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CAR,PXR のアミノ酸配列によるマルティプルアライメント

CAR,PXR のアミノ酸配列によるマルティプルアライメント. CAR,PXR のアミノ酸配列による分子系統樹. Percent amino acid identity in the A/B domain of CAR and PXR. Percent amino acid identity in CAR and PXR DBDs. 短鎖散在性反復配列（ SINE). １００－４００ｂｐ程度の短い反復配列 ポリメラーゼ Ⅲ スプリットプロモーターを持つ LINE の増幅機構に便乗して増えている 多くの SINE はｔ RNA 由来である

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CAR,PXR のアミノ酸配列によるマルティプルアライメント

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Presentation Transcript

  1. CAR,PXRのアミノ酸配列によるマルティプルアライメントCAR,PXRのアミノ酸配列によるマルティプルアライメント

  2. CAR,PXRのアミノ酸配列による分子系統樹

  3. Percent amino acid identity in the A/B domain of CAR and PXR

  4. Percent amino acid identity in CAR and PXR DBDs

  5. 短鎖散在性反復配列（SINE) • １００－４００ｂｐ程度の短い反復配列 • ポリメラーゼⅢスプリットプロモーターを持つ • LINEの増幅機構に便乗して増えている • 多くのSINEはｔRNA由来である • LINEよりも起源が新しいものが多い ポリメラーゼⅢ スプリット プロモーター AAAAAAA

  6. Vic-1のドットブロット　ハイブリダイゼーションVic-1のドットブロット　ハイブリダイゼーション ラマ ビクーナ ラクダ ラクダ科に特有のSINE（Vic-1)

  7. CHR-2のドットブロット　ハイブリダイゼーションCHR-2のドットブロット　ハイブリダイゼーション カバとクジラに共通のSINE（CHR-2)の発見 ニホンシカ ウシ キリン カバとクジラの共通の祖先において CHR-2が分化した カバ 今までの分類学の修正 　　　カバ（偶蹄目） 　　　クジラ（鯨目） 偶蹄鯨目の新設

  8. 長鎖散在性反復配列（LINE) LINE ゲノムDNA • ゲノム中にほぼランダムに分布している約６ｋｂｐの反復配列 • ポリメラーゼⅡプロモーターを持ち、ゲノム上の遺伝子と同様にRNAに転写される • このRNAは自身から翻訳されたタンパク質と会合して核に戻る • この複合体はゲノムDNAに切れ目を入れて、RNAはDNAに逆転写され、ゲノムDNA中に挿入される 転写 LINEのRNA 核外に移行 LINE由来のタンパク質 核内に移行 逆転写されたDNA ゲノムDNAへの挿入

  9. ＬＩＮＥの構造 • ポリメラーゼⅡプロモーターを持つ • タンパク質に翻訳される２つの領域を持つ • 逆転写酵素(pol)をコードしている • ポリAテールを持つ ポリメラーゼⅡ プロモーター ORF1 ORF2(pol) ＡＡＡＡＡＡ polyAtail

  10. LINEによる遺伝子重複 • 一部のLINE配列は３‘側が壊れている • そのためLINEの外側まで転写される • まれにLINEの外側の遺伝子までゲノム上にコピーされる ３‘側が壊れている 別の遺伝子 LINE ここまでRNAに転写される 逆転写 重複された遺伝子 コピーされたLINE 別のゲノム領域に挿入される

  11. 大野のゲノム４倍化説 各動物のゲノムサイズの比較 各動物のＨＯＸ遺伝子群の比較 • カンブリア初紀の諸動物は共通するゲノムを持っていた • 脊椎動物のゲノムは、カンブリア紀の無顎動物またはその直後に２回染色体重複を起こして４倍体になった

  12. ヒト第６、９、１、１９染色体上に見出される相同遺伝子ヒト第６、９、１、１９染色体上に見出される相同遺伝子 第６染色体　　　第９染色体　　第１染色体　　第１９染色体 コラーゲン　　　　　　COL11A2 COL5A1 COL11A1 ノッチホモログ NOTCH4 NOTCH1 NOTCH2 NOTCH3 ホメオボックス PBX2 PBX3 PBX1 補体因子 C2,C4A,C4B C5,C8G C3 テネイシン TNX HXB TNR 熱ショック蛋白質 HSPA1,1L GRP78 HSPA6,7 HSPF1 原がん遺伝子 NTRK4 NTRK3 NTRK1,2 チロシンキナーゼ JAK2 JAK1 トロポニン TNNI1 TNN3 Fcレセプター FCGR1,3 FCGRT 上流刺激因子 USF1 USF2 安藤ら（１９９７）より改変

  13. Relationship between six chromosomal regions related to Hox gene cluster in the mouse genome

  14. 斬新的進化説と断続平衡説

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