O que acontece com o artigo após a submissão Osvaldo N. Oliveira Jr. chu@ifscp.br

1. O que acontece com o artigo após a submissão Osvaldo N. OliveiraJr. chu@ifsc.usp.br Instituto de Física de São Carlos, USP Núcleo Interinstitucional de Lingüística Computacionalhttp://nilc.icmc.usp.br

2. A primeira barreira • Editor recebe artigo • Lê carta de encaminhamento, resumo, olha formatação, procura figuras bonitas • Pode rejeitar instantaneamente

3. Revistas de alto impacto • Editor quase sempre rejeita sem mandar para análise • Para ter alguma chance: • Assunto quente • Parceiros fortes • Muito bem escrito e carta forte • Figuras bonitas

4. Carta de encaminhamento • Dear Editor • Please find attached the manuscript “The use of information visualization methods eliminating cross talk in multiple sensing units investigated for a light-addressable potentiometric sensor” which we submit for publication in Analytical Chemistry as a Letter. The reasons why we believe our contribution should be published in Analytical Chemistry are: • The manuscript brings a unique combination of information visualization methods, which so far have not been exploited in analytical chemistry, with biosensors based on field-effect devices. • A key point in the reported biosensors is the use of an array of 16 sensing units on a single chip within the approach known as light-addressable potentiometric sensor (LAPS), which is promising for miniaturized devices, with integration of biosensing using nanostructured films and the silicon technology. • The use of information visualization methods allowed us to eliminate one major difficulty of multiple sensors arrays, namely the possible cross talk effects among the sensing units. • We also show that the methods used are generic, and may serve to enhance the sensitivity and selectivity of a myriad of sensors and biosensors. • Because the implications of our findings may reach various areas of analytical chemistry, we believe that there is a potentially large audience for the manuscript. And there is no better vehicle to reach such a large audience than Analytical Chemistry.

5. Enviando para análise • Editor envia para 2-4 assessores • Escolha baseada em sugestões dos autores, palavras-chave, busca na WoS e conhecimento do editor • (não adianta indicar só os amigos)

6. A escolha dos assessores • Editor inevitavelmente tem viés negativo para artigo mal preparado • Escolha é decisiva para aceitação • Editor conhece assessores mais exigentes

7. Tempo de análise • Muito curto para revistas de alto impacto • Tipicamente 1-3 meses

8. Resultado da análise • Todos os pareceres são positivos (raro) • Pareceres contraditórios • Todos os pareceres são negativos Com recomendação de “major revision”, decisão cabe a editor

9. Resultado da análise • Aceito sem correções (muito raro) • Editor indica que aceitará, mas requer correções • Editor se limita a enviar pareceres • Editor rejeita Revistas de maior impacto mais exigentes

10. Para ressubmeter o artigo • Levar em consideração todas as críticas • Na medida do possível, concordar com os assessores • Marcar todas as modificações • Carta-resposta ao editor e assessores

11. Carta para ressubmissão • Endereçada ao editor, contendo: • Dados do artigo • Menção às modificações • Justificativa sobre modificações cruciais • Resposta aos pareceres

12. Carta para ressubmissão Please find attached a revised version of the manuscript BIOS-D-09-00619, which we submitted to Biosensors & Bioelectronics. We have taken onboard all the reviewers’ comments and modified the manuscript accordingly. Furthermore, we reduced the number of figures to fit the manuscript to the format of a Short Communication. The changes made are highlighted in red in the text. A supplementary file containing three figures was created, according to the suggestions proposed by reviewer 1, and they are properly indicated in the text. Also attached is a response sheet to the Reviewers’ comments.

13. Concordando com críticas :In hindsight we noted that we were not entirely clear about the correlation of the results from the monolayer experiments and those from the experiments with liposomes. In the revised manuscript we have tried to clarify these points, by including the following statements: ….. c) Figure 2.  How the segregation of the peptide immersed in the bilayer is explained?Apparently it is forced by the lateral pressure. Is this process reversible? The reviewer is absolutely correct in the explanation for the segregation, which is due to the lateral pressure. Moreover, the process is reversible as subsequent surface pressure-area isotherms are identical to the first one. These pieces of information have been added to the revised version.

