Salmonelles

1. Salmonelles

2. Classification Genre le plus complexe et le plus vaste de la famille des entérobactéries 2 espèces : S. enterica +++ et S. bongori (rare) Salmonella enterica : divisée en 6 sous-espèces • Salmonella enterica subspecies enterica homme et animaux à sang chaud (> 99,5 % des souches pathogènes) • Salmonella enterica subspecies salamae • Salmonella enterica subspecies arizonae • Salmonella enterica subspecies diarizonae • Salmonella enterica subspecies houtenae • Salmonellaenterica subspecies indica Dans chaque sous-espèce, différents sérovars (sérotypes) sur la base des antigènes O, H et Vi

3. Nomenclature • Genre, espèce, sous espèce: • toujours en italique • Ex : Salmonella enterica subspecies enterica Salmonella enterica subspecies arizonae • Sérotype : • Jamais en italique • Commence par une majuscule • Ex : Salmonella enterica subsp. enterica sérotype Typhi • Salmonella enterica subspecies enterica • seul groupe isolé chez l ’homme => la sous espèce et l ’espèce ne sont pas mentionnés => seul le sérotype est précisé => nomenclature usuelle : genre + sérotype Ex : Salmonella Typhi Salmonella Enteritidis

4. Habitat Les Salmonellaenterica sont essentiellement des parasites du tube digestif de l ’homme et des animaux à sang chaud • Sérotypes strictement humains : • Typhi • Paratyphi A, B ou C • Sendai • Sérotypes strictement animaux : • Abortus-Ovis : ovins • Gallinarum-Pullorum : volaille • Sérotypes ubiquistes : • Typhimurium +++ • Hadar, Heidelberg, Saint-Paul, Virchow, Senftenberg : volaille (dinde, poulet) • Enteritidis : œufs • Dublin : bovins

5. Sous-espèce enterica : 2 types de salmonelloses Salmonelloses majeures Salmonelloses mineures

6. Salmonelloses majeures Affections strictement humaines fréquentes en zone tropicale • Sérotypes : • Typhi : cosmopolite mais pratiquement plus de cas autochtones • Paratyphi A : surtout répandu en Afrique • Paratyphi B : Europe • Paratyphi C : Extrême-Orient • Transmission : • Directe au contact des malades ou des porteurs • Indirecte par ingestion d ’eau ou d ’aliments souillés par les selles de sujets infectés (malades, convalescents ou porteurs chroniques) • Très peu de salmonelles suffisent pour => la maladie

7. Physiopathologie • Passage à travers la barrière intestinale • Colonisation des ganglions lymphatiques intestinaux • Passage dans le sang par le canal thoracique : septicémie • Possibilité de multiplication dans différents organes : foie, vésicule biliaire • Passage dans le colon => germes retrouvés dans les selles

8. Symptomatologie des fièvres typhoïdes • Incubation : 5 à 30 jours (15 jours en moyenne) • Période d'invasion : • fièvre, céphalées, vertiges • constipation, puis diarrhée, vomissements, douleurs abdominales • hépatosplénomégalie inconstante • Période d'état : • Tuphos (état d ’obnubilation + phases de délire) inconstant • taches rosées lenticulaires (2-4 mm diamètre) inconstantes • Guérison en 3-4 semaines, mais fatigue résiduelle • Rechutes fréquentes (8 à 30 jours après l’arrêt du traitement)

9. les plus fréquents Salmonelloses mineures Affections fréquentes en zone tropicale • Sérotypes : très nombreux • Typhimurium • Enteritidis • Hadar, Heidelberg, Virchow, Dublin … • Transmission : • Ingestion d ’eau ou d ’aliments contaminés • Aliments incriminés : produits contaminés (viandes, charcuterie, laitages, œufs, volailles), fruits et légumes souillés • Infection souvent collective : repas préparés à l'avance, défaut dans la conservation des aliments (chaîne du froid) • Il faut ingérer beaucoup de germes pour => maladie (106)

