רפליקציה

1. טרנסקריפציה טרנסלציה רפליקציה

2. telomerase

4. Semiconservative replication הכפלה משומרת למחצה סרט ראשון

5. Cell Division and DNA Replication Cell Cycle Regulators Replication Initiation Replication Commitment Cell Growth & Completion of Replication Cell Division

6. שאלה In man 104 to 105 sites

7. כמה origin of replicationיש בגנום של הפרה? • 1. אחד • 2. אחד לכל כרומוזום • 3. אחד כל כ-100000 נוקלאוטידים • 4. אחד כל כ-1000 נוקלאוטידים

8. מבנה אתר התחלת רפליקציה - ORI

9. DnaBהליקאז helicase loader DnaC

10. פרימאז פרימר: רצף קצר של נוקלאוטידים

11. 5’ GCATTCAGCAA 3’ 3’ AGUCG 5’ RNA ריבוז DNAדיאוקסי פרימר: רצף קצר של נוקלאוטידים

12. פולימראז – אינזים המוסיף נוקלאוטיד לנוקלאוטיד עפ"י תבנית הגדיל המשלים III פולימראז תמיד מסנטז מכיוון 5' ל3' • DNA פולימראז דורש: • פרימאר עם קצה 3' OH • TEMPLATE גדיל קריאה • נוקלאוטידים

13. g a b NTP

14. DNA Polymerase להראות סרט • Bacteria • Single Ori • Initiation or replication highly regulated • Once initiated replication forks move at ~400-500 bp/sec • Replicate 4.6 x 106 bp in ~40 minutes שאלה

15. מה תפקידו של הליקאז? • 1. לפתוח זיווגי בסיסים • 2. למנוע מהדנא לחזור למצב דו-גדילי • 3. ליצר פרימר של רנא • 4. לסנטז גדיל משלים

16. DNA SYNTHESIS REACTION שאלה 5' end of strand P P Base Base CH2 CH2 O O P P CH2 CH2 Base Base products O O H20 + 3' P P P P OH P Synthesis reaction Base CH2 P O CH2 5' Base O OH 3' 3' end of strand OH

17. איזה סוג קצה של דנא יהיה ב-5'? 5’ 3’ • 1. קצה עם קבוצת OH. • 2. קצה עם פוספאט אחד. • 3. קצה עם שני פוספטים. • 4. קצה עם שלושה פוספטים

18. DNA Pol III activity • 5’ to 3’ DNA polymerase • Very processive: Once it locks on it does not let go • Very active: Adds 1,000 nucleotides/sec! • High fidelity (מדויק): has a 3’ to 5’ exonuclease activity that removes mismatches

19. How good is Pol III? • 1 in 10,000 bases added are mismatched. • Of these, all but 1 in 1,000 are corrected by Pol III • E. coli genome 4,000,000 bp • 400 mismatches • Probably all will be corrected by Pol III

20. בדיקת קריאה DNA פולימראז III הוא בעל פעילות של 3' ל-5' אקסונוקלאז וזה רק כאשר לא הוסיף את הנוקלאוטיד הבא

21. בהפסקות

23. מזלג הרפליקציה

25. פרגמנט אוקזקי

27. ליגאז סרט רפליקציה

28. Supercoiled DNA relaxed by gyrase & unwound by helicase + proteins: 5’ SSB Proteins Okazaki Fragments ATP 1 Polymerase III 2 Helicase + Initiator Proteins 3 Lagging strand 3’ primase base pairs 5’ Polymerase III RNA primer replaced by polymerase I & gap is sealed by ligase 5’  3’ Leading strand RNA Primer 3’

29. DNA repair

30. Overall direction of replication 3’ 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ Replication Helicase: this unwinds DNA DNA polymerase enzyme adds DNA nucleotides to the RNA primer.

31. Overall direction of replication 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 3’ 5’ 5’ Replication DNA polymerase enzyme adds DNA nucleotides to the RNA primer. DNA polymerase proofreads bases added and replaces incorrect nucleotides.

32. Overall direction of replication 3’ 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ Replication Leading strand synthesis continues in a 5’ to 3’ direction.

33. Overall direction of replication 3’ 3’ 5’ 5’ Okazaki fragment 3’ 5’ 3’ 5’ 5’ 3’ Replication Leading strand synthesis continues in a 5’ to 3’ direction. Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA segments called Okazaki fragments.

34. Replication Overall direction of replication 3’ 3’ 5’ 5’ Okazaki fragment 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ Leading strand synthesis continues in a 5’ to 3’ direction. Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA segments called Okazaki fragments.

35. Replication 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 3’ 5’ 3’ 5’ 5’ Leading strand synthesis continues in a 5’ to 3’ direction. Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA segments called Okazaki fragments.

36. 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ Replication 3’ 3’ 5’ Leading strand synthesis continues in a 5’ to 3’ direction. Discontinuous synthesis produces 5’ to 3’ DNA segments called Okazaki fragments.

37. Replication fork

38. לפניך גדיל של DNA שעובר רפליקציה. איזה גדיל משלים יסונטאז? 5’ 3’ ב א • 1. מ-ב יסונטאז הגדיל הנגרר ומ-א הגדיל המוביל. • 2. מ-ב יסונטאז הגדיל המוביל ומ-א הגדיל הנגרר. • 3. מ-שניהם הגדיל המוביל. • 4. משניהם הגדיל הנגרר.

40. topoisomerase

41. טופואיזומראז כמוטרפיה Etoposide – topo II inhibitor

42. Leading and Lagging strands להתכונן לשאלה

44. DNA Replication DNA Polymerase held to DNA by clamp regulatory protein • Clamp protein releases DNA poly when runs into dsDNA • Assembly of clamp around DNA requires ATP hydrolysis • Remains on leading strand for long time; only on lagging strand for short time when it reaches 5’ end of proceeding Okazaki fragments

46. Replication summery Replication Movie

47. Simultaneous Replication Occurs via Looping of the Lagging Strand •Helicase unwinds helix •SSBPs prevent closure •DNA gyrase reduces tension •Association of core polymerase with template •DNA synthesis •Not shown: pol I, ligase

48. Replication Termination of the Bacterial Chromosome • Termination: meeting of two replication forks • and the completion of daughter • chromosomes • Region 180o from ori contains replication fork • traps: ori Chromosome Ter sites

49. Replication Termination of the Bacterial Chromosome • One set of Ter sites arrest DNA forks • progressing in the clockwise direction, a • second set arrests forks in the • counterclockwise direction: Chromosome TerA TerB