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Cours BIN 6005/7005/7006

Cours BIN 6005/7005/7006. Professeurs responsables des cours : Hervé Philippe Sylvie Hamel. Spécificité : Une présentation devant les bio-informaticiens Une présentation devant les biochimistes pour les PhD mais pas pour les MSc. Les différentes méthodes d’analyse phylogénomique.

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Cours BIN 6005/7005/7006

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Presentation Transcript

  1. Cours BIN 6005/7005/7006 Professeurs responsables des cours : • Hervé Philippe • Sylvie Hamel • Spécificité : • Une présentation devant les bio-informaticiens • Une présentation devant les biochimistes pour les PhD mais pas pour les MSc

  2. Les différentes méthodes d’analyse phylogénomique Delsuc et al. (2005)

  3. Les différentes méthodes d’analyse phylogénomique Delsuc et al. (2005) Nat. Rev. Genet. 6:361-75

  4. The problem ofmissing datais often considered to be the most important obstacle […] incombining data from diverse characters and taxa for phylogenetic analysis. Empirical and theoretical studies show that including highly incomplete taxa can lead to […]decreased phylogenetic accuracy. It has been widely assumed that incomplete taxa are problematic because of theproportion or amount of missing datathat they bear. In this study, I use simulations to show that the reduced accuracy associated with including incomplete taxa is caused by these taxa bearingtoo few complete characters rather thantoo many missing datacells. The so-called missing data problem for incomplete taxa is, paradoxically, not directly related to their amount or proportion of missing data.

  5. Hypothesis: • The distribution of the genus Nothofagus can only be explained by several vicariant events on the basis of the continental drift.The current distribution is a relict from the age of the dinosaurs. (i.e. Linder & Crisp (1995); McCarthy (2003)) • only ancestral pollen type present in New Zealand at time of Gondwana break up • first appearance of Fuscaspora 65 mya • Lophozonia first appeared 60 mya • first appearance in NZ often follows first appearance in SA, Antarctica and Australia • discovery of wood, pollen and leaves of Nothofagus inupper Pliocene Sirius Group in Dominion Range, Antarctica

  6. ? S' S sites T taxa T' Missing ? data Consensus techniques Source tree #1 (rooted) Source tree #2 (rooted) Cavia Ctenomys Abrocom Octodon Capromys Euryzygom Clyomys Trinomxih Trinomxdi Trinomxgr Trinomxpa Trinomxel Trinomxyo Trinomxse Trinomxal Thrichomy Myocastor Hoplomys Proechxcu Proechxca Proechxsi Proechxlo Proechxor Proechxqu Proechxam (Modified) MinCut Lonchothr Mesomyxhi Quartets puzzling Mesomyxoc Isothrxpa Isothrxsi Isothrxbi Kannabate Dactylxda Dactylxbo Echimyxch Phylloxbl Makalaxdi Makalaxma

  7. Résumé du soutient statistique pour différentes hypothèses phylogénétiques alternatives

  8. Quelle est la place des Xénarthres au sein des mammifères placentaires ? Didelphis Macropus 100 / 1.00 Vombatus Elephas 100 / 1.00 Dugong 100 / 1.00 53 / 0.84 I) Afrotheria Procavia Orycteropus Macroscelidae 99 / 1.00 Amblysomus 84 / 0.96 94 / 1.00 Echinops Bradypus 100 / 1.00 Choloepus 100 / 1.00 Cyclopes 100 Myrmecophaga 100 / 1.00 100 / 1.00 1.00 100 / 1.00 Tamandua II) Xenarthra Dasypus kappleri 100 / 1.00 Dasypus novemcinctus 100 Chaetophractus 100 / 1.00 Euphractus 1.00 61 / 0.87 Zaedyus 99 / 1.00 Priodontes 100 / 1.00 Cabassous 69 / 0.96 Tolypeutes 61 / 0.81 Tupaia 98 1.00 28 / 0.39 Cynocephalus 34 / 0.58 III) Euarchonto glires Homo Lepus Aplodontia 60 / 0.97 100 / 1.00 Sciuridae 100 / 1.00 Hystricidae Boreoeutheria 98 / 1.00 79 / 0.98 Mus 100 / 1.00 Rattus Erinaceus 100 / 1.00 Scalopus Felis 94 / 1.00 100 / 1.00 Manis Lama 100 Sus 100 / 1.00 89 / 1.00 1.00 Bos ADRA2B (1+2) + BRCA1 + VWF (1+2) 4350 sites 100 / 1.00 IV) Laurasiatheria Hippopotamus 70 / 0.91 Physeter 46 / 0.85 Equus 100 / 1.00 Rhinocerotidae Tonatia 100 / 1.00 52 / 0.70 Myotis 99 / 1.00 Tadarida 100 / 1.00 Cynopterus 100 / 1.00 Pteropus 73 / 0.99 Hipposideros 100 / 1.00 Megaderma 0.01 substitution/site

  9. Plan de la présentation • Introduction • Matériels et Méthodes • Résultats • Discussion • Travaux futurs • Mise en perspectives • Questions

  10. Plan de la présentation • Introduction : Buddenbrockia, un ver bien étrange • Matériels et Méthodes : Pourquoi séquencer des ADNc et comment les analyser ? • Résultats : Buddenbrockia est un cnidaire • Discussion : Convergence morphologique • Travaux futurs : Gènes du développement • Mise en perspectives : Origine de la symétrie bilatérale

  11. Quelques conseils pour finir • Ernst Mayr : « un papier, une idée » • Pas trop de résultats • Écrire les concepts et les conclusions les plus importants • Mise en perspective : avoir une vue globale (éviter « va permettre de guérir le cancer ») • Numéroter les diapositives • Faire des répétitions…

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