1 / 40

多序列 DNA 或胺基酸排序之比較 利用 CLUSTALW 軟體 DDBJ EMBL-EBI

多序列 DNA 或胺基酸排序之比較 利用 CLUSTALW 軟體 DDBJ EMBL-EBI http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/clustalw.html SDSC workbench. 檔案格式： FASTA >name1 ATCGTGCATGCGTGTCATGCGT >name2 CTTTGGATCGTGCATGCGTGTCAT >name3 CGGGGTTGGTTAAAGTGTCT >name4 AATTGGGCCTGTCATGTGTGCGT. DNA.

rufina
Download Presentation

多序列 DNA 或胺基酸排序之比較 利用 CLUSTALW 軟體 DDBJ EMBL-EBI

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. 多序列DNA或胺基酸排序之比較 • 利用CLUSTALW軟體 • DDBJ • EMBL-EBI • http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/clustalw.html • SDSC workbench

  2. 檔案格式：FASTA >name1 ATCGTGCATGCGTGTCATGCGT >name2 CTTTGGATCGTGCATGCGTGTCAT >name3 CGGGGTTGGTTAAAGTGTCT >name4 AATTGGGCCTGTCATGTGTGCGT

  3. DNA 16S rDNA Bacillus subtilis

  4. DDBJ並無法直接看到 演化樹圖譜，需利用 別的軟體如：TreeView 可將DDBJ 已經轉換的 檔案，轉貼到EBI網站 CLUSTALW軟體

  5. 為了使演化樹可以一目了然，所以需要調整所輸入的文字 (字數有限制-不要有空格) >Bacillus subtilis ATCGTGCATGCGTGTCATGCGT >Bacillus subtilis FM881 CTTTGGATCGTGCATGCGTGTCAT >Bacillus subtilis DB2 CGGGGTTGGTTAAAGTGTCT >Bacillus subtilis ET3 AATTGGGCCTGTCATGTGTGCGT

  6. protein Human chitinase

  7. 以DDBJ查詢DNA或protein序列 • 利用BLAST分析 • 選取20-30個序列，選CLUSTALW • 將CLUSTALW框框中的序列複製 • 貼到EBI的CLUSTALW工具中 • 修改序列名稱(或稍後修改) • 比對，顯示演化樹圖 • 或使用TreeView軟體顯示演化樹圖譜 • 最終於powerpoint清楚顯示演化樹圖譜（名稱需修該）

  8. 作業 • 核苷酸比對分析 • Curtobacterium sp. 16S rDNA分析 • 胺基酸比對分析

More Related