10. Symptomatologie des salmonelloses mineures : gastroentérite fébrile • Incubation : 12 à 36 h (après ingestion de l'aliment contaminé) • Fièvre, nausées, céphalées diarrhée liquide glaireuse parfois sanglante, douleurs abdominales violentes, vomissements douloureux et fréquents • Évolution favorable en quelques jours (1 à 7) • Certains sujets restent porteurs sains après la maladie (plusieurs mois)

11. Symptomatologie des salmonelloses mineures : formes extra-digestives • Plus rares, surtout chez le patient immunodéprimé • Circonstances favorisantes: drépanocytose, déficit enzymatique des globules rouges • Formes cliniques : septicémies, infections urinaires, cholécystites, méningites, infections ostéo-articulaires, infections pulmonaires

12. Diagnostic direct des salmonelloses • Prélèvements pour culture 1. Suspicion de fièvre typhoïde • Hémoculture (au début de la maladie, lors des ascensions thermiques) • Prélever au moins 10 ml de sang • 1ère semaine : + dans 90 % des cas • 3ème semaine : + dans 40 % des cas • Coproculture (négative au début, peut rester longtemps positive après la négativation de l'hémoculture) 2. Salmonelloses mineures • Coproculture • L'hémoculture reste négative (parfois positive chez le jeune enfant) • Autres prélèvements : en fonction du contexte (pus, LCR…) • Aliments

13. Milieux d ’isolement Dans un prélèvement théoriquement stérile (hémoculture) : Milieu ordinaire Dans les selles : l'excrétion des germes peut être faible au cours des salmonelloses, et leur nombre est inférieur à celui des espèces commensales : • Culture sur milieu sélectif contenant des inhibiteurs • Utilisation d'un milieu liquide d'enrichissement

14. Milieux sélectifs généralement utilisés : • Hektoen : contient des sels biliaires, du lactose (si utilisation du lactose, le milieu vire au jaune) et des indicateurs (mise en évidence de la production de H2S) Salmonella : colonies verdâtres (lactose -) à centre noir si H2S+ • Milieux chromogènes très spécifiques de Salmonella(colonies roses, oxydase -)

15. Milieux sélectifs généralement utilisés : • Hektoen : contient des sels biliaires, du lactose (si utilisation du lactose, le milieu vire au jaune) et des indicateurs (mise en évidence de la production de H2S) Salmonella : colonies verdâtres (lactose -) à centre noir si H2S+ • Milieux chromogènes très spécifiques de Salmonella(colonies roses, oxydase -) • Milieux d'enrichissement contiennent des antiseptiques sélectifs inhibant les autres bactéries • Müller-Kauffmann (au tétrathionate de Na et vert brillant) • Sélénite (au sélénite de sodium).

16. SCHEMA D'ISOLEMENT D'UNE SALMONELLA PAR COPROCULTURE Selle Isolement sur gélose sélective : Hektoen ou milieu chromogène Bouillon d'enrichissement (Müller-Kauffmann) 1e jour Identification présomptive : - de 5 colonies suspectes sur Hektoen : uréase - ou d ’ 1 colonie rose sur milieu chromogène : oxydase Si uréase - ou oxydase - : galerie API 20E Isolement sur gélose sélective : Hektoen ou milieu chromogène 2e jour Si une Salmonella n'est pas déjà isolée : étude des colonies suspectes. Si Salmonella : agglutination sur lame 3e jour

17. Caractères d'identification : API 20 E • Caractères des entérobactéries • Gaz en glucose (sauf Typhi) • Mobiles (sauf Gallinarum) • Lactose - • ONPG - • ODC + (sauf Typhi) • LDC + (sauf Paratyphi A, Choleraesuis) • Citrate de Simmons + (sauf Typhi, Paratyphi A) • H2S + (sauf Parayphi A, Choleraesuis et Typhi) • Uréase -, TDA-, gélatinase - • VP -

18. Identification antigénique : étape indispensable • Basée sur la détermination, par agglutination sur lame, des antigènes O (LPS paroi), H (flagelle) et Vi (capsule). • il existe >1400 sérotypes pour Salmonellaenterica subsp enterica • Le typage est effectué à partir d'une gélose ordinaire en pente (humidité utile pour un bon développement de l'antigène H). • Vérifier que la souche n ’est pas autoagglutinable en testant un peu de culture dans de l ’eau physiologique.

