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x Blast y pour tous. Recherche BLAST 1,2,3,4,5. Choisir sa séquence Choisir le programme BLAST Choisir la banque Choisir les paramètres optionnels … et attendre un peu. séquence. Domaines conservés. Banque non redondante. GO.
E N D
Recherche BLAST 1,2,3,4,5 • Choisir sa séquence • Choisir le programme BLAST • Choisir la banque • Choisir les paramètres optionnels … et attendre un peu
séquence Domaines conservés Banque non redondante GO
ProgrammeEntréeBanque 1 blastn DNA DNA 1 blastp protéine protéines 6 blastx DNA protéines 6 tblastn protéine DNA 36 tblastx DNA DNA
… un ADN peut, potentiellement, coder 6 protéines 5’ CAT CAA 5’ ATC AAC 5’ TCA ACT 5’ CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3’ 3’ GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5’ 5’ GTG GGT 5’ TGG GTA 5’ GGG TAG
Choix de la banque nr = non-redundant (most general database) dbest = database of expressed sequence tags dbsts = database of sequence tag sites gss = genomic survey sequences htgs = high throughput genomic sequence
OPTIONS Chercher des domaines conservés
OPTIONS Entrez! Filter Expect Word size organisme Scoring matrix
OPTIONS RBP4 vs RBP4 avec option FILTRE
Filtre ON
Filtre OFF
program query database taxonomy
Cut-off: .05? 10-10?