Προσδιορισμός γονοτύπων ατόμων σε περιοχές ‘γενετικών δεικτών’

1. Προσδιορισμός γονοτύπων ατόμων σε περιοχές ‘γενετικών δεικτών’ ΓΕΝΕΤΙΚΟΙ ΧΑΡΤΕΣ ΧΡΩΜΟΣΩΜΑΤΩΝ ΧΑΡΤΟΓΡΑΦΗΣΗ ΓΟΝΙΔΙΩΝ ΑΣΘΕΝΕΙΩΝ ΣΥΓΚΡΙΣΗ / ΤΑΥΤΟΠΟΙΗΣΗ ΑΤΟΜΩΝ / ΠΛHΘYΣΜΩΝ

2. Xαρακτηριστικά γενετικού δείκτη Μοναδιαία θέση A1 Μενδελική κληρονόμηση A2 Πολυμορφισμός

3. Μικροδορυφόροι Mοναδιαία αλληλουχία Eπανάληψη 1-5bp Εκκινητές PCR (GT)n (GAC)n (GATA)n …… 1/ 20 Kb στο ανθρώπινο γονιδίωμα

4. Παράδειγμα : μικροδορυφόρος Α 10 ……………………………………ACAACCCTAC CTGGCACTGC ATTGTGGGCC GAAACTTCGG GAGTTATGTG ACACATGAAC CCAAACACTT CATCTACTTC TACCTGGGTC GGGTGGCCAG TCTTCTGTTC AAATCTGGTT AAGAGCATGG ACTGTGCCAA ACACCCAGTG ACCCATCCAA AAACAAGGAC TGCATCCAAA GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT TYCCAAATAC CAGAGACTGA ATCTTCAGCC TTGCTAAGGG AACACCTCGT TTGAATCTGT TGTGTTGTGT ACAGGGCTTC ATTCTCTGTA CAAGTCTGTG GTTATAAAAT TAGTAAAACC GCTTACATTT GTATTTATTT TCTAGTCCAT ACTTCTGTAC CCTGAGCGGC CGCTGGATCC…………………. Εκκινητής 1 Εκκινητής 2 PCR

5. Πειραματική διαδικασία PCR DNAs (1, 2, 3, 4) PCR εκκινητές (σήμανση του εκκινητή 1 με 32P) 2 3 4 1 Marker 2 3 4 1 (bp) 5 120 116 4 4 Ηλεκτροφόρηση 112 4 108 6% πολυακρυλαμίδη 0.5x TBE, 7 M Urea 2 3 104 2 Αυτοραδιογραφία 1 100

6. 6 5 4 3 2 1 1 / 5 6 / 6 2 / 2 2 / 4 2 / 3 1 / 6 1 / 2 3 / 4 ΑΝΑΛΥΣΗ ΓΟΝΟΤΥΠΩΝ

7. Συχνότητα αλληλομόρφου Αριθμός εμφανίσεων του αλληλομόρφου Αριθμός χρωμοσωμάτων που εξετάζονται Ποσοστό ετεροζυγωτίας γενετικού δείκτη Αριθμός ετερόζυγων ατόμων % Χ 100 Σύνολο ατόμων

8. 6 5 4 3 2 1 1 / 5 6 / 6 2 / 2 2 / 4 2 / 3 1 / 6 1 / 2 3 / 4 Α Β Γ Δ Ε ΣΤ Ζ Η Ποσοστό ετεροζυγωτίας: Ετερόζυγα άτομα / σύνολο ατόμων = 6 / 8 = 75% (άτομα μη συγγενικά !!)

9. ‘Αξιολόγηση’ γενετικών δεικτών Συχνότητες αλληλομόρφων Γενετικός δείκτης 1 Αλληλόμορφα : 8 % ετεροζυγωτίας : 20% Γενετικός δείκτης 2 Αλληλόμορφα : 8 % ετεροζυγωτίας : 85%

10. 15 16 13 14 Οικογένεια CEPH # 104 1 2 11 7 8 9 10 12 3 4 5 6 D10S2314 DNA

11. 13293.1 13292.2 13292.1 13293.2 1423.2 1350.1 1420.2 1331.1 1345.1 1346.2 1331.2 1345.2 1420.1 1350.2 1423.1 1346.1 1377.1 1334.2 1334.1 1375.1 1377.2 1408.1 1375.2 1408.2 35.1 23.2 28.2 35.2 28.1 21.1 45.2 37.1 23.1 45.1 21.2 17.1 37.2 17.2 2.2 Άσκηση 1η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA από 40 μη συγγενικά άτομα των οικογενειών CEPH,για τον μικροδορυφόρο D10S2314(*) 2.1 (*)D10S2314: επανάληψη του τετρανουκλεοτιδίου (GATA) στο χρωμόσωμα 10

12. ΠΙΝΑΚΑΣ 1 :Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον D10S2314

13. 1o ZHTOYMENO • Mε βάση τον Πίνακα 1 να υπολογιστούν: • Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και • το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου D10S2314

14. Άσκηση 2η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA 61φοιτητών για τον μικροδορυφόρο DXS101 DΧS101: επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου (CΤΤ) στο χρωμόσωμα Χ

15. 1 2 3* 4 5 6 7 8 9 10 11 121415 16 1718192021222324 252627282930 31 13 12 11 10 9 m m m m m 8 7 6 5 4 3 2 Δείγματα Τετάρτης Τ

16. 1 2 3 4* 5 6 7 8 9 10 11 1213141516 17181920 21 22 2324 25 26 27282930 32 13 12 11 10 9 8 7 6 m m 5 m m m 4 3 2 1 Δείγματα Πέμπτης Π

17. ΠΙΝΑΚΑΣ 2 :Αποτελέσματα ανάλυσης γονοτύπων για τον μικροδορυφόρο DXS101

18. 2o ZHTOYMENO • Mε βάση τον Πίνακα 2 να υπολογιστούν: • Οι συχνότητες των αλληλομόρφων και • το ποσοστό ετεροζυγωτίας του μικροδορυφόρου DXS101

19. Άσκηση 3η Προσδιορισμός γονοτύπων σε δείγματα DNA 55 φοιτητών για τον μικροδορυφόρο DXS101 DΧS101: επανάληψη του τρινουκλεοτιδίου (CΤΤ) στο χρωμόσωμα Χ

20. 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 14 12 13 11 10 m 9 m m m m 8 7 4 3 2 1 Δείγματα Τετάρτης 2012

21. 10 8* 9 11 12 13 1415 16 17 19 20 21 222324 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 12 11 10 9 m m m m m 8 7 6 4 3 2 1 Δείγματα Πέμπτης 2012

22. ΠΙΝΑΚΑΣ 3 :Αποτελέσματα ανάλυσηςτων γονοτύπων σας για τον μικροδορυφόρο DXS101

23. 3o ZHTOYMENO Mε βάση τις εικόνες των πηκτωμάτων των δειγμάτων σας, να καταγράψετε τους γονότυπους στον Πίνακα 3