1 / 21

a/b struktūras

a/b struktūras. Mucas, plāksnes un pakavi. Kopīgās iezīmes. Paralēlas b virknes ir izkārtotas plāksnēs vai mucās Individuālas b virknes ir savienotas ar a spirālēm b-a-b motīvs ir galvenā sastāvdaļa. TIM muca. Pirmo reizi novērots enzīmā T riozes fosfāta I zo m erāzē.

tasya
Download Presentation

a/b struktūras

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. a/b struktūras Mucas, plāksnes un pakavi

  2. Kopīgās iezīmes • Paralēlasb virknes ir izkārtotas plāksnēs vai mucās • Individuālas b virknes ir savienotas ar a spirālēm • b-a-b motīvs ir galvenā sastāvdaļa

  3. TIM muca Pirmo reizi novērots enzīmā Triozes fosfāta Izomerāzē

  4. TIM mucas kodols • Kodols ir piepakots ar hidrofobām aminoskābēm • Sānu ķēdes izkārtotas 3 slāņos

  5. Izņēmuma gadījums... • Koenzīma A mutāzei ir hidrofila kabata mucas iekšpusē • Koenzīms A (zaļš) piesaistās hidrofilajā kabatā

  6. TIM muca kā domēns • Daudzdomēnu proteīnos ar TIM mucu, enzimātiskā funkcija vienmēr lokalizējas TIM mucas domēnā

  7. Aktīvā centra novietojums TIM mucas enzīmos • Aktīvais centrs ir novietots mucas augšpusē starp cilpām b virkņu C-galā

  8. Dubultās TIM mucas • Fosforibozilantranilāta (PRA) izomerāzeun indoglicerolil fosfāta (IGP) sintāze E.coli • Enzīms katalizē divas reakcijas triptofāna biosintēzē

  9. Citiem miroorganismiem mēdz būt divi atsevišķi enzīmi, katrs sastāv no vienas TIM mucas 1. mucas katalizētā reakcija Vēl citiem mikroorganismiem līdzīgā enzīmā ir trīs TIM mucas; trešā katalizē nākošo reakciju triptofāna biosintēzē 2. mucas katalizētā reakcija

  10. TIM mucas: enzīmu evolūcijas piemērs • Mutējot aminoskābes aktīvā centra cilpās evolūcijas gaitā var rasties enzīmi ar pilnīgi jaunu funkciju • Varētu būt, ka visi TIM mucu saturošie enzīmi ir evolucionāri radniecīgi

  11. Abas reakcijas katalizējošie enzīmi ir TIM mucas ar 26% identitāti

  12. a/b-pakava folds a/b pakavs Parastais zirga pakavs

  13. a/b pakava hidrofobais kodols • Atrodas starp b virknēm un spirālē, NEVIS pakava vidū • Daudz leicīnu

  14. Leicīna bagātie atkārtojumi (LRR, leucine rich repeats) a/b pakava proteīnos • a- alifātiska aminoskābe • X- jebkura aminoskābe • LRR sekvence ir pietiekoši konservatīva, lai a/b pakava proteīnus varētu atpazīt tikai no aminoskābju sekvences

  15. a/b atvērtā savērptā (open twisted) plāksne • Paralēla vai jaukta b plāksne ar a spirālēm abās pusēs • b virkņu skaits var būt no 4 līdz 10 • Saukts arī par Rosmana foldu

  16. Topoloģija • TIM mucu un LRR proteīnos topoloģija ir fiksēta • a/b atvērtajā savērptajā plāksnē topoloģija var būt ļoti dažāda TIM 2 piemēri a/b atvērtajai savērptajai plāksnei

  17. Aktīvā centra novietojums a/b atvērtajā savērptajā plāksnē • Aktīvais centrs atrodas to divu b-virkņu C-galos, no kurām cilpas iet uz pretējām b plāksnes pusēm

  18. Sendviči.... Parastie sendviči Proteīnu struktūru sendviči

  19. Proteīnu struktūru senviči • Daudzslāņainas molekulas, katrs slānis ir veidots no a vai b struktūras • Visbiežāk sastopamie: • a-b dubultais sendvičs • a-b-a trīskāršais sendvičs • b-a-b trīskāršais sendvičs • b dubultais sendvičs • a/b atvērtā savērptā plāksne ir ... • Pareizi, a-b-a trīskāršais sendvičs

  20. Kas tas? • TATA boksa piesaistīšanās proteīns (TBP) ir ... sendvičs • Pareizi, a-b dubultais

  21. Vai ir arī citi a/b proteīni? • Pastāv vēl ļoti daudz a/b proteīnu foldu • Lielākajai daļai to tiem ir ļoti maz pārstāvju, tādēļ tie sīkāk netiks apskatīti

More Related