系统发育树相关问题

1. 系统发育树相关问题 曾繁旭

2. 目录 • 结论1 • 结论2 • 结论3 • 结论4

3. 结论1 • 从PEM自身来看，它们有着共同的始祖(图1-9） • 各个酶的PEM（Polyene macrolide antibiotics）内部的identities均高于54%

4. 结论2 • 虽然PEM可能有共同的始祖，但是各个产生菌菌株中PEM合成基因组的进化是独立的。 • P450中部分PEM（nystatin, amphotericin, pimaricin）含有两个P450分别修饰两个不同位点的化学结构，但FR-008, rimocidin， candicidin中只有一个P450。图4-5

5. ABC转运蛋白具有四个系统发育学分类。一般认为PEM的ABC转运蛋白是以二聚体形式发挥功能。ABC转运蛋白具有四个系统发育学分类。一般认为PEM的ABC转运蛋白是以二聚体形式发挥功能。 • PEM中Nystain，Amphotericin，Pimaricin为一组，而FR-008 和 candicidin为一组。（图6-9）

6. 以上皆说明Nystain，Amphotericin，Pimaricin可能在进化上具有较近的关系，而Fr-008独自具有一条进化路径。以上皆说明Nystain，Amphotericin，Pimaricin可能在进化上具有较近的关系，而Fr-008独自具有一条进化路径。

7. 结论3 • Nystain 和Amphotericin 可能具有同Pseudonocardia autotrophica 和Pseudonocardia sp. P1 共同的进化来源。 • Pimaricin 和Streptomyces chattanoogensis可能具有共同的进化来源，而rimocidin 也有可能处于这个进化分枝。 • FR-008 则可能与candicidin 同 Streptomyces albus J1074 具有共同进化来源。（图1-9）

8. Pseudonocardia autotrophica的基因组中基因的分布和nystatin 基因组中对应基因的分布几乎一致。 • Pseudonocardia autotrophica 与nystatin 和amphotericin 对应后修饰酶的基因的identities的范围在69%-90%。 • Streptomyces chattanoogensis和Pimaricin 的基因组中对应基因分布几乎一致。 • 它们两者对应基因identities为90%左右。

9. 结论4 • 各个后修饰酶的进化来源是不一致的 • 涉及到糖基部分的三个酶糖基脱水酶，氨基转移酶，糖基转移酶可能是水平基因转移的结果。

10. 对于糖基脱水酶，它的系统发育树中存在大量属于门类的菌。对于糖基脱水酶，它的系统发育树中存在大量属于门类的菌。 • 该系统发育树中不同门类的蛋白与PEM的identities均高于50% • 其临近分枝与PEM的identities更加偏高为50%-70%。 • 这些证明了HGT现象，其HGT的来源可能为其它放线菌。（图1）

11. 对于氨基转移酶，其系统发育树中也存在大量其它门类的菌。但是几乎没有除PEM和其伴随进化菌的其它放线菌存在，树图中存在一些致病菌。对于氨基转移酶，其系统发育树中也存在大量其它门类的菌。但是几乎没有除PEM和其伴随进化菌的其它放线菌存在，树图中存在一些致病菌。 • 各门类中的蛋白与PEM的identities均在40%左右。 • 这些都表明PEM可能是HGT的结果，但是其来源不易推测。（图2）

12. 对于糖基转移酶，其系统发育树中也含有大量其它门类的生物。但是来自原核生物的除PEM外几乎没有。主要都是真核生物。对于糖基转移酶，其系统发育树中也含有大量其它门类的生物。但是来自原核生物的除PEM外几乎没有。主要都是真核生物。 • 其各门类蛋白与PEM的identities较低为20%左右，这可能是由于物种跨度太大导致的。 • 其极可能是HGT的结果，HGT的可能来源是真菌。（图3）

13. 图1 糖基脱水酶的系统发育树

14. 图2 氨基转移酶系统发育树

15. 图3 糖基转移酶系统发育树

16. 图4 P450NysL部分的系统发育树

17. 图5 P450NysN部分系统发育树

18. 图6 ABC转运蛋白PimB部分

19. 图7 ABC转运蛋白PimA部分

20. 图8 ABC转运蛋白FscTI部分

21. 图9 ABC转运蛋白FscTII部分

22. Thank You!