Ephesis

1. Ephesis Environment Phenotype Information System Système d’information sur les Interactions entre Génotype et Environnement Cyril pommier - Ephesis

2. Origine, Objectifs, Attendus • URGI • Organisation du projet • Périmètre scientifique • Modèle de données • Flux de données • Réalisation • Planning Cyril pommier - Ephesis

3. Objectifs et Attendus Cyril pommier - Ephesis

4. ObjectifsMultiorganisme • Grandes cultures • Légumineuses • Plantes Pérennes • Plantes Maraîchères • Fourragères • Vigne Cyril pommier - Ephesis

5. ObjectifsDiversité des approches • Pratiques culturales • Echelles : organe  parcelle agricole • EA • Analyse de l’impact environnemental • Nb covariables environnementales > nb Génotypes • GAP • Analyse du comportement des génotypes • nb Génotypes > nb covariables environnementales Cyril pommier - Ephesis

6. Attendus • Pérennisation, archivage, organisation et tri • Type de données : • Génotype • Phénotype • Essai (Traçabilité plan et protocole d’expérience) • Environnement (pédoclimatique, biotique, culturale) • Intégration des données existantes et futures • Visibilité nationale et internationale (Données et Unités) • Gestion réseau expérimental : • Diversité environnemental • Réorganisation et export des données pour analyse • Coordination avec les projets existants Cyril pommier - Ephesis

7. URGI Cyril pommier - Ephesis

8. Missions • Plateforme • Support à l’annotation Génomique • Système d’information en bioinformatique : • Végétaux • Agresseurs • Intégration et croisement de données génétiques et génomiques. • Recherche dynamique des génomes (ET) Cyril pommier - Ephesis

9. GnpMap GnpSNP Polymorphisme Carto SIReGal GnpMap GnpSNP GnpSeq Variété Siregal Aster GnpGenome Ephesis GnpArray GnpProt Phénotype Environnement Expérimentation L’URGILes thématiques Cyril pommier - Ephesis

10. Organisation du projet Cyril pommier - Ephesis

11. Chef de projet S. Durand Chef de projet C. Pommier Responsable scientifique J.M. Prosperi Responsable scientifique P. Roumet Organisation Comité de pilotage GAP, EA, BD, SNP, experts biologistes et informaticiens Siregal Ephesis Equipe de développement URGI - 3 personnes 1 fois par semaine Comité des bioinformaticiens 5 personnes 2 fois par an Comité des utilisateurs 22 personnes 2 fois par an Comité des utilisateurs 10 personnes 2 fois par an Cyril pommier - Ephesis

12. Comité utilisateursComposition • Diversité des espèces et des pratiques • EA (Toulouse, Grignon), Legumineuses (Dijon), Mais (Moulon), Blé dur (Maugio), Maraichères (Avignon), Architecture plante (Montpellier), Vigne (Colmart), Pérène (Bordeaux), Fourragères (Lusignan) • Sensibilité : • Production de données • Analyse/Valorisation de données • Consensus sur le modèle de données: • Essai • Traçabilité, analyse et typologie de l’environnement (Itk, Climatique, …) • Suivit du développement des génotypes • Phénotypes Cyril pommier - Ephesis

13. Périmètre scientifique des IGxE • Génotype / Accession • Environnement • Phénotype Cyril pommier - Ephesis

14. Périmètre scientifiqueStudySubject • Référence des notations : • Phénotypes • Environement • Echelle : • Dispositif • Bloc/Répétition • Microparcelle • Plante • Organe StudySubject Cyril pommier - Ephesis

15. GnpMap GnpSNP GnpArray Carto Polymorphisme Expression SIReGal Accession Lot Périmètre scientifiqueGénotype / Accession • Existant (URGI) • Variété : • Taxonomie, Généalogie… SIReGal • Génotypage : • Marqueurs • QTL • Variabilité StudySubject Cyril pommier - Ephesis

16. GnpArray GnpMap GnpSNP Carto Polymorphisme Expression SIReGal Accession Lot Périmètre scientifiqueEnvironnement • Géographie • Pratique culturale • Pédoclimatologie • Bioagresseurs • Interface avec l’existant: • SI environnementaux • LIMS, Base Locales StudySubject Environnement LIMS Agroclim Infosol Cyril pommier - Ephesis

