1 / 13

Svět RNA katalýzy

Svět RNA katalýzy. Daniel Svozil. 1. podzimní škola teoretické a výpočetní chemie ÚOCHB, 29. 10. 2006 , svozil@uochb.cas.cz. Struktura DNA. Centrální dogma. Ribozymy. Nobelova cena za chemii 1989 – Thomas Cech a Sidney Altman

lanza
Download Presentation

Svět RNA katalýzy

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Svět RNA katalýzy Daniel Svozil 1. podzimní škola teoretické a výpočetní chemieÚOCHB, 29. 10. 2006, svozil@uochb.cas.cz

  2. Struktura DNA

  3. Centrální dogma

  4. Ribozymy • Nobelova cena za chemii 1989 – Thomas Cech a Sidney Altman • RNA se poskládá do složité prostorové struktury a může katalyzovat biochemické reakce • RNA může tedy být aktivním účastníkem v chemii života, nikoliv pouze přenašečem informace • ribo + enzym =ribozym

  5. Hypotéza RNA světa • RNA je schopna ukládata (RNA viry), přenášet i duplikovat informaci • navíc může fungovat jako katalyzátor • problém s enzymy – co bylo dříve, vejce či slepice?

  6. Ribozóm

  7. Riboswitche • vypínání a zapínání genů v odezvě na potřeby organismu je jeden ze základních kontrolních mechanismů • represory, aktivátory – regulační proteiny • RNA elementy zabudované v mRNA cítí koncentraci malých metabolitů a v odpovědi vypínají a zapínají geny

  8. RNA interference

  9. Ribozymy • štěpení či naopak spojení fosfodiesterové vazby transesterifikací či hydrolýzou • malé • hammerhead, HDV, hairpin, VS, glmS • velké • group I a II introny, RNAse P • peptidyl transfer • ribozóm

  10. Katalytická strategie

  11. HDVr - struktura

  12. HDVr – aktivní místo

  13. HDVr – výpočetní přístup • otázky • jaká je role Mg2+(aktivní účast v katalýze, strukturní funkce) • C75 – kyselina či báze? • přístup • strukturní simulace • výpočty volné energie a pKa • reakční mechanismus – EVB • spolupráce • J. Šponer, A. Warshel (LA), J. Florián (Chicago), N. Walter (Michigan), M. Been (Duke), L. Rulíšek, M. Otyepka

More Related