730 likes | 1.59k Views
Vibration spectroscopy. 分子振动光谱 ---红外光谱与拉曼光谱---. Infrared spectroscopy and Raman spectroscopy ( IR and Raman ). 洪远凯 生化楼 207 ykhong@bjmu.edu.cn. ?. 生命的本质. ?. 如何感知. 运动. 眼睛. Molecular movement. diatomic molecule . bond distance. Energy. nm. R 0. R 2. R 1. Vibration.
E N D
Vibration spectroscopy 分子振动光谱---红外光谱与拉曼光谱--- Infrared spectroscopy and Raman spectroscopy ( IR and Raman )
洪远凯 生化楼207 ykhong@bjmu.edu.cn
? 生命的本质 ? 如何感知 运动 眼睛
Molecular movement diatomic molecule
bond distance Energy nm R0 R2 R1 Vibration intrinsic property
键长 R1 R2 = 1 k R0 2 Stretching vibration B -1 = MA-1 + MB-1 A :折合质量 B A k:化学键的键力常数 :与化合物组成和结构有关
= 1 k 2 1 2 能量量子化 能级 2 E=(n+ )h n=0,1,2,3,,,, 振 动 激发态 1 0
Spectroscopy resonance
电场 时间 + 偶极子在光波电场矢量中的运动 dipole
分子振动的与吸收 Single bond: k= 4 -6N·cm-1 C-C, 1190cm-1 Double bond: k= 8-12N·cm-1 C=C, 1683cm-1 Triple bond: k= 12-18N·cm-1 C≡C,2060cm-1
短波 长波
The Infrared Part of the EM Spectrum IR units: wavenumbers (cm-1) 10 micron wavelength 1000 cm-1 1 eV 8100 cm-1 1 THz 33 cm-1 300 Kelvin 210 cm-1 Near-IR: 4000 – 14000 cm-1 Mid-IR: 500 – 4000 cm-1 Far-IR: 5 – 500 cm-1 IR covers ~ 1 meV to 1 eV
William Herschel Around 1800, Herschel studied the spectrum of sunlight using a prism. He measured the temperature of each color, and found the highest temperature was just beyond the red, what we now call the 'infrared'. The Science Museum, UK
分子振动与红外吸收 Single bond: k= 4 -6N·cm-1 C-C, 1190cm-1 红外共振吸收 300 000 2 500nm 30 4 000cm-1
分子的能级Energy Levels 与跃迁Transition v1 excited state v0 UV-absorption 2 ground state 1 0 Infrared
多原子分子
水的红外光谱 对称伸缩 3652cm-1 反对称伸缩 3756cm-1 弯曲, 1595cm-1
y x z 多原子分子的运动及其自由度 分子:N个原子 空间的运动:3N freedom 整个分子重心的平动 (3 freedom) 整个分子绕其重心的转动 (3 freedom) 每个原子相对于其它原子的运动(振动) 3N-6 一个点: 3自由度 N个点: 3N自由度 3N-5 (linear molecule)
多原子分 子的振动 stretching symmetrical asymmetrical bending scissoring rocking wagging twisting
? 振动自由度 3N-6
O C O IR Absorbance Asymmetric Stretch Bending Mode Wavenumber (cm-1) An Example: CO2 3N-5=4 2349 667 • ? Symmetric Stretch 1388
O C O IR Absorbance Asymmetric Stretch Bending Mode Wavenumber (cm-1) An Example: CO2 (Has dipole moment so IR active) (Has dipole moment so IR active) 2349 667 1388 Symmetric Stretch (Dipole moment = 0 so not IR active) 1388 A Dipole Moment = charge imbalance in the molecule
电场 时间 dipole 偶极矩为零的振动 没有红外吸收
基团频率 多原子分子的结构特征 在红外光谱中的反映 3N-6 Or 3N-5 ?
基团频率 4000 cm-1 1300 cm-1 1.最有分析价值的基团频率,这一区域称为基团频率区、官能团区或特征区。 2.区内的峰是由伸缩振动产生的吸收带,比较稀疏,容易辨认,常用于鉴定官能团。
指纹区 1800 cm-1 (1300 cm-1 ) 600 cm-1 在此区域内,除单键的伸缩振动外,还有因变形振动产生的谱带。这种振动与整个分子的结构有关。当分子结构稍有不同时,该区的吸收就有细微的差异,并显示出分子特征。这种情况就像人的指纹一样,因此称为指纹区。指纹区对于指认结构类似的化合物很有帮助,而且可以作为化合物存在某种基团的旁证。
影响基团频率的因素 • 电子效应 • 氢键 • 振动耦合 • 费米共振
双光束光谱仪 reference light 单色器 检测器 记录仪 斩波器 sample 检测池:NaCl, KBr, CaF2, LiF 生物样品一般选用不溶于水的后二种盐池 水的红外“窗口”: 结合重水D2O解决
Fourier Transform Infrared spectrometer 动镜 优势: • 可在短时间内得到频率范围内的干涉图,通过多次扫描提高信噪比. • S/N n-2 • Resolution: <0.1cm-1 • 附加功能:平滑、差谱、二阶导、去卷积和曲线拟合等. 半透镜 固定反射镜 light
Schematic representation of waves and their phases, input,output and the two arms of the interferometer as The scan goes from zero path difference condition to OPD=λ. a) 0λ;b) λ/4; c) λ/2; d) 3λ/4; e)λ
Two wavelength source case Broadband source interferogram
We can rewrite this to something more familiar: A Fourier Transform!
Sample preparation for IR 1. Solution: solvent, cell, concentration 2. Solid: KBr,石蜡 3. Gas: 弯曲, 1595cm-1
= 1 k 2 吸收强度 结构因素 结构的对称性越高,吸收越弱 环境因素 氢键
红外光谱振动光谱信息与主要参量 红外光谱是红外吸收随入射光波数变化的曲线. 吸收带的位置nmax , cm-1 由于消光系数对环境敏感,特征基团在不同分子中波动很大,因此红外的谱峰强度只用强strong中meso、弱weak表示。
紫外 吸收谱 红外光谱 H2O protein
Application in biosystem 酰胺Ⅰ带80%来自于C=O基的弱伸缩振动和C=O旁的C-N伸缩振动以及N-H平面内弯曲振动的偶合
Application in biosystem J Pept. Res., 2002
抗氧化剂对A1-40结构的影响 庾照学等,中国病理生理杂志,2000,16 FT - IR spectra of A1 - 40 in PBS(pH7. 4) for 30min FT - IR spectra of A1 - 40 in PBS(pH7. 4) for 7 days
FT- IR spectra of A1 - 40in PBS(pH7. 4) with TA9901 for 7 days (percent ratio : A1 – 40 :TA9901 = 1∶1) FT - IR spectra of A1 - 40 in PBS(pH7. 4) for 7 days
衰 减 全 反 射 红 外 光 谱 研究人乳腺癌组织
PrPcPrPsc Scout Conformational transition: from alpha-helix rich to beta-sheet rich