1 / 35

Работа с программой The Swiss-PdbViewer

Работа с программой The Swiss-PdbViewer. Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14С Почебыт Н.П. Начало работы. Загрузка файлов. Меню File содержит следующие команды: Open PDB File Open mmcif File Open MOL File Import. Загрузка некоординатных файлов. Open Text File Run Script

alban
Download Presentation

Работа с программой The Swiss-PdbViewer

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Работа с программой The Swiss-PdbViewer Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14С Почебыт Н.П.

  2. Начало работы Загрузка файлов • Меню File содержит следующие команды: • Open PDB File • Open mmcif File • Open MOL File • Import

  3. Загрузка некоординатных файлов • Open Text File • Run Script • Open Surface • Open Electrostatic • Potential Map • Open Electron • Density Map

  4. Сохранение данных молекулярные координаты • Layer • Project • Save Selected • Residues • mmcif

  5. Сохранение данных некоординатные файлы • Surface • Electrostatic • Potential • Sequence (FASTA) • Alignment • Ramachandran Plot • Values

  6. Сохранение данных изображения • Image • Stereo Image • POV3 Scene • Mega POV scene

  7. Закрытие программы The Swiss-PdbViewer • Discard • Close, Close All Layers • Exit

  8. Основные команды The Swiss-PdbViewer

  9. Работа с инструментами 1. Центрирование молекул 2. Перевод, масштабирование и вращение молекул

  10. 3. Измерение расстояний между атомами 4. Измерение углов связей

  11. 5. Измерение двухгранных углов 6. Выявление групп и атомов

  12. 7. Отображение / выбор группы в радиусе взятого атома 8. Центрированный вид подобранного атома

  13. Работа с меню Edit меню • Rename Current • Layer • Rename Selected • HETATMs • Fix Atoms • Nomenclature

  14. Select меню 1. Основной выбор • All • None • Inverse Selection • Visible groups • Pick on screen • Extend to other layers • Groups with same color as

  15. 2. Выбор групп по типу • Ala (A) [...] Val (V) • G, A, T, C, U • HETATM • Solvent • SS-bonds

  16. 3. Выбор групп по свойствам • Basic • Acidic • Polar • non-Polar

  17. 4. Выбор групп по вторичной структуре • Helices • Strands • Coils • non-TRANS aa • aa with Phi/Psi outof Core Regions • aa with Phi/Psi outof Allowed Regions

  18. 5. Выбор групп по относительным ссылки • aa identical toref • aa similar to ref. • aa matching ref.structure

  19. 6. Выбор групп порасстоянию • Neighbors of selected aa • Groups close to another chain • Groups close to another layer

  20. 7. Выбор групп по структурным критериям • Accessible aa • aa MakingClashes • aa MakingClashes withBackbone • Sidechainslacking ProperH-bonds • Reconstructedamino-acids

  21. Display меню 1. Команда Views • Save • Reset • Delete

  22. 2. Настройки стиля • Group Name • Atom Name • Atom Type • Atom Charge • Atom Code • (GROMOS 96)

  23. Color меню 1. Первый блок • By CPK • By Type • By RMS • By B-Factor • By Secondary • Structure • By Secondary • Struct. Success.

  24. 2. Второй блок • By Selection • By Layer • By Chain

  25. 3. Третий блок • By AlignmentDiversity • By Accessibility • By ThreadingEnergy • By Force FieldEnergy • By ProteinProblems

  26. 4. Четвертый блок • By Other Color • By Backbone,Sidechain,Ribbon, Surface,Label Color

  27. Специальные команды Просмотр файлов PDB Навигация в текстовых файлах Ctrl + Помощь

  28. Использование панели управления Панель управления

  29. Изменение активного слоя

  30. Отображение поверхностей • VDW ::v • Accessible ::a • Molecular ::m • User ::u

  31. Окраска молекулы • Col В+S • ColB • ColS • ColR • ColL • ColU

  32. Просмотр / перемещение слоя

  33. Использование окна об информации слоев Настройка изображения слоев • vis • mov • axis • CA • O • H • Hbnd • Hdst • Side • HOH • cyc

More Related