1 / 30

lezione 27-28 martedì 15 Dicembre 2009

lezione 27-28 martedì 15 Dicembre 2009. corso di genomica a.a. 2009/10. aula 6a ore 14.00-16.00. corso di laurea specialistica magistrale Biotecnologia. lezione tenuta dal prof. Pietro d’Addabbo. Bioinformatica per la Genetica e la Genomica. Bioinformatica per la Genomica.

ulla
Download Presentation

lezione 27-28 martedì 15 Dicembre 2009

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. lezione 27-28 martedì 15 Dicembre 2009 corso di genomica a.a. 2009/10 aula 6a ore 14.00-16.00 corso di laurea specialistica magistrale Biotecnologia lezione tenuta dal prof. Pietro d’Addabbo

  2. Bioinformatica per la Genetica e la Genomica

  3. Bioinformatica per la Genomica Operazioni classiche con differente punto di vista: Ricerca di informazioni nelle banche dati Analisi di dati nuovi ed originali Meta-analisi di dati noti

  4. Carrellata di strumenti per la ricerca di informazioni

  5. Entrez

  6. PubMed

  7. OMIM e OMIA

  8. 2) Analisi di dati originali preparazione degli esperimenti analisi (multiallineamento) dei risultati Primer3 Sequence Manipulation Site Blast2seq ClustalW

  9. Primer3

  10. Sequence Manipulation Suite

  11. ClustalW

  12. Blast2seq

  13. Blast2seq è sufficiente per confrontare genomi???

  14. Genalyzer

  15. Mauve

  16. Meta-analisi 3) Meta-analisi Analizzare dati disponibili estraendone nuovi risultati... con metodi rapidi!!! BLAST EMBL, Ensembl, UCSC Genome Browser...

  17. BLAST siete certi di conoscerlo???

  18. BLAST siete certi di conoscerlo???

  19. GenBank: un mito... è ancora omnicomprensivo? siete certi di conoscerlo???

  20. Nucleotide Sequence Databases * nr All GenBank + RefSeq Nucleotides + EMBL + DDBJ + PDB sequences (excluding HTGS0,1,2, EST, GSS, STS, PAT, WGS). No longer "non-redundant". * refseq_rna RNA entries from NCBI's Reference Sequence project * refseq_genomic Genomic entries from NCBI's Reference Sequence project * est Database of GenBank + EMBL + DDBJ sequences from EST Divisions * gss Genome Survey Sequence, includes single-pass genomic data, exon-trapped sequences, and Alu PCR sequences. * htgs Unfinished High Throughput Genomic Sequences: phases 0, 1 and 2 (finished, are in nr) * pat Nucleotides from the Patent division of GenBank. * pdb Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank * month All new or revised GenBank + EMBL + DDBJ + PDB sequences released in the last 30 days. * dbsts Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from STS Divisions . * chromosome A database with complete genomes and chromosomes from the NCBI Reference Sequence project. * wgs A database for whole genome shotgun sequence entries. * env_nt Nucleotide sequences from environmental samples.

  21. TRACES Archive

  22. EMBL Genome Browser

  23. Ensembl Genome Browser

  24. Ensembl Genome Browser

  25. 1000 Genomes Browser

  26. Mapping and Sequencing (gap, STS) Genes and Gene Prediction (RefSeq) mRNA and EST Expression and Regulation(CpG) Comparative Genomics (mouse, chimp) ENCODE (functional DNA) Variation and Repeats UCSCGenome Browser } Sezione grafica (Genome viewer) Scelta delle annotazioni visualizzate:

  27. Posizione sul genoma STS markers Geni Genbank Geni RefSeq Predizione genica mRNA (Full-length) EST umane Geni di altre specie Conservazione interspecie Repeats (Alu, satellite)

  28. Differenti specie, differenti tracks

  29. Comparative genome track

  30. Visualizzazione delle “BAC ends”:

More Related