Download
1 / 8
80 likes | 340 Views
ENDOG. Monitorowanie zmienności genetycznej w małych populacjach na postawie danych rodowodowych. Wstęp. ENDOG Autorzy: Juan Pablo Gutierrez Filip Goyache Inne programy CFC - Contribution, Inbreeding (F), Coancestry EVA Software PyPedal Pedig PMx (Population management) ….
E N D
ENDOG Monitorowanie zmienności genetycznej w małych populacjach na postawie danych rodowodowych
Wstęp • ENDOG • Autorzy: • Juan Pablo Gutierrez • Filip Goyache • Inne programy • CFC - Contribution, Inbreeding (F), Coancestry • EVA Software • PyPedal • Pedig • PMx (Population management) • …
Etap I Przygotowanie bazy danych • Rola programu – sprawdzenie poprawności danych: • powtórzone ID osobnika • ten sam osobnik pojawia się jako ojciec i matka • rodzice młodsi od potomstwa • brak informacji o osobniku, który pojawia się jako rodzic • Wszystkie osobniki muszą być uwzględnione w bazie!!!
Etap II Kompletność informacji rodowodowej • liczba pełnych generacji (number of fullytracedgenerations)liczba generacji (g) oddzielających osobnika od najdalszej generacji gdzie 2g przodków jest znana • maksymalna liczba generacji (maximumnumber of generationstraced)liczba generacji oddzielających osobnika od najdalszego przodka • ekwiwalent pełnych generacji (equivalentcompletegenerations)∑ (½)n dla wszystkich znanych przodków osobnika, gdzie n jest liczbą generacji oddzielających osobnika od przodka • Kompletność rodowodów dla określonej liczby pokoleń rodzicielskich
Etap III Analiza zmienności genetycznej • F - Współczynnik inbredu • F - przyrost inbredu na pokolenie • Ne - efektywna wielkość populacji • liczba osobników, która doprowadziłaby do określonego przyrostu współczynnika inbredu przy jednakowym wkładzie genetycznym każdego z nich dla populacji Ft – średni współczynnik inbredu pokoleniu t M – Liczba samców przystępujących do rozrodu F – Liczba samic przystępujących do rozrodu
Etap III Analiza zmienności genetycznej • AR - Współczynnik średniego podobieństwa (averagerelatednesscoefficient)prawdopodobieństwo, że allel losowo wybrany z populacji należy do wybranego osobnika • c - Współczynnik wspólnego pochodzenia (coancestrycoefficient, kinship) • informuje w jakim stopniu osobniki X i Y są do siebie podobne – prawdopodobieństwo, że ich gamety będą zawierały identyczne allele dzięki pochodzeniu od wspólnych przodków • jest równy współczynnikowi inbredu potomstwa podobieństwo różnorodność F,AR, c
Etap IVPrzodkowie i założyciele • Wkład genetyczny (geneticcontribution) • udział genów danego osobnika w puli genów populacji badanej - prawdopodobieństwo, że losowo wybrane z populacji geny pochodzą od danego osobnika • Założyciel - osobnik o nieznanych rodzicach • Przodek - osobnik o dużym wkładzie genetycznym dla populacji, niekoniecznie założyciel • fe- efektywna liczba założycieli (effectivenumber of founders) • fa - efektywna liczba przodków (effectivenumber of ancestors) • minimalna liczba założycieli/przodków niezbędna do wyjaśnienia całej zmienności genetycznej w obrębie populacji
Wartość genetyczna osobnika dla populacji • GCI (geneticconservationindex) • Indeks zachowania zmienności genetycznej (geneticconservationindex - GCI) jest rozumiany jako wkład genetyczny znanych założycieli populacji do zmienności genetycznej danego osobnika. • Gdzie: • pi – proporcja genów założyciela w rodowodzie osobnika • Cel: zachowanie jak najpełniejszego zestawu genów populacji bazowej – wybieramy osobniki o jak najwyższym GCI
