1 / 20

Konwersatorium

Konwersatorium. Statystyka w medycynie. Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN. Plan zajęć: 1 . Wprowadzenie do R – przypomnienie. 2. Metody wizualizacji danych i prezentacji wyników – biblioteka ggplot2.

jeroen
Download Presentation

Konwersatorium

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Konwersatorium Statystyka w medycynie Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN

  2. Plan zajęć: 1. Wprowadzenie do R – przypomnienie. 2. Metody wizualizacji danych i prezentacji wyników – biblioteka ggplot2. 3. Tabele liczebności, iloraz szans, test chi-kwadrat, dokładny test Fishera - zastosowanie w genetyce. 4. Statystyki parametryczne, test t, ANOVA, wartość P – zastosowanie w biologii. 5. Problem wielokrotnego testowania (metody korekcji) – zastosowanie w genomice. 6. Regresja liniowa. 7. Klasyfikatory – zastosowanie w diagnostyce. 8. Ocena jakości klasyfikatorów (ROC) – zastosowanie w epidemiologii. 9. Stratyfikacja populacji, błąd systematyczny, dobór próby. 10. Planowanie eksperymentów biomedycznych.

  3. Poszukiwaniegenów związanych z działaniemsubstancjiuzależniającychorazpoznaniedynamikizmianekspresjigenomuw mózgu poichpodaniu.

  4. Schematdoświadczenia Do doświadczenia wykorzystano sześć substancji: kok, met Tkankę, która stanowiło prązkowie pobrano w czterech punktach czasowych

  5. Wpływjednorazowegopodaniasubstancjiuzależniającychnazachowanie myszy

  6. Wpływjednorazowegopodaniasubstancjiuzależniającychnazachowanie myszy

  7. Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszy Zestaw klatek do pomiaru aktywności motorycznej myszy

  8. n=5 SEM Czas pomiaru Podanie substancji

  9. Wpływjednorazowegopodaniasubstancjiuzależniającychnazachowanie myszy

  10. Wpływpodaniasubstancjiuzależniającychnazachowanie myszy 1 podanie 3 podania

  11. Długotrwałe efekty substancji nagradzających • Uzależnienie • sensytyzacja (np. lokomotoryczna), • tolerancja (np. przeciwbólowa), • zależność fizyczna (np. opiatowa).

  12. Miejsca działania substancji uzależniających

  13. Neurobiologiczne podstawy uzależnień Plastyczność układu nagrody

  14. Molekularne podstawy neuroplastyczności Receptor dla neuroprzekaźnika Przekazywanie sygnału wewnątrz komórki Zmiany aktywności czynników transkrypcyjnych Ekspresja genów

  15. Transkrypcja genów - 20-25 tyś. genów; - regulowana przez czynniki transkrypcyjne; • profil ekspresji • charakterystyczny dla typu komórki Pomiar abundancjitranskryptów

  16. Transkrypcja genów - 20-25 tyś. genów - regulowana przez czynniki transkrypcyjne Pomiar abundancjitranskryptów

  17. Profilowanie ekspresji genów przy pomocy mikromacierzy DNA

  18. Plan eksperymentu 2 Naive 1 C57BL/6J Saline/Vehicle 3 Drug injection 60 min 120 min 240 min 480 min Brain tissue collection 4 5 ~100 Illumina BeadArrays Mouse 6 WholeGenome STRIATUM

  19. Profilowanie ekspresji genów DANE: 6 – substancji + 2 grupy kontrolne 4 - punkty czasowe (1, 2, 4 i 8h od podania substancji) 3 - powtórzenia biologiczne (połączone tkanki od 2 zwierząt 48358 – wyników pomiaru ZADANIE: Identyfikacja genów ulegających zmianą ekspresji po podaniu leków.

  20. WpływpodaniasubstancjiuzależniającychnatranskryptomprążkowiaWpływpodaniasubstancjiuzależniającychnatranskryptomprążkowia Badaliśmy jednorazowe podanie, ktore wywoluja zmiany w fizjologii neuronow Zidentyfikowane transkrypty przedstawiono na tzw. Heatmapie. Wiersze to... koleumny to. Na kazdy punkt trzy. Na kazda substancje cztery punkty czasowe Względny poziom transkryptu przedstawiono kolorem. Czerwony wysoki, niebieski niski

More Related