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Bioworkbench 구현 계층 수준의 기능 정의

Bioworkbench 구현 계층 수준의 기능 정의. 사용자 계층. 작업 분배 계층. 작업 수행 계층. 사용자 환경 제공. 작업 순서 관리. 작업 수행. 작업 분배 관리. 작업 수행 요청. 작업 요청 기록. 데이터 관리 계층. Bioworkbench 에 적용된 요소. 사용자 계층. 작업 분배 계층. 작업 수행 계층. Pipeline Execution Management System ( PEMS ). Job Execution System ( JES ). Job Distribution

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Bioworkbench 구현 계층 수준의 기능 정의

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Presentation Transcript

  1. Bioworkbench 구현 계층 수준의 기능 정의 사용자 계층 작업 분배 계층 작업 수행 계층 사용자 환경 제공 작업 순서 관리 작업 수행 작업 분배 관리 작업 수행 요청 작업 요청 기록 데이터 관리 계층

  2. Bioworkbench 에 적용된 요소 사용자 계층 작업 분배 계층 작업 수행 계층 Pipeline Execution Management System ( PEMS ) Job Execution System ( JES ) Job Distribution Management System ( JDMS ) Eclipse RCP Directory Manager MySQL 데이터 관리 계층

  3. 표현 정리 PIPELINE ACTIVITY START MODULE MODULE PIPELINE END

  4. 기록 단위 정리 > MODULE PIPELINE || || > > EXECUTION STEP JOB

  5. 각 단계별 관계도 Development Submission Registration Execution Pipeline Name + Version으로 파이프라인 구분 Project Pipeline Instance New Submission ( Pipeline ) Module Pipeline Update Submission ( Pipeline ) Instance Pipeline Update Pipeline

  6. 단계간 XML 관계 정의 Development Submission Registration Execution Project Development 의 Project XML 과 같은 ID 사용 Submission pipeline XML 의 ID와 다른 ID를 생성하여 사용 Registration pipeline XML 과 같은 ID 사용 Pipeline Module Pipeline XML PipelineXML Pipeline XML Pipeline Update Pipeline

  7. File Data 독립성 및 접근성 정의 DATA FILE Development 모든 계층에서 접근 가능 ( 미구현 ) Update Pipeline 등록을 위해 일시 저장 Submission 등록을 위해 일시 저장 Test 시 Development 사용 Registration Execution Update Pipeline

  8. XML - Pipeline <pipeline id=“pipeline-id” name=“pipeline-name” version=“0.1”> <description></description> <activities> <activity id=“activity-id” name=“activity-name” type=“start” x=“50” y=“50”> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </activity> <activity id=“activity-id” name=“activity-name” type=“end” x=“150” y=“50”> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </activity> <activity id=“activity-id” name=“activity-name” type=“module” x=“100” y=“50”> <module-link id=“link-id” target=“module-id”/> </activity> </activities> <transitions> <transition id=“transaction-id” source=“activity-id” target=“activity-id”/> </transitions> <modules> <module id=“module-id” name=“module-name” type=“script” script=“python”> <description></description> <input> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </input> <output/> </module> <module id=“module-id” name=“module-name” type=“cluster” script=“perl”> <description></description> <input> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </input> <output> <data-link id=“link-id” target=“data-id”/> </output> </module> <module id=“module-id” name=“module-name” type=“pipeline”> <pipeline-link id=“link-id” target=“pipeline-id” location=“external”> <input> <data-connection id=“connection-id” source-id=“pipeline-data-id” source-name=“data-name” target=“data-id”/> </input> </module> </modules> <datas> <data id=“data-id” name=“Data Name” type=“string” > <description></description> <default>default value</default> </data> <data id=“data-id” name=“Data Name” type=“file” editable=“false”> <description></description> <default/> </data> </datas> </pipeline>

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