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Contribuir al avance de la ciencia en España:

Objetivos. Contribuir al avance de la ciencia en España: Dotando de alta capacidad de cálculo a la comunidad científica, pública y privada. Mediante programas propios de investigación en áreas relacionadas con la supercomputación. Structure. MMB.

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Contribuir al avance de la ciencia en España:

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Presentation Transcript

  1. Objetivos • Contribuir al avance de la ciencia en España: • Dotando de alta capacidad de cálculo a la comunidad científica, pública y privada. • Mediante programas propios de investigación en áreas relacionadas con la supercomputación

  2. Structure MMB

  3. Programa de Modelización Molecular y Bioinformática • Análisis genómicos. • Mineria de datos. • Biología de sistemas. • Modelización Molecular. • Predicción de plegamiento • Estudios de interacciones biomoleculares • Análisis de reactividad enzimática • Análisis genómico • Predicción de estructura • Diseño y modelización molecular • Biología de sistemas • Mineria de datos • Estudio interacción y reactividad biomolecular • Análisis de la reactividad enzimática 3 grupos finales 2005  10 grupos en 5 años

  4. MareNostrum • 4564 Procesadores PowerPC 970 FX • Total de 9 TB memoria central. • 233 TB disco. • 3 redes comunicación: • Myrinet. • Gigabit. • 10/100 Ethernet. • SO Lynux.

  5. TOP5 Supercomputer Sites

  6. Acuerdo estratégico BSC-INB • El BSC aloja a uno de los nodos verticales del INB • El INB subvenciona personal técnico par dar soporte a proyectos genéricos de bioinformática • El BSC provee soporte computacional especial al INB: • Gestión y mantenimiento de bases de datos • Optimización de códigos • Soporte a cálculo de altas prestaciones hasta un 20% de MN en projectos de del INB

  7.  Más de 900 entradas PDB • Simulaciones de 10 ns. • Completo análsis dinámico • Esfuerzo CPU equivalente: >10 millones de horas P-IV

  8. ANALISIS DE SECUENCIA AGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTA AGCGCGCATTTAGCGCTGTGCATGAAATCCGCGCGGTAGCGTTTGAAGGTCAGCTATC AGGTAGCGTTATGAAGGTGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTG GGTACCGTTTGGGTAGCTTTTCAAGGTAAGCTTGCGATCGATTGACCCATGGCTATTA AGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTGGTAGCGTTTGAAGGTTACAGTTAGCGCGACAA AGCATGGGGTAGCGTTTGAAGGTTTTCAAGAAAAATCCGCTGCTGATGGGATATTTTA • Localizar 1 proteína en genomas: • 15 especies  10 minutos • Localizar todo proteoma humano: • 100 especies  > 1 año • Buscar secuencias homólogas • Determinar pautas comunes • Operaciones sencillas realizadas muchas veces • Manejo de grandes bases de datos

  9. Simulaciones de dinámica molecular

  10. 123898 atoms: 33284 H2O, 14 Mn+, 94 Cl- and 210 Na+

  11. Simulaciones de “docking” 1 minutos x proteina x ligando C90-PDB x librería 105 compuestos 62500 dias CPU PIV 100 ns MD = 1500 dias CPU PIV

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