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小林 正明（明治大・農），門田 有希（岡山大・院環境生命科学），大柳 一（明治大・農）

日本育種学会　第 126 回講演会　 2014 年秋季　南九州大学 「遺伝研スパコンとコマンドラインで の NGS データ使い倒し講座」 コマンドライン を用いた NGS 解析 9 月 26 日 ( 金 ) 13:30 ～ 17:30 第 6 会場. 小林 正明（明治大・農），門田 有希（岡山大・院環境生命科学），大柳 一（明治大・農）. 解析実習の流れ. １．リード配列の前処理（今回は行いません） ２．リード配列のマッピング ３．マッピングの可視化 ３．リード配列の de novo アセンブル. BWA を使ったマッピングの流れ. リファレンスゲノム配列

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小林 正明（明治大・農），門田 有希（岡山大・院環境生命科学），大柳 一（明治大・農）

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Presentation Transcript

  1. 日本育種学会　第126回講演会　2014年秋季　南九州大学「遺伝研スパコンとコマンドラインでのNGSデータ使い倒し講座」コマンドラインを用いたNGS解析9月26日(金) 13:30～17:30 第6会場 小林 正明（明治大・農），門田 有希（岡山大・院環境生命科学），大柳 一（明治大・農）

  2. 解析実習の流れ １．リード配列の前処理（今回は行いません） ２．リード配列のマッピング ３．マッピングの可視化 ３．リード配列のde novoアセンブル

  3. BWAを使ったマッピングの流れ リファレンスゲノム配列 （FASTA形式） リード配列 （FASTQ形式） bwa index bwaaln アライメントデータ （*.saiファイル） リファレンスゲノム配列のインデックス （.sa, .pac, .bwt, .ann, .ambファイル） bwasampe マッピング結果 （SAM形式）

  4. Velvetを使ったde novo アセンブルの流れ リード配列 （FASTQ形式） $ velveth k-merに分割されたリード配列 $ velvetg Contig配列 （FASTA形式）

  5. 参考URL 課題URL http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/kyusyu/ 遺伝研スパコン http://sc.ddbj.nig.ac.jp

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