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光合细菌分类、鉴定及保存

光合细菌分类、鉴定及保存. 张德民 宁波大学生命科学与生物工程学院. 光合细菌应用中存在的问题 光合细菌分类学进展 宁波大学在光合细菌方面的研究 第二届分子微生物生态研讨班. 光合细菌应用中存在的问题 菌种不纯 菌种鉴定不准 实验环境因子复杂，实验数据缺乏统计学分析 应用效果评价困难 光合细菌分类学进展 宁波大学在光合细菌方面的研究 中国生态学会微生物生态专业委员会宁波大学培训基地. 光合细菌分类鉴定研究进展. 《 伯杰细菌鉴定手册 》 《Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology》 1923 年第 1 版

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光合细菌分类、鉴定及保存

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Presentation Transcript

  1. 光合细菌分类、鉴定及保存 张德民 宁波大学生命科学与生物工程学院

  2. 光合细菌应用中存在的问题 • 光合细菌分类学进展 • 宁波大学在光合细菌方面的研究 • 第二届分子微生物生态研讨班

  3. 光合细菌应用中存在的问题 • 菌种不纯 • 菌种鉴定不准 • 实验环境因子复杂，实验数据缺乏统计学分析 • 应用效果评价困难 • 光合细菌分类学进展 • 宁波大学在光合细菌方面的研究 • 中国生态学会微生物生态专业委员会宁波大学培训基地

  4. 光合细菌分类鉴定研究进展 《伯杰细菌鉴定手册》 《Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology》 1923年第1版 1974年第8版 1994年第9版 都停留在对光合细菌的形态生理描述上，所有的光合细菌都被单独放到红螺菌目1个目中

  5. 红螺菌目 红螺菌科 外硫红螺菌科 绿硫菌科 绿色丝状细菌

  6. 《伯杰氏系统细菌学手册》 近年的分子系统学研究表明，紫色非硫细菌的系统发育是多起源的，分散在变形菌门α和β两个纲的多个科中，与非光合细菌的系统发育混杂在一起。现在认为，光合器官的性质对种的鉴定还是重要的，但对较高分类阶元，如科、目等则没有太大意义。 《伯杰氏系统细菌学手册》 《Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology》 1989年，第1版 2001年，第1版 以后的国际分类学权威书籍中，光合细菌的分类采用了完全不同的分类系统。

  7. 绿曲挠菌门：绿曲挠菌纲 绿菌门 不产氧光合细菌 厚壁菌门： 螺旋杆菌科 （不产氧光养细菌）着色杆菌科 紫色硫细菌 变形菌门外硫红螺科 （紫色细菌） 好氧不产氧光养细菌 紫色非硫细菌 产氧光合细菌 蓝细菌门 （产氧光养细菌） 光合细菌

  8. 所有的紫色非硫细菌分属于变形菌门的α、β两个纲的5个目8个科中，共21个属：所有的紫色非硫细菌分属于变形菌门的α、β两个纲的5个目8个科中，共21个属：

  9. 红假单胞菌属（Rhodopseudomonas）： • 沼泽红假单胞菌 （Rps. palustris） • 荚膜红假单胞菌 （Rps. capsulata） • 球形红假单胞菌 （Rps. sphaeroides） • 胶质红假单胞菌 （Rps. geletinosa） • 绿色红假单胞菌 （Rps. viridis） • 嗜酸红假单胞菌 （Rps. acidophila） • 粪红假单胞菌 （Rps. faecalis） • Rps.Rhenobacensis 红细菌属(Rhodobacter) 红长命菌属（Rubrivivax） 芽生绿菌属 (Blastochloris) 红芽生菌属（Rhodoblastus）

  10. 红螺菌属(Rhodospirillum) • 深红红螺菌 (Rsp. rubrum) • 度光红螺菌 （ Rsp. photometricum） • 黄褐红螺菌 （ Rsp. fulvum） • 莫氏红螺菌 （ Rsp. molischianum） • 中盐红螺菌 (Rsp. mediosalina) Phaeospirillum（褐螺菌属） Roseospira (玫瑰螺菌属)