19. Antigènes O • Spécifique du lipopolysaccharide de paroi • Antigène H • Portés par les flagelles contenant une protéine, la flagelline, qui détermine le type antigénique • Habituellement diphasiques : les salmonelles ont deux systèmes de synthèse codant pour 2 flagellines différentes • Antigène Vi • Polyoside capsulaire retrouvé que chez 3 sérotypes mais de façon inconstante : Salmonella Typhi, Paratyphi C, etDublin • Salmonella Typhi est O-inagglutinable par la présence d'un antigène Vi. => devient O-agglutinables après chauffage à 100°C, qui fait passer l'antigène Vi dans le surnageant.

20. Tableau de Kaufmann-White • indique pour chaque sérovar les antigènes O, Vi et H • A chaque sérovar correspond une formule antigénique • ex. S. Virchow : 6,7 : r : 1,2 • Les sérovars ayant des antigènes O communs forment un groupe désigné A, B, C, D etc... ex. sérovars du groupe B  tous ont l'antigène O4 sérovars du groupe D  tous ont l'antigène O9 • Méthode classique de sérotypage • Utilisation des sérums polyvalents O, puis agglutination par les sérums monovalents • En pratique,minimum desérums à posséder au laboratoire : • sérum anti-Vi (S. Typhi) • sérums polyvalents anti-O 4,5 - O 6, 7, 8- O 9 (> 90 % des Salmonella en France) • Sérums anti- Hi - Hb - Hd - HG (mélange) et Hr

21. Sérovar Antigène O Antigène H Phase I a b b d d e, h f, g f, g, s i 1, v 1, v r y b d d e, h g k r r Phase II 1, 2 1, w 1, 7 e, n, z15 1, 2 - - 1, 2 1, 7 e, n, z15 1, 2 1, 2 1, w 1, 5 1, w 1, 2 m,s 1, 5 1, 5 1, 2 S. Paratyphi A S. Paratyphi B S. Wien S. Schwarzengrund S. Duisburg S. Saint-paul S. Derby S. Agona S. Typhimurium S. Bredeney S. Brandenburg S.. Heidelberg S. Coeln S. Ohio S. Isangi S. Livingstone S. Braenderup S. Montevideo S. Thompson S. Infantis S. Virchow Groupe A 1, 2, 12 Groupe B 1, 4, (5), 12 1, 4, 12, 27 1, 4, 12, 27 1, 4, 12, 27 1, 4, 12 1, 4, (5), 12 1, 4, 12 1, 4, (5), 12 1, 4, 12, 27 1, 4, 12 1, 4, (5), 12 4, 5, 12 Groupe C1 6, 7 6, 7 6, 7 6, 7 6, 7 6, 7 6, 7 6, 7

22. Phase I d e, h I, v r z10 1, v d g, m g, p - e, h e, h g, s, t 1, v 1, v d i z Phase II 1, 5 1, 2 1, 2 1, 5 e, n, x 1, 5 - - - - 1, 6 1, w - 1, 6 1, 7 e, n, z15 1, w 1, w Sérovar Antigène O Antigène H S. Manhattan S. Newport S. Litchfield S. Bovismorbificans S. Hadar S. Panama S. Typhi S. Enteritidis S. Dublin S. Gallinarum S. Anatum S. Meleagridis S. Senftenberg S. London S. Give S. Tel-el-kebir S. Kedougou S. Worthington Groupe C2 6, 8 6, 8 6, 8 6, 8 6, 8 Groupe D 1, 9, 12 9, 12, (Vi) 1, 9, 12 1, 9, 12 (Vi) 1, 9, 12 Groupe E 3, 10 3, 10 1, 3, 19 3, 10 3, 10 Groupe G2 13, 23 1, 13, 23 1, 13, 23

