Faderskabsanalyse i en Afrikansk elefantpopulation ( Loxodonta africana ) ved brug af nukleære mikrosatelliter

1. Faderskabsanalyse i en Afrikansk elefantpopulation (Loxodonta africana) ved brug af nukleære mikrosatelliter

2. Faderskabsanalyse i Kenyansk elefantpopulation Introduktion: Brug af mikrosatelliter • Generelt: • Forældreskabsanalyser • Fylogeografiske undersøgelser • I elefanter: • Social adfærd – loci heterozygositet • Artsforskelle – genotypisk divergence

3. Introduktion: DNA prøver * Nairobi

4. Metoder: Amplificering og basepar tælling • PCR reaktioner med 8 forskellige primers • LaT05 – 245-306 bp • LaT07 – 340-400 bp • LaT08 – 166-234 bp • LaT13 – 234-262 bp • LaT16 – 294-328 bp • LaT18 – 286-318 bp • LaT24 – 200-230 bp • LaT26 – 352-382 bp ABI gel kørsel for basepar tælling

5. Metoder: Basepar tælling Gel billed

6. Metoder: Basepar tælling Lat07 – 340-400 bp

7. LOD score Delta score Confidence Metoder: Faderskabsanalyse Data sæt med genotyper på ca. 150 afkom og deres mødre Sammenlignet med genotyper for mulige fædre i forældreskabsanalyse programmet CERVUS • CERVUS: • Baseret på sandsynligheden for at en mulig fader er den egentlige ud af mulige fædre (95%, 80%, og mest sandsynlig)

8. Resultater Hvis data var perfekte, kunne enhver uoverensstemmelse umiddelbart bruges til at afvise en fader-kandidat. - Da dette langt fra er tilfældet, må sandsynlighed frem for udelukkelse bruges som primære metode. CERVUS-programmet estimerer en fejlrate m.h.t. loci-uoverensstemmelser, der bl.a. skyldes fejlbestemmelser, - ud fra kendte forælder-unge par (KP-O).

9. Resultater I vores data var 143 KP-O mismatches ud af 725 mulige! Hvis estimerede fejlrate > 0, vil ingen hanner kunne udelukkes – men mest sandsynlige kan findes. Fædre findes således ud fra størst mulige overensstemmelse fader-afkom – og inddeles i konfidensniveauer

15. American Indians American Indians , AM , AM B1001 B1001 Artists, AR Artists, AR B1003 B1003 Artists Artists – – Titian Titian , AT , AT ’95 ’95 B1004 B1004 Biblical Biblical Terms, BI Terms, BI 99,’00 99,’00 B1005 B1005 Butterfly 1, BU Butterfly 1, BU B1007 B1007 Butterfly 2, BT Butterfly 2, BT Clouds Clouds , CL , CL B1009 B1009 Clouds Clouds 2, CO 2, CO ’89,’01 ’89,’01 B1010 B1010 Columns, CN Columns, CN ’88 ’88 First First Ladies, FI Ladies, FI B1011 B1011 Flowers Flowers , FL , FL B1012 B1012 Gymnasts, GY Gymnasts, GY ’95,’02 ’95,’02 B1013 B1013 Hardwoods Hardwoods , HA , HA Malyalees Malyalees 1, MA 1, MA B1014 B1014 ’88 ’88 Planets, PL Planets, PL Poetics Poetics 1, PO 1, PO B1016 B1016 Poetics Poetics 2, PE 2, PE ’98, ’99 ’98, ’99 B1018 B1018 Rendile Rendile Ladies, RE Ladies, RE ’97,’96,’01 ’97,’96,’01 B1019 B1019 Royals Royals , RO , RO ’92,’99 ’92,’99 Samburu Samburu Ladies, SA Ladies, SA ’98 ’ B1020 B1020 Sisters Sisters , SI , SI ’00 ’00 B1021 B1021 Spice Girls Spice Girls , SG , SG B1022 B1022 ’90,’96 ’90,’96 Storms 1, ST Storms 1, ST B1023 B1023 ’99 ’99 Storms 2, SO Storms 2, SO ’95,’95 ’95,’95 B1026 B1026 Swahili, SW Swahili, SW B1027 B1027 ’93 ’93 B1029 B1029 Virtues Virtues , VI , VI ’91 ’91 B1031 B1031 Winds 1, WI Winds 1, WI B1032 B1032 Winds 2, WN Winds 2, WN

16. Diskussion • Ud fra resultaterne kan siges noget om: • Genetisk sammensætning af flokke • Adfærd • parringsadfærd (indirekte) • bevægelsesmønstre (hvor store afstande)

17. Diskussion Programmet betinger uafhængig nedarvning af loci Fejlraten – tager ikke højde for mutationer, da alle uoverensstemmelser stemples ’mistyping’. -men undgår derved også udelukkelse af ægte fædre p.g.a. datafejlbehandlinger -flere mikrosatellitter ville være godt!