14. Agradecendo assessores There is some incomplete analysis that should be offered before introducing the model. For instance, the disappearance of the plateaus cause by SIT 2 in DOG by the inclusion of OCoA is not explained. They offer a model which needs more experimental details such as surface pressure in terms of the molar fraction of OCoA and DOG at constant SIT 2. Response: We have performed further experiments with mixed monolayers of OCoA and DOG, without SIT2 and with a fixed concentration of SIT2, as suggested by the reviewer. The new data are included as Figure 5, together with a discussion on the data and on the disappearance of the plateaus. At this point we should thank the reviewer for the suggestion of making the experiments with distinct relative concentrations of OCoA and DOG. As the description of Figure 5 and 6 indicates, new features appeared for the synergistic interaction between SIT2 and the mixture of the lipids. In addition to enhancing the quality of the discussion in the present manuscript, as we believe they did, the new findings opened the way for further studies, which we shall try and do in the future.

15. E se o artigo for rejeitado • Editor diz que rejeita na presente forma, e menciona ressubmissão • Editor diz que a decisão é final • Além de rejeitar, dá dica que não adianta recorrer

16. Quando recorrer? • Os pareceres não foram tão maus • A revista é muito importante e vale a pena arriscar • Houve claro erro de julgamento, que deveria ser corrigido

17. Artigo inicialmente rejeitado Dear Editor Please find attached a revised version of the manuscript “Interaction of a C-terminal peptide of Bos taurus diacylglycerol acyltransferase 1 with model membranes”, which we submitted for publication in BBA: Biomembranes. We decided to resubmit because all the points raised by the reviewers could be considered and we believe be addressed satisfactorily. For addressing the reviewers’ concerns we have performed two new series of experiments, and the results are commented upon in the revised manuscript. All the changes made in the manuscript are marked in yellow. Also attached is a response sheet to the reviewers’ comments. The reply was made point by point, in order to stress that every single concern was addressed.

18. Quando seria necessário muito mais 2) What is the effect of CoA in liposomes? (structure, fluidity, average vesicle size...) The question is an interesting one, though we did not address it as our main object was to verify effects from SIT2. Because a fully-fledged study may be necessary to assess possible effects from CoA, we believe that it is out of the scope of the present manuscript.

19. Artigo aceito • Verificar se toda documentação foi enviada • Verificar precisão da versão final • Após algumas semanas chegam as provas do artigo (proofs), que devem ser conferidas com cuidado.

20. Tipo de processamento • Páginas dedicadas da Internet: • revistas da Elsevier, Springer, ACS, etc. • Por correio eletrônico Fase do processamento facilmente acompanhada nas revistas com sistemas de Internet. Para as outras é necessário comunicação com o editor.

21. Conferindo as provas • Especial atenção para: • nomes dos autores e afiliação • figuras, tabelas e equações • referências

22. Pedidos para a Fapesp • Coordenação de área indica assessores: • 1 para bolsas e projetos de até R$ 300 mil • 3 ou mais para JP, Temáticos e projetos grandes

23. Conflitos de interesse • Assessor não pode ser da mesma instituição, nem co-autor nos últimos 5 anos, nem ter vínculo de orientação ou familiar • Pedidos de coordenadores analisados na Coordenação Adjunta Funcionários da FAPESP conferem indicações e problemas de conflito

24. Análise dos Pareceres • Bolsas: assessor julga candidato, orientador e projeto, classificando-os com E, MB, MBcD, B, BcD, R, CsD • Auxílios: são julgados o projeto e o CV do solicitante Deficiências assinaladas no formulário podem ter grande peso

25. Pareceres e avaliação • Os pareceres retornam para a Coordenação de Área (CA): • Para projetos pequenos, reunião no exterior, bolsa IC – CA delibera • Demais bolsas e grandes projetos: Análise Comparativa na CA

26. Análise Comparativa • Mestrado: o que mais conta é o histórico escolar • Doutorado: grande peso no histórico e leva-se em conta produção • Pós-doutorado: produção qualificada é essencial, mas notas também contam.

27. Resultado do Despacho • Concedido, Denegado • Diligência • Bolsas Denegadas: • Análise Comparativa – avaliar histórico e projeto com base no parecer • Por parecer – verificar itens mencionados como deficientes

28. Projetos Denegados • Críticas ao proponente • (é possível esclarecer pontos para melhorar avaliação?) • Críticas ao projeto • (é possível esclarecer pontos para melhorar avaliação?) • Pode-se pedir para trocar assessor!