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El concepto de “célula mínima”

El concepto de “célula mínima”. Alba Ferré García Modulo de genómica y proteómica Junio 2013. ¿Qué entendemos por célula mínima?. “Conjunto mínimo de genes que son necesarios y suficientes para que una célula funcione, en presencia ilimitada de nutrientes esenciales”. Objetivos.

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El concepto de “célula mínima”

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Presentation Transcript

  1. El concepto de “célula mínima” Alba Ferré García Modulo de genómica y proteómica Junio 2013

  2. ¿Qué entendemos por célula mínima? “Conjunto mínimo de genes que son necesarios y suficientes para que una célula funcione, en presencia ilimitada de nutrientes esenciales”

  3. Objetivos • Conocer mínima expresión. • Eliminar la carga génica.

  4. “Células minimas naturales” A. • Haemophilusinfluenzae(1830 Kb) • Mycoplasmapneumoniae(816 Kb) • Mycoplsamagenitalium(580 Kb) • Nanoarchaeum equitans(500 Kb) • Candidatus Carsonellaruddii(160 Kb) B. D. E. C.

  5. Construyendo versión mínima • Teórico - computacional • Experimental – laboratorio • Albert Libchaber • Craig Venter • CRG

  6. Teórico

  7. Comparación de genomas

  8. Ejemplos H. influenzaey M. genitalium

  9. Experimental

  10. Albert Libchaber

  11. Llenando recipientes vacios + toxinalpha-hemolysin

  12. Saturación

  13. Craig Venter

  14. 350 genes esenciales

  15. Problema 1 1 1 2 2 2 3 3 3 NO SI SI NO 1

  16. CRG

  17. Futuras aplicaciones • Microorganismo diseñados para realizar tareas específicas: • Biocombustibles • Medicamentos • Eliminar tóxicos • Reducir la contaminación • Etc.

  18. Bibliografía • How many genes can make a cell:TheMinimal-Gene-Set Concept, Eugene V. Koonin, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2000. 01:99–116. • Toward an artificial cell based on gene expressionin vesicles, VincentNoireaux, Roy Bar-Ziv, JeremyGodefroy, HannaSalman and Albert Libchaber. Phys. Biol. 2 (2005) P1–P8. • Global TransposonMutagenesis and a MinimalMycoplasmaGenome, ClydeA. HutchisonIII, Scott N. Peterson, Steven R. Gill, RobinT. Cline, Owen White, Claire M. Fraser, Hamilton O. Smith, J. Craig Venter. Science1999. Vol. 286, 2165 – 2169. • TranscriptomeComplexity in a Genome-ReducedBacterium Marc Güell et al. Science 2009, VolVol 326, 1268 – 1271. • ProteomeOrganization in a Genome-ReducedBacteriumSebastianKühneret al. Science 2009, Vol 326, 1235 – 1240. • Impact of GenomeReductiononBacterialMetabolism and ItsRegulationEva Yuset al. Science 2009, Vol 326, 1263 - 1268

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