分子流行病学与医院感染控制

1. 分子流行病学与医院感染控制 －细菌同源性分析研究在感控中的应用 四川大学华西医院实验医学科 临床微生物实验室 谢轶 副教授

2. “谁主张，谁举证” 手术伤口感染 ！& ？ 导管相关血流感染 ！& ？ 证据！ 呼吸机相关肺炎 ！& ？

3. 临床微生物实验室 基 础 微生物检验学 分子流行病学 方 法 院内感染控制部门 目 的 基 础 临床诊断

4. 分子流行病学方法 细菌分型 病原学诊断 细菌鉴定 表 型 生物表型 生物基因型 & 同源性 耐药性 毒力 菌种、药敏 基因型 临床微生物实验室 医疗相关感染的病原学多重耐药菌的出现：MRSA、ESBLs、VRE、XDR-Ab、 XDR-Pa

5. 1、是否所有院内感染都要追查病原体？ Yes，应尽量寻找病原菌。 2、是否所有的病原体都要检测同源性？ No，非常必要时才考虑。 3、病原体同源性分析能提供什么信息？ 1. 病原体同源性； 2. 携带特殊基因

6. 泌尿道感染UTI的临床诊断 SUTI Symptomatic 有症状的尿道感染 ASB Asymptomatic bacteriuria 无症状的尿道感染 在收集泌尿道感染的实验室数据时，需注意：导尿管的尖端培养结果不能作为诊断泌尿道感染的条件。尿培养必须使用适当的无菌技术进行留取，如清洁留取的中段尿液。 urinary tract infection 1.UTI症状任1项 and 2.尿培养≥10^5/ml and 3.细菌<2种 发烧（fever）体温高于38℃ 尿急（urgency） 尿频（frequency） 小便困难（dysuria） 耻骨上压痛（suprapubic tenderness） SUTI Symptomatic 有症状的尿道感染 2008美国CDC/NHSN医院感染诊断标准

7. ATGC ATGC ATGC AATATCCG AATATCCG AATATCCG GTT GTT GTT ATCG…… 金黄色葡萄球菌 大肠埃希菌 ATGCGTT GCGAGTA ATGCGTT GCGAGTA ATGCGTT GCGAGTA

8. 细菌同源性分型基本原理（一） 酶切产物 限制性核酸内切酶 大肠埃希菌 限制性核酸内切酶 酶切产物

9. 细菌同源性分型基本原理（二） PCR产物 PCR 大肠埃希菌 PCR PCR产物

10. PCR技术 分子生物学技术 的核心与基础 细菌同源性研究 －分子生物学方法 DNA指纹技术和核酸序列检测是发展较快的前沿技术，对微生物种群分类、基因结构分析、流行病学研究、院内感染控制均具有较高的实用价值。 PFGE、rep-PCR …… DNA/RNA、PCR、sequencing …… • 脉冲场凝胶电泳（PFGE） • 多位点序列分析（ MLST ） • 多位点重复序列分析（rep-PCR）

11. Stain Gel and Visualize Band Patterns Pulsed Field Gel Electrophoresis A B C D E F G H I

12. Multi-Locus Sequencing Typing MLST：选定目的基因组的数个看家基因位点；针对各基因位点设计相应的PCR引物，扩增各目的看家基因片断；扩增产物测定DNA序列；进而给每各基因位点指定相应的等位基因数值；各看家基因位点的等位基因数值共同构成一个等位基因谱，从而命名相应的序列型。 6 2 3 15 2 7 2 PCR MLST DATABASES Sequencing GCCATGCTTAGAAT

13. Repetitive PCR • 细菌基因组中广泛分布的短重复序列（repetitive sequence），它们在菌株、种、属水平上分布有差异及进化过程有相对保守性。 • rep-PCR：即细菌基因组重复序列PCR技术；是扩增细菌基因组中广泛分布的短重复序列，通过电泳条带比较分析，揭示基因组间的差异。 DiversiLab System BioMerieux

14. 细菌的分子同源性分型方法

15. 选择何种分型方法应首先由研究的目标决定 • 短期单中心爆发或病人研究 • 高分辨率的分型方法，如PFGE • 收集病例相关的菌株以及与先证者不相关的菌株 • 长期多中心研究 • 首先进行PFGE分型 • 选择部分菌株进行MLST/rep-PCR分型 • 注意收集流行病学资料 • 种群研究 • PFGE, MLST, rep-PCR, DNA芯片

16. 感谢聆听！！！ 微生物检验whire沙龙，QQ群号：111340506