17. GnpArray GnpMap GnpSNP Carto Polymorphisme Expression Siregal Accession Lot Périmètre scientifiquePhénotype • Ontologies de phénotypes: • Internationales (PO, TO, …) • Spécifique projet • Spécifique dispositif • … • Quantitatifs • Qualitatifs • Complexes StudySubject Phénotype Environnement LIMS Agroclim Infosol Cyril pommier - Ephesis

18. Modèle de données Cyril pommier - Ephesis

19. Ephesis Modèle de données • Modèle conceptuel simplifié Cyril pommier - Ephesis

20. Ephesis : Module Sujet d’étude • Type : ontologies • Positions : plan d’expérience • State : état, stade de développement Cyril pommier - Ephesis

21. Ephesis : Module environnement • SI Environnementaux : liens futur sur le StudySubject • Milieu : regroupement de StudySubject (Conduite de culture, …) Cyril pommier - Ephesis

22. Ephesis : Module Phénotype • Trois classes de phénotypage • mesurmentUnit : Ontology • PhenotypingCampaign : besoin vigne (pérenne ?) Cyril pommier - Ephesis

23. Intégration de données Cyril pommier - Ephesis

24. champs plateaux champs Saisieex : Adonis Phénotypage Manuel Phénotypage Haut Débit Ephesis Expression URGI Polymorphisme Ressources Génétiques Cartographie Intégration de données • Base de données locale existante • Synchronisation entre bases • Pas de base de données locales • Fichier d’échange • Solution de base de données locale Cyril pommier - Ephesis

25. Synchronisation entre bases • URGI-Extractor • Facilite travail d’extraction de données • Un fichier de configuration: • Requêtes SQL sur la base locale • Génération des fichiers de données • Envois et intégration à l’URGI • Mise en place simple pour les partenaires URGI Cyril pommier - Ephesis

26. Solution base de donnée locale • Demande d’un outil de gestion journalière • Etude de l’existant avant dévelopement • Evaluation de Labkey Cyril pommier - Ephesis

27. Labkey de DorianeCaractéristiques Labkey Sélection (accessions, lots, généalogie) • Outil de gestion quotidienne (saisie, modification, validation, stocks, essai, …) • Toutes les espèces végétales • Lignée, Hybride, Population • Serveur Windows • Multi-utilisateur • Interface Excel-like • Glisser-coller Labkey Expérimentation (protocoles, essais, phénotypes) Labkey Serveur Labkey Marqueursmoléculaires CatchKey Appareils de saisie portables Cyril pommier - Ephesis

28. 20 ans d’expérience chez les sélectionneurs Logiciel commercial A l’INRA Licence semi-libre (gratuit pour l’INRA) En cours d’évaluation par 5 CRG pilotes et 3 équipes expérimentales Si validé, déploiement en 2010 LabkeyEvaluation Cyril pommier - Ephesis

29. Fichier d’échange • Pas de Base de données locale • Format en cours de finalisation • Essai été 2009 Cyril pommier - Ephesis

30. Perspectives Cyril pommier - Ephesis

31. Ephesis version 1.0beta • Mise à disposition du CSU en juin • Stockage et recherche d’Essais expérimentaux • phénotypes • accessions • Lien web avec Siregal Cyril pommier - Ephesis

32. Perspectives • Eté 2009 : évaluation par le CSU • URL privée 1.0 beta • Intégration de données • Septembre 2009 : Retour utilisateurs sur 1.0 beta au CSU • Automne 2009 : Export de données Excel • Première mise en production prévue début 2010 Cyril pommier - Ephesis

33. Questions Saisieex : Adonis Ephesis Expression Polymorphisme Systèmes d’informations Environnementaux Phénotypage Haut Débit Phénotypage Manuel Ressources Génétiques Cartographie URGI champs plateaux champs AgroClim InfoSol Analyses / Validations Bases Internationales Internet Visibilité Nationale Internationale Modèles Agronomiques,Record Modèles StatistiquesDiagvar, R TairEchange : Données XRef Cyril pommier - Ephesis