1 / 20

Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ

Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ. Център по Молекулна Медицина, МУ - София. Микрочипове. Център по Молекулна Медицина, МУ - София. Само предметно стъкло или?. Проби (олигонуклеотиди, cDNA, антитела). Повърхност, покрита с т.нар. “spots”.

neorah
Download Presentation

Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Човешкият геном върху предметно стъкло - възможности на микрочиповия анализ Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  2. Микрочипове Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  3. Само предметно стъкло или? Проби (олигонуклеотиди, cDNA, антитела) Повърхност, покрита с т.нар. “spots” Микрочип (предметно стъкло) Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  4. Southern blot с микро-размери Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  5. Малко история... Макрочип– средата на 80-те години на 20 век - найлонова мембрана - 2000 гена 1991г. – фотолитографско принтиране (Affymetrix) Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  6. Малко история... 1995г. – Количествено определяне на генната експресия с чипове 1996г. - Започва продажбата на чипове (Affymetrix) 1997г. – Анализ на генната експресия при дрожди (S. cerevisiae) 2000г. – Анализ на тумори 2003г. – Въвеждане в клиничната практика 2004г. – Целият човешки геном на един микрочип Публикации в PubMed Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  7. Видове микрочипове • ДНК – олигонуклеотиди • РНК – cDNA • Белтък - антитела Y Y Y Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  8. Платформи Affymetrix Agilent NimbleGen Illumina Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  9. Affymetrix • Проби – 25 нд. (синтез in situ) • По-голям брой проби за един ген • Оцветяване – стрептавидин-фикоеритин • 250 нг. ДНК • 1М Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  10. Agilent • Проби – 60 нд. (printed/spotted array) • Оцветяване – Cy-3, Cy-5 • 500 нг. ДНК • 1М Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  11. NimbleGen • Проби – 60 нд. • Оцветяване – Cy-3, Cy-5 • 500 нг. ДНК • 4.2М Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  12. Biotin labeled cDNA Illumina • Проби – 50 нд. (beads array) • Оцветяване – streptavidin-Cy-3 • 750 нг. ДНК • 1М Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  13. aCGH (array Comparative Genomic Hybridization) • определяне на геномни амплификации/ делеции • сравнение с контролна ДНК Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  14. array CGH - стъпки 1. Изолиране на ДНК от проба и контрола проба контрола 2. ДНК белязване – Cy3, Cy5 3. Хибридизация, промиване Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  15. Agilent - белязване 550 nm 650 nm озон цианини Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  16. Hybridize Hybridize Hybridize Hybridize Wash, Scan Wash, Scan Wash, Scan Wash, Scan Agilent - белязване Labelled DNA Colour display R G Array spot Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  17. array CGH - стъпки 4. Сканиране – Tiff файл 5. Анализ на резултатите - Feature Extraction software – Tiff -Txt - Genomic Workbench - GeneSpring - CytoSure… Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  18. aCGH - сканиране Agilent Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  19. Приложения • CNV (copy number variations) • SNP (single nucleotide polymorphisms) • Methylation • Protein-DNA interaction • Gene expression • miRNA expression Център по Молекулна Медицина, МУ - София

  20. Център по Молекулна Медицина, МУ - София

More Related