利用 SAS 统计软件定位家畜群体的 QTL

利用SAS统计软件定位家畜群体的QTL 报告人: 殷宗俊安徽农业大学动物科技学院

报告内容 • 用于QTL检测定位的资源群体类型. • 家畜群体QTL检测定位的方法和手段. • 利用SAS统计分析软件进行QTL检测定位. • 实例分析.

一、用于QTL定位的资源群体 • QTL定位主要是确定其在连锁图上的位置，定位的依据是遗传标记与数量性状之间的相关性，其基本步骤为：资源群体构建(试验设计)→数据收集→构建标记连锁图谱→标记-QTL连锁分析或连锁不平衡分析及定位。

资源群体类型 近交系杂交分离群体 BC 设计 TC设计 F2 设计重组近交 FS 设计 HS 设计孙女设计动物模型

二、家畜群体QTL定位的方法和手段 • 现状目前，用于分离群体QTL区间定位的统计方法主要有最大似然法和贝叶斯方法等，不同的方法也都形成了很多相应的分析软件，但从现有软件的使用情况来看，在使用上存在许多不便： • 专用性太强； • 对分子与表型数据的录入要求十分严格； • 输出的结果不易被完全理解，使用起来有一定的难度。 )

SAS统计软件的强大功能 • SAS统计分析软件具有强大的计算分析功能，并具有易编程和直观易懂等优点。 • Proc mixed; • Proc nlin; • Proc ilm; • SAS Macro

三、回交群体的QTL分析 • Proc Nlin; • R=0.30; /* Recombination fraction from the linkage map */ • parms a=1 r1=.15 mu=0; • bounds 0 <= r1 <= R; • r2=(R-r1)/(1-2*r1); • if M=1 and N=1 then x=r1*r2/(1-R); • if M=2 and N=2 then x=1-r1*r2/(1-R); • if M=1 and N=2 then x=r1*(1-r2)/R; • if M=2 and N=1 then x=r2*(1-r1)/R; • model y=mu-a*x; • run; 1、SAS程序（最小二乘分析）

运行结果 • Gauss-Newton Iterative phase Iter r1 a Squares 0 0 1.0000 2069.6 1 2.0540 1.5945 1489.4 … … … … 8 0.2550 3.6547 89.1923 9 0.2619 3.5742 89.0796 10 0.2618 3.5755 89.0796 11 0.2619 3.5755 89.0796

标准差与置信区间 • Approx Parameter Estimate Std Error CI(95%) r1 0.2619 0.0683 0.2115 0.3122 a 3.5755 0.5627 1.7279 5.5866

四、半同胞群体的QTL分析 • 分析模型： • 通用SAS程序编制程序中考虑了双侧翼标记单个区间的情况，但对于多标记的情况程序也是适用的，只要在原程序的基础上进行适当的扩展即可。QTL区间定位的分析方法采用常规的最大似然法。

混合模型过程的最大似然求解 • proc mixed data=sire method=ml; • class sire; • model y=sire; • run; • proc mixed data=sirel method=ml; • by l1; • class sire; • model y=sire; • random z1*sire; • run;

运行结果 Obs L0 interval L1 LA LRT 1 24062.46 1 0.0001 24028.12 34.3348 2 24062.46 1 0.0101 24024.96 37.4966 3 24062.46 1 0.0201 24021.91 40.5500 4 24062.46 1 0.0301 24019.07 43.3876 5 24062.46 1 0.0401 24016.56 45.8991 6 24062.46 1 0.0501 24014.48 47.9816 7 24062.46 1 0.0601 24012.91 49.5503 8 24062.46 1 0.0701 24011.91 50.5477 9 24062.46 1 0.0801 24011.51 50.9498 10 24062.46 1 0.0901 24011.69 50.7674 11 24062.46 1 0.1001 24012.42 50.0430 12 24062.46 1 0.1101 24013.62 48.8440

LRT剖面图

五、应用总结 • SAS软件能进行一般群体的QTL定位研究。 • Proc iml 和SAS宏能解决极复杂计算过程。 • 可以在统计基因组学的多个方面扩展应用。

谢谢大家！

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