1 / 22

Юртаева С., Коробко Е.

Московская гимназия на Юго-западе № 1543 Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН Генотипирование генов главного комплекса гистосовместимости по локусу HLA.

spencer
Download Presentation

Юртаева С., Коробко Е.

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Московская гимназия на Юго-западе № 1543 Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАНГенотипирование генов главного комплекса гистосовместимости по локусу HLA. Юртаева С., Коробко Е. Научный руководитель: Доктор биологических наук Юрий Борисович Лебедев. Москва 2011

  2. Введение. Аутоиммунные заболевания – это заболевания, нарушающие работу иммунной системы, которая начинает уничтожать собственные клетки организма. Анкилозирующий спондилит (АС) – аутоиммунное заболевание, для которого характерно развитие воспаления суставов осевого скелета с последующим формированием участков окостенения.

  3. Наша гипотеза:Мы предположили ассоциацию риска развития заболевания с однонуклеотидной заменой в гене MICA, находящегося в HLA – локусе шестой хромосомы человека

  4. HLA–локус содержит весь кластер генов главного комплекса гистосовместимости (MHC).MHC – это большая группа белковых молекул на поверхности большинства клеток здорового человека, которая служит для распознавания своих и чужих пептидных цепочек.

  5. Белки МНС включают два основных класса:

  6. Еще одна функция МНС белков состоит во взаимодействии с NKклетками (клетками врожденного иммунитета).

  7. MICA– стресс-индуцируемый HLA-подобный белок. Этот белок распознается специальным(и) рецептором(ами) NKG на поверхности NK- и некоторых Т-клеток .

  8. ПЦР Из приблизительно 50-ти известных аллельных вариантов, отличающихся один от другого набором однонуклеотидных замен, лишь несколько замен предполагают функциональные последствия, так как приводят к замене аминокислоты. Для определения нуклеотидной замены мы использовали метод ПЦР (полимеразная цепная реакция), который позволяет добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов ДНК в пробе.

  9. Мы исследовали три возможные однонуклеотидные замены в 3-ем экзоне гена (Met на Val в двух различных участках гена MICA, и замены His на Leu в одном случае.) А) rs1051792(Met152Val) Б) rs41560824(Met174Val)

  10. Цели и задачи Целью нашей работы было сравнение вариабильности геномов по локусу гена главного комплекса гистосовместимости (HLA-локусу) MICA в выборках здоровых доноров и больных аутоимунными заболеваниями (анкилозирующим спондилитом). Для выполнения данной цели нами были поставлены следующие задачи: • Определить частоты трех однонуклеотидных замен (SNP) в исследуемых выборках. • Выяснить, существует ли разница в частоте исследуемых аллелей между группой больных и здоровых людей.

  11. Этапы постановки ПЦР 1) промотор 2)некодирующая область 3) экзон 4)интрон 5)прямой праймер 6)обратный праймер 7)однонуклеотидные замены

  12. Мы проводили генотипирование среди двух выборок: 25 здоровых людей и 20 людей больных анкилозирующим спондилитом

  13. Результаты ПЦР-I

  14. Результаты ПЦР-II (маркер rs1051792) генотип T/T C/T C/T C/T

  15. Далее мы посчитали частоты встречаемости гомо и гетерозигот для выборки больных и здоровых доноров и частоту встречаемости отдельного аллеля в этой выборке.

  16. Для проверки статистической достоверности различий в частотах встречаемости минорных аллелей между выборками больных и здоровых доноров мы использовали пакет программ для статистической обработки данных генотипирования OpenEpi. Учитывая небольшой размер анализируемых выборок мы применяли оценку по точному критерию Фишера.

  17. В качестве примера представлена «2х2 Таблица» интернет-ресурса OpenEpi, заполненная в соответствии с частотами аллелей по маркеру rs1051792.

  18. Выводы По результатам генотипирования нами установлено, что в исследованных выборках: - отсутствует полиморфизм по маркеру Rs38(HL), т.к. частота минорного аллеля равняется нулю. - частоты встречаемости аллелей «С» по маркерам rs1051792 и Rs415 существенно отличаются от представленности данных аллелей в усредненной популяции европеоидов, что может свидетельствовать о сцепленности маркеров с другим геном HLA-локуса – геном HLA B27 - обнаруженные отличия частот аллелей у больных и здоровых не являются статистически достоверными Для российской популяции показано отсутствие ассоциации стресс-индуцируемого HLA-подобного гена MICA с развитием аутоиммунных артропатий.

  19. Благодарности. Мы выражаем свою благодарность Институту биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН и всю лабораторию сравнительной и функциональной геномики за предоставленную возможность выполнить нашу научную работу. Особенно мы хотим поблагодарить нашего научного руководителя Юрия Борисовича Лебедева за чуткое руководство, отзывчивость и неоценимую помощь. Также мы благодарим Сергея Менделевича Глаголева за организацию практики.

More Related