  11. 1999.3.中国科学院微生物研究所博士论文：紫色非硫细菌资源分类学研究.1999.3.中国科学院微生物研究所博士论文：紫色非硫细菌资源分类学研究. • 2001. 第一章，光合细菌. 东秀珠、蔡妙英主编。常见细菌鉴定手册。 • 2004.第一章，光合细菌的培养. 成永旭主编，饵料培养学。 • 2009. 杨素萍。微生物学报。

  12. 宁波大学在光合细菌方面的研究 • 中国科学院微生物菌种保藏中心的绝大多数光合细菌菌种 • 发表2个新种，有4个可能新种待发表 • 应用DGGE跟踪确定单菌落的纯培养 • 应用分子指纹技术标记重要光合细菌菌种 • 应用分子指纹技术检测养殖水体种光合细菌群落演替 • 光合细菌菌种质量及应用效果评价体系 • 环境细菌菌种资源库 • 养殖废水和河道废水处理菌剂开发

  13. 第二届分子微生物生态研讨班 • 中国生态学会微生物生态专业委员会宁波大学培训基地 • 第二届分子微生物生态研讨班 • 主要培训研讨内容： • 原位杂交（FISH） • 环境样品DNA提取及其杂质去除 • 定量PCR技术及其应用

  14. α变形菌纲 • 红螺菌目（Rhodospirillales） 该目有2科7属。 • 红螺菌科（Rhodospirillaceae）6个属 • 醋酸杆菌科（Acetobacteraceae）1个属 • 红细菌目（Rhodobacterales） 有1科4属 • 红细菌科， （ Rhodobacteraceae） • 根瘤菌目（Rhizobiales） 有3科7属 • 慢生根瘤菌科（Bradyrhizobiaceae）2个属 • 生丝微菌科（Hyphomicrobiaceae）3个属 • 红游动菌科（Rhodobiaceae）2个属 • β变形菌纲（Betaproteobacteria） • 伯克霍尔德氏菌目（Burkholderiales） 1科 • 丛毛单胞菌科Comamonadaceae2个属 • 红环菌目（Rhodocyclales） 1科 • 红环菌科Rhodocyclaceae

  15. α变形菌纲 3个目6个科 • (1)　红螺菌目（Rhodospirillales） 该目有2科7属。 • 红螺菌科（Rhodospirillaceae） • 红螺菌属（Rhodospirillum） • 褐螺菌属(Phaeospirillum) • 红螺细菌属（Rhodospira） • 红弧菌属（Rhodovibrio） • 玫瑰螺菌属（Roseospira） • 红篓菌属（Rhodocista） • 醋酸杆菌科（Acetobacteraceae）只有红球形菌属（Rhodopila）1个属。

  16. （2） 红细菌目（Rhodobacterales） 有1科（红细菌科，Rhodobacteraceae）4属：红细菌属(Rhodobacter)、红海菌属（Rhodothalassium）、小红卵菌属(Rhodovulum)和最近才发现的Rhodobaca。

  17. （3） 根瘤菌目（Rhizobiales） 有3科7属。 • 慢生根瘤菌科（Bradyrhizobiaceae）有红假单胞菌属（Rhodopseudomonas）、红芽生菌属（Rhodoblastus）2个属。 • 生丝微菌科（Hyphomicrobiaceae）有芽生绿菌属(Blastochloris)、红微菌属（Rhodomicrobium）、红菌属（Rhodobium）3个属。 • 红游动菌科（Rhodobiaceae）有红游动菌属（Rhodoplanes）和Roseospirillum 2个属。

  18. 2．β变形菌纲（Betaproteobacteria） • （1）伯克霍尔德氏菌目（Burkholderiales） 1科（丛毛单胞菌科Comamonadaceae）2个属：红长命菌属（Rubrivivax）、红育菌属（Rhodoferax）。 • （2）红环菌目（Rhodocyclales） 1科（红环菌科Rhodocyclaceae） 红环菌属（Rhodocyclus）。

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