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Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs G é nomique comparative et fonctionnelle

Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs G é nomique comparative et fonctionnelle. Equipe bioinformatique du LIRMM. 6 Permanents V. Berry (MdC, UM2), L. Bréhelin (CR, CNRS), G. Caraux (Prof Agro Mpl), O. Gascuel (DR CNRS), O. Martin (CR, INRA), E . Rivals (CR, CNRS)

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  1. Bio-informatiqueLIRMM MontpellierLogiciels et serveursGénomique comparativeet fonctionnelle

  2. Equipe bioinformatique du LIRMM • 6 Permanents V. Berry (MdC, UM2), L. Bréhelin (CR, CNRS), G. Caraux (Prof Agro Mpl), O. Gascuel (DR CNRS), O. Martin (CR, INRA), E. Rivals (CR, CNRS) • 2 Associés A. Jean-Marie (DR, INRIA), G. Mélançon (Prof, UM3) • 1 Ingénieur Génopole S. Pinloche, puis F. Le Thiec • 8 Doctorants • 1 Post-doctorant

  3. Equipe bioinformatique du LIRMM • Actions • régionales … Génopole Languedoc-Roussillon … • nationales Animation communauté nationale IMPG Lancement de JOBIM (conf. francophone) Responsable de l’ACI IMPBio • internationales Membre du bureau editorial de Systematic Biology Current Protocols in Bioinformatics Comite de Progr. conférences, revues (ECCB, WABI)

  4. Equipe bioinformatique du LIRMM • Collaborations • régionales MP Lefranc, J. Buard (IGH, Montpellier) N Galtier (GPIA, Montpellier) E. Douzery (ISEM, Montpellier) P. Jarne (CEFE, Montpellier) L. Journot (CCIPE, Montpellier) • nationales… • internationales M. Hendy (Massey Univ., NZ) G. Weiner (Australian National University, AU) R. Desper (NCBI, USA) F. Major (Univ. de Montreal, CA) S. Rahmann, M. Vingron (Max Planck Institute, GER)

  5. Equipe bioinformatique du LIRMM • Publications 2002-03 • Discrete Applied Mathematics • Combinatorics, Probability and Computing • Lecture Notes in Computer Science (2 articles) • Journal of Computational Biology (2 articles) • Bioinformatics • Systematic Biology • Proteomics • Molecular Biology and Evolution (3 articles)

  6. Equipe bioinformatique du LIRMM • Valorisation sur le portail web • DTscore recontruction d’arbres de duplication • FastME reconstruction phylogénétique • GAME inférence phylogénétique, estima° de gamma • MSAlign alignement de cartes de minisatellites • STAR recherche de répétitions de motifs • PermutMatrix visualisation de données d’expression • PHYML reconstruction phylogénétique

  7. Equipe bioinformatique du LIRMM • PermutMatrix • Analyse exploratoire d'un tableau de données d’expression qui incorpore la sériation • Seriation optimale avec ou sans structure arborée. • Reprend l’approche de Eisen mais avec réorganisation optimale des feuilles de l’arbre de classification. • Applications : série temporelle, cycle cellulaire

  8. Equipe bioinformatique du LIRMM

  9. Equipe bioinformatique du LIRMM • PermutMatrix • article soumis à Bioinformatics • implication de S. Pinloche • www.lirmm.fr/~caraux/PermutMatrix/ • nombreux retours positifs

  10. Equipe bioinformatique du LIRMM • PHYML • Reconstruction phylogénétique avec maximum de vraisemblance (“meilleures méthodes”) • Modèles de substitution varies Nucléotides JC69,K2P,F81,F84, HKY, TN93, GTR Acides aminés Dayhoff, JTT, mtREV • Aussi précis que fastDNAml, beaucoup + rapide

  11. Equipe bioinformatique du LIRMM • PHYML Précision topologique NJ DNAPARS FastME fastDNAml PHYML

  12. Equipe bioinformatique du LIRMM • PHYML Temps de calcul

  13. Equipe bioinformatique du LIRMM • PHYML • article paru dans Systematic Biology début Oct. • implication de F. Le Thiec • www.lirmm.fr/~guindon/phyml.html • 1100 visites : France, Etats-Unis, Nouvelle-Zélande, Allemagne, Norvège, Canada, Autriche, Royaume-Uni, Suisse, Belgique, Chine…

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