1 / 13

Нахождение ориджинов в последовательности нуклеотидов

Выполнил: Ромашкин Амир, 445 гр. Руководитель: Профессор АФТУ, Порозов Юрий. Нахождение ориджинов в последовательности нуклеотидов. Основные понятия. ДНК – последовательность нуклеотидов(сиквенс): А, G, C, T Репликация – процесс синтеза дочерней молекулы ДНК

sadah
Download Presentation

Нахождение ориджинов в последовательности нуклеотидов

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Выполнил: Ромашкин Амир, 445 гр. Руководитель: Профессор АФТУ, Порозов Юрий Нахождение ориджинов впоследовательностинуклеотидов

  2. Основные понятия • ДНК – последовательность нуклеотидов(сиквенс): А, G, C, T • Репликация – процесс синтеза дочерней молекулы ДНК • Ориджины(ORI) – место(<50 нуклеотидов) начала репликации.

  3. Мотивация • Есть гипотезы о влиянии некоторых факторов на положение ORI • Знания о положении ориджинов позволят: • Регенерировать клетки и управлять ростом организмов • Найти ключи к понимаю лечения рака • Современные экспериментальные методы трудоемки, затратны, неточны • Нет реальных вычислительных методов!

  4. Гипотеза: Факторы • Температура плавления(Tm) • CpG-острова(CpG) • Палиндромы(Pal) • Геометрические • факторы(Banana) • Факторы транскрипций(Tfs)

  5. Цели работы • Изучить проблему нахождения ORI • Сформулировать варианты решения • Написать приложение для упрощение анализа сиквенсов на наличие факторов • Уметь удобно получать сиквенсы и вычислять все факторы • Исследовать зависимость ORI от факторов • Попробовать с “хорошей” вероятностью определять, есть ли в последовательности ориджин

  6. Используемые технологии • Python, BioPython lib. • .Net, Neurodotnet lib.

  7. Проблемы • Нетронутость проблемной области • Нет доказанных теорий • Все с нуля • Неоднозначность факторов • Неясная интерпретация • Гипотетичность темы

  8. Обучение нейронной сети • Двумя способами: • Количественно, на весь сиквенс • количество Cpg-островов, средняя темп. плавления, количество палиндромов и тд • По окнам размером в 30 нуклеотидов • Cpg, палиндромы, транскр.: сумма 3х минимальных расстояний до факторов. • Темп. плавления, геом. факторы: среднее значение на окне.

  9. Результаты(1\2)Практический вклад • Сформирована база для дальнейшего исследования • Был написано приложение, которое позволяет: • Получить последовательности • Вычислить все 5 факторов • Вручную: Темп. плавления, Транскрипции • Используя eMboss: остальные • Посмотреть результаты вычисления факторов • Посмотреть сосредоточение факторов в сиквенсе в виде графиков • В нем реализована нейронная сеть, которая обучалась 2 вариантами: • Факторы на сиквенс • Факторы по окнам(30 нукл.) • Результаты обоих вариантов неудовлетворительны.

  10. Результаты(2\2)Теоретический вклад • Известные “сильные” ORI-содержащие сиквенсы не отличаются от обычных по количеству или сосредоточению факторов => эти факторы слабо определяют, либо вовсе не определяют ORI

  11. Контакты • Email: my.name.is.amirk@gmail.com • Skype: berezovaya_brunka Спасибо за внимание!

More Related