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生物信息学 Bioinformatics

生物信息学 Bioinformatics. http://zhanglab.njau.edu.cn 选择 “ Undertaken Courses” 点击 “ Bioinformatics （ spring ）” 下载 “参考 ppt”. bioinformation2009@163.com. 密码 : bioinformation. 进入以上公用邮箱下载幻灯片“ ppt10- 上机 2 ” 到电脑桌面. 第四章 DNA 与蛋白质序列分析. 第一节 序列比对 第二节 Blast 应用 第三节 序列功能分析. Question1:

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生物信息学 Bioinformatics

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Presentation Transcript

  1. 生物信息学 Bioinformatics

  2. http://zhanglab.njau.edu.cn 选择“Undertaken Courses” 点击“Bioinformatics（spring）” 下载“参考ppt”

  3. bioinformation2009@163.com 密码: bioinformation 进入以上公用邮箱下载幻灯片“ppt10-上机2” 到电脑桌面

  4. 第四章 DNA与蛋白质序列分析

  5. 第一节 序列比对 第二节 Blast应用 第三节 序列功能分析

  6. Question1: 1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据库？ • Blastn B.Blastp C.tblastn, D.tblastx, • E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt

  7. Question 2: • 什么是HMM？ • 如何进行基因结构的预测？ • Promoter的位置在哪里? • 什么是TSS, 为什么要预测TSS?预测TSS有哪些方法?

  8. 第2节 Blast的应用

  9. 主要的blast程序

  10. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

  11. 具体步骤 1.登陆blast主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果

  12. 第3节 序列功能分析的内容 • 序列组成/分子量/等电点---初级分析 • 酶切位点分析(载体构建) • 基因结构分析/启动子序列分析

  13. Part 1. 初级序列分析 序列的组成/分子量/等电点分析

  14. http://zhanglab.njau.edu.cn/ 点击“BioXM version 2.6 ” 点击“运行”进行安装

  15. 序列组成分析

  16. 序列组成分析

  17. 序列组成分析

  18. A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？）A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？）

  19. 蛋白分子量和等电点

  20. 蛋白分子量和等电点

  21. 蛋白分子量和等电点

  22. 蛋白质分子量/等电点预测 online Compute pI/MW http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html

  23. Part2. 酶切位点分析 只要进行基因工程利用必须用到各种限制性内切酶 如 GGATCC BamHI

  24. Part 3. 基因结构分析/启动子序列分析

  25. 1）基因结构分析: Genomic DNA cDNA

  26. 用softberry预测基因结构 http://www.bio-soft.net

  27. 一个例子: 用softberry预测基因结构

  28. 2)启动子序列分析: 什么是启动子? 启动子序列，一般在TSS之前2000bp， 了解哪个位点是TSS，哪个是起始ATG? promoter TATA TSS ATG

  29. 2)启动子序列分析: 所以，我们必须得到TSS的位置. 如何通过生物信息学方法确定TSS? 首先截取包括ATG之前3000bp和基因的序列采用以下两种方法 1)软件预测,如Softberry; 2)搜索EST数据库;

  30. 分析的目的: 2)首先找到ATG前面约3000: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.

  31. 2)首先截取ATG之前3000bp序列 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.

  32. 方法一: 用softberry预测.

  33. 方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测.

  34. 练习: • (1) 查找序列:AY900120 • (2) 请用两种方法分析该基因可能的TSS? 给出从TSS开始10bp的序列.(提示：首先搜索基因组数据库，获得包括该基因第一个外显子之前3000bp和该基因的基因组序列；然后进行预测：方法1：搜索dbEST数据库；方法2：用softberry的FGENESH进行预测TSS；) • (3) 根据（2）的结果请列出该基因的启动子序列; • (4) 根据（2）的结果请画出该基因的基因结构图（包括外显子和内含子的排列和长度）; • (5) 请预测AF486280基因编码产物的分子量和等电点(可以采用BioXM软件); • (6) 请对AF486280基因序列进行限制性酶切位点分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位点?(可以采用BioXM软件) • (7) 请分析AF486280基因编码产物的亚细胞定位情况; • (8) 请分析AF486280基因编码产物的功能域(domain); • (9) 请分析AF486280基因编码产物序列中有哪些重要的motif?

  35. 练习: • (5) 请预测AY900120基因编码产物的分子量和等电点(可以采用BioXM软件); • (6) 请对AY900120基因序列进行限制性酶切位点分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位点?(可以采用BioXM软件) • (7) 请分析AY900120基因编码产物的功能域(domain);

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