שיטות מיפוי נוספות

1. שיטות מיפוי נוספות • תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית • שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' • שימוש באללים 'מולקולרים'

2. When doing GENETIC mapping,Molecular Markers can be used as a locus Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) AACGTCATCG vs. AACGTTATCG Microsatellites (variable # of short repeats) CGCGCG vs. CGCGCGCGCG vs. CGCG Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) SNP leading to a loss/gain of a restriction cut site

3. When doing GENETIC mapping,Molecular Markers can be used as a locus Almost all SNPs, Microsatellites, etc. are SILENT (display no new phenotypes), and there are millions of them They are mile-markers, not destinations! אבני דרך, ולא יעדים!

4. Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP? USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype” B= bad hair, Dominant SNP1 ..ACGTC.. SNP1’ ..ACGCC.. SNP2 ..GCTAA.. SNP2’ ..GCAAA.. SNP3 ..GTAAC.. SNP3’ ..GTCAC.. X F1 B X START with Inbred lines- SNPs are homozygosed SNP1’ ..ACGCC.. SNP1’ ..ACGCC.. SNP2’ ..GCAAA.. SNP2’ ..GCAAA.. SNP3’ ..GTCAC.. SNP3’ ..GTCAC.. SNP1 ..ACGTC.. SNP1 ..ACGTC.. SNP2 ..GCTAA.. SNP2 ..GCTAA.. SNP3 ..GTAAC.. SNP3 ..GTAAC..

5. Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP? USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype” B= bad hair, Dominant B 2’ / b 2 SNP1 ..ACGTC.. SNP1’ ..ACGCC.. SNP2 ..GCTAA.. SNP2’ ..GCAAA.. SNP3 ..GTAAC.. SNP3’ ..GTCAC.. X 1’/11/1 B/b b/b 2’/2 2/2 3’/3 3/3 2’/2 47% 2/2 3% 2’/2 3% 2/2 47% 3’/3 25% 3/3 25% 3’/3 25% 3/3 25% 1’/1 25% 1/1 25% 1’/1 25% 1/1 25% B/b B/b b/b b/b SO…B is 6 cM from SNP2, and is unlinked to SNP 1 or 3

6. Is there linkage between a mutant gene/phenotype and a SNP? USE standard genetic mapping technique, with SNP alternative sequences as “phenotype” B= bad hair, Dominant SNP1 ..ACGTC.. SNP1’ ..ACGCC.. SNP2 ..GCTAA.. SNP2’ ..GCAAA.. SNP3 ..GTAAC.. SNP3’ ..GTCAC.. X 1/1’1/1 B/b b/b 2/2’ 2/2 3/3’ 3/3 We have the ENTIRE genome sequence of mouse, so we know where the SNPs are Now-do this while checking the sequence of THOUSANDS of SNPs SO…B is 6 cM from SNP2, and is unlinked to SNP 1 or 3

7. MOST SNPs The few Close SNPs

8. Microsatellites (variable # of short repeats) - on a Pedigree (אילן יוחסין)

9. CGCGCG vs. CGCGCGCGCG vs. CGCG

11. ~1990

13. שיטות מיפוי נוספות • תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית • שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' • שימוש באללים 'מולקולרים' • התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

14. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

15. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

16. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” דרך 'לתקן' את אמדן החסר? Mapping function

17. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

18. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” • POINT 1: Between two genes together in meioses: *If no crossovers occur between them, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive). • POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . . • POISSON - predict the Gaussian curve of classes of crossovers, especially CLASS of ZERO crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.

19. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

20. POINT 1

21. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” POINT 1 POINT 2 • POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive). • POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . . RF = 1/2 (Cases of 1 or more crossovers) RF = 1/2 (1 – class with zero crossovers) When crossovers are relatively rare, the POISSON DISTRIBUTION formula Predicts the occurrence of each class: fi = (e-mmi)/i! We’re interested in the ‘Zero’ class

22. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” For Zero class: RF = 1/2 (1 – class with zero crossovers)

23. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” • POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive). • POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, using . . . • POISSON - predict the Gaussian curve of classes of crossovers, especially CLASS of ZERO crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.

24. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

25. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

26. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

27. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function”

28. התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” • POINT 1: Between two genes in meioses: *If no crossovers occur, no recombinants result. *If one or more crossovers occur, 50% of the offspring will be recombinant (not intuitive). • POINT 2: From RF, we can derive the class of zero crossovers versus 1-or-more crossovers, then predict the Gaussian curve of all classes of crossovers, and calculate a corrected map distance – *The average number of crossovers between 2 genes.

29. שיטות מיפוי נוספות • תדירות רקומבינציה מהכלאה עצמית • שימוש בכרומוזום Y כ-'בוחן' • שימוש באללים 'מולקולרים' • התחשבות בשיחלופים שלא רואים – "mapping function” • "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –2C

31. "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –2 X 40% board

33. "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –2 X 44%

34. "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –2 X ההשערה (היפותיזה) שאנחנו בודקים: " A & B אינם בתאחיזה" assume they are unlinked

35. "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –2 X

36. "הגבול" בין תאחיזה להפרדה עצמאית –2 X P~0.007 התוצאות /היפותזה ש-A ו-B לא בתאחיזה ואומרים ש-A ו-Bכן בתאחיזה

38. R/_ Y/_

41. התוצאות 0.975 > P > 0.9 התוצאות בהחלט החזיקו את ההשערה של Epistasis

42. בוחן - MOODLE • הרצאות של ויידס + תרגיל 1-4 • 17.11.13 • זכאים להארכת זמן ...