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Mapas de ligamiento

Mapas de ligamiento. Luis Barboza Centro para investigaciones en Granos y Semillas (CIGRAS) Universidad de Costa Rica Julio 2009. Griffiths et al. 2008. Posiciones de genes en cromosomas. Mapas de ligamiento genético Hibridación in situ de influorescencia (FISH) Map based cloning.

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Mapas de ligamiento

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Presentation Transcript

  1. Mapas de ligamiento Luis Barboza Centro para investigaciones en Granos y Semillas (CIGRAS) Universidad de Costa Rica Julio 2009

  2. Griffiths et al. 2008 Posiciones de genes en cromosomas • Mapas de ligamiento genético • Hibridación in situ de influorescencia (FISH) • Map based cloning

  3. Meiosis Griffiths et al. 2008

  4. Griffiths et al. 2008

  5. Mapas de ligamiento • No muy precisos debido a: • Dobles recombinantes • Interferencia • Funciones para corregir: • Haldane • Kosambi

  6. Práctica • Lineas recombinantes • Arabidopsis thaliana • Poblaciones inmortales

  7. P1 P2 Parental x Hybrid F1 Het F2 population 50 % F2 F3 Single seed 25 % descent F4 12.5 % procedure 6.3 % F5 3.1 % F6 1.6 % F7 F8 0.8 % Recombinant inbred line (RIL) population Población: RILs Ler×Cvi (Recombinant inbred lines) Parentales Híbrido F1 Descendencia por semilla única “Líneas Inmortales” Broman et al. (2005)

  8. a b a a a a a b b b b b a a b b a b a b a b a b a a a b b a a a a a b b a a a b b b a b P P P P P R R R R R R R R R R R P P R P P R Frecuencia de recombinación (FR):Núm. Recombinantes/ Total población • Ejercicio 1: CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence) FR: (13/20)*100 = 65 cM Conclusión: GAPB A y GAPB B no se encuentran ligados FR > 50 cM

  9. Chi-cuadrado Griffiths et al. 2008

  10. Chi-cuadrado Hipótesis nula: No hay ligamiento (loci son segregados independientemente) Hipotesis alterna: Sí hay ligamiento Hipótesis nula es rechazada Posiblemente hay ligamiento Griffiths et al. 2008

  11. Ejercicio 2: Longitud de inflorescencia Er - Er +

  12. Ejercicio 3

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