23. Diagnostic indirect des salmonelloses recherche des anticorps: sérodiagnostic de Widal et Félix • Utile uniquement pour le diagnostic des fièvres typhoïdes et paratyphoïdes,en particulier lorsque l'isolement de la bactérie n'est plus possible(malade vu tardivement ou antibiothérapie donnée "à l'aveugle") • Permet de rechercher dans le sérum les anticorps (agglutinines) correspondant aux antigènes O et H de Typhi et ParatyphiA, B, C • Nombreux causes d'erreurs : demander en parallèle une coproculture et une hémoculture pour isolement du germe • Méthode : • Utilisation de suspensions antigéniques:TO, TH, AO, AH, BO, BH, CO, CH • Ce sont des bactéries tuées : • soit par l'alcool (détruit les antigènes H) • soit par le formol (détruit les antigènes O) • Chaque suspension antigénique est mise en présence de dilutions croissantes du sérum du malade pour déterminer le titre en agglutinines

24. Interprétation • Sérodiagnostic négatif la première semaine • Apparition des anticorps anti-O vers le 8ème jour de la maladie(titre : 1/800e à 1/1600) • Apparition des anticorps anti-H vers le 10ème-12ème jour de la maladie (titre : 1/3200) • A la période d'état, il y a simultanément les agglutinines O et H(titre plus élevé des anticorps anti-H). • Les anticorps anti-O disparaissent après la maladie (en 2-3 mois) • Les anticorps anti-H persistent plusieurs années après la maladie ou après une vaccination anti-TAB • La présence seule d'anticorps anti-O témoigne d'une infection récente

25. Résultats faussement positifs • Anticorps anti-TO seuls : infection par une Salmonella ayant un antigène O commun avec Typhi, mais des antigènes H différents. ( Il s'agit le plus souvent de Enteritidis) • anticorps anti-BO seul : Typhimurium • BO ou TO : certaines souches de Yersinia pseudotuberculosis (communautés antigéniques) • Réaction faussement positives au cours du paludisme, typhus exanthématique, dysglobulinémies et infections diverses à entérobactéries • Résultats faussement négatifs • Pendant la première semaine de la maladie • Traitement précoce par antibiotiques ou corticoïdes • Rares cas de typhoïdes sans élévation d'anticorps • La sérologie est une orientation et non un diagnostic

26. Prévention Surveillance épidémique nationale : Institut de Veille Sanitaire, Centre National de Référence Salmonella Typhi : déclaration obligatoire Autres salmonelles : envoi au Centre National de Référence • Réduction de la dissémination : hygiène • Distribution d'eau de qualité, tout à l'égout, traitement des eaux usées, contrôle de qualité de l'alimentation, zones contrôlées pour les coquillages • Détection des porteurs sains à l'embauche pour certaines professions (cuisines, industries alimentaires) • Précautions d'hygiène quand un cas se déclare (hôpital, crèche...) • Vaccination contre la fièvre typhoïde chez les militaires et personnels professionnellement exposés • TYPHIM Vi : protection contre S. Typhi, peu de réactions secondaires

27. Traitement • Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes • Les souches isolées en France demeurent sensibles aux antibiotiques(1 % de souches résistantes) • Antibiotiques de choix : bonne concentration dans les ganglions lymphatiques • fluoroquinolones (voie orale préférée), triméthoprime-sulfaméthoxazole (Bactrim®), céphalosporines de 3ème génération ou ampicilline (bonne élimination biliaire) • Entérites et toxi-infections alimentaires • Evolution favorable en qq jours, le traitement des salmonelloses est destiné à réduire le risque de diffusion systémique bactérienne dans les cas suivants : • diarrhée profuse ou très fébrile • âge < 3 mois • âge > 65 ans • déficit immunitaire, drépanocytose, prothèse cardiovasculaire ou ostéo-articulaire • Chez l'immunocompétent, une prise unique de fluoroquinolone raccourcit la durée de la diarrhée (principe ATBthérapie chez le voyageur par exemple …)