGATGCGTAGCGTAGCATGCTGACGATGCATCGATCGATGCATCATGCTAGCGTAGCTAGCTAGCATGACTGATCGATTAACGGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGGTACACCGCGCACGATCACACGATGCGACGATGCGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGCTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGATCGTACGACTGCTAGCTACGCATGCCTACGTACGTATCCTACGTACGATCGTGCAGCATCGATGCTACGTACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGACGACGATCGATATTAATGCAATCATGCAGCTGCATGCTAGCGATGCTACGTACGATCGTATGCTAGCTAGCATGCATGCATGCATGCAT

  27. Human genome 3000 milions de bases (27 enciclopèdies catalanes) 2001 – Draft of the human genome • Cromosoma 1: 246Mb • ……. • Cromosoma 22: 47Mb • Cromosoma X: 149Mb • Cromosoma Y: 58Mb

  28. Human chromosomes

  29. What’s in the human genome? “parasitic” repetitive elements gene coding part (2%) gene non- coding part DNA long repeats microsatellites

  30. Annotation

  31. Comparison with another genomes Genbank: http://www.ncbi.nim.nih.gov

  32. Homework • TGDS Javier 14. ZFP161 • NR1H2 Dmitry 15. PROZ • ATP5L2 Ana Iris • MYCL3 David • ETAA16 Patricia • CRYBA2 Rogeli • LOC389199 Atif • NOS3 Aina • FSCN3 Isaac • C9orf122 Maria Merce • MTTS1 Romina • AMELY Guillem • BiT1 Raul

More Related