Identifying motifs from chip-chip data

Identifying motifs from chip-chip data CEAS介绍

Cis-regulatory Element Annotation System • 确定转录因子motifs • Map nearby 基因 • 评估GC含量和进化保守性 • Mine sequences for qPCR validation in NimbleGen Chip-chip数据 • <目前仅支持hg18和mm18，但可以用程序将hg17等转为hg18来使用>

1，访问CEAS：http://ceas.cbi.pku.edu.cn

2，点击Submit链接：

3，用UCSC转换格式 • http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver

4，Browser并上传你的文件 • 经UCSC转格式后，可以用步骤2中的Browser来上传你的BED或GFF文件，例如

5，选择hg18或mm8 • 根据你的文件内容，在Select Genome中选择hg18或mm8

6，输入对该文件的描述 • 输入文件的描述，以便进行标识。一般可以输入该文件对应的实验的名字等

7，键入你的email地址 • 计算的结果会发送到你的email中，有链接可以进行下载。

8，点击submit按钮 • 一般30分钟后可以收到结果。

CEAS提供了四种类型的结果 • 确定转录因子motif • Nearby 基因的mapping • 保守性图示 • Region 序列

确定转录因子motif • CEAS分析结果确定了ChIP-chip区域中被转录因子结合的富集的序列motifs。 • 约800motifs，CEAS对ChIP-chip区域及整个基因组上的每个motif，计算hit的数目 • 报告显著富集的motifs（>2-fold,pvalue<1E-10)序列和相关的序列logos。

Nearby 基因的mapping • 报告了5’或3’UTR，编码exon或intron所占的比例等。 • 并提供了对所有ChIP-chip区域的基因mapping的统计

保守性图示 • 根据phylogenetic算法，对每个核苷酸赋值一个保守性score。 • 然后用图示的方式展示ChIP-chip区域的保守性

Region sequence • 提供了FASTA格式的序列可以用在确定ChIP-chip数据的qPCR引物设计中。 • 对于repeat-masked序列，使用字符N

Identifying motifs from chip-chip data

Identifying motifs from chip-chip data

Presentation Transcript

ChIP on ChIP

ChIP-chip and ChIP-seq

Chief Chip!

Combined analysis of ChIP-chip data and sequence data Harbison et al.

Fluidics chip

ChIP-seq Data Analysis

Chip Helms

ChIP-seq

MBD-Chip

In-chip and Inter-chip Interconnections and data transportations for

CHIP-IN

Analyzing ChIP-chip data using Bioconductor a tutorial

ChIP-chip Data

CHIP

Chip design

ChIP-LANA 0hr ChIP-LANA 4hr ChIP LANA 12 hr ChIP LANA 24hr

CHIP OVERVIEW

chIP-chip For Transcriptome Research

Chip tag

ChIP-seq

Rejuv Chip

Chip Kidd