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Importing GEO data into MIAME format-based information System

Importing GEO data into MIAME format-based information System. Bioinformatics for Genomic Medicine Yong Jung 2006.04.24. Background. Microarray technology is a powerful approach for genomics research

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Presentation Transcript

  1. Importing GEO data into MIAME format-based information System Bioinformatics for Genomic Medicine Yong Jung 2006.04.24

  2. Background • Microarray technology is a powerful approach for genomics research • DNA microarray is a high-throughput biomedical technology that monitors gene expression for thousands of genes in parallel. • As microarrays are used in variety of biomedical research, we need the systematic management of large amount of gene expression data.

  3. GEO & MIAME • GEO (Gene Expression Omnibus) – Microarray data repository • 많은 data를 가지고 있음 (실험 단위로만 3470개) . • SOFT (Simple Omnibus Format in Text) 라는 독자적인 data format을 가지고 있음 • MIAME (Minimum Information About Microarray Experiment) • Microarray 실험에서 기록해야 할 Data의 종류와 최소한의 필수적인 내용을 정의한 content standard • 초창기에는 GEO 나름의 data 표현 방식을 가지고 있었으나, 2005년 5월 31일부터 MIAME 에서 요구하는 새로운 field와 value type을 포함함

  4. Motivation • MGED (Microarray data를 공유할 수 있도록 표준화하는 단체) 의 표준화 제안이 공식적으로 인정 받게 되면서 표준을 지원하는 마이크로어레이 데이터베이스 개발 노력이 증가하고 있음 • 단순한 MIAME 데이터 요구를 반영하는 데이터베이스가 대부분이고 표준 데이터 모델이나 형식을 완벽하게 지원해 주는 데이터베이스의 개발은 미비한 상황임 • GEO의 풍부한 Data의 양과 MIAME의 표준화된 형식의 만남은 효과적인 생물학적 연구에 핵심적인 기반을 제공하리라 판단됨. • 그래서 MIAME를 정확히 따르지 못하고 있는 GEO의 Data를 MIAME format 에 맞추려고 함.

  5. Problem MIAME format • GEO는 SOFT라는 독자적인 포맷으로 데이터를 저장하고 있으므로 연구자들간의 데이터를 공유하는 데 어려움이 있음 • GEO에서 MIAME 표준에 따르는 field를 추가하여 revised format을 발표하였지만, 그러나 정확한 MIAME format에 match되지는 않음 • GEO의 총 data의 양 90,000 여 개, 비교적 data입력이 자유로운 편. 방대한 data내에 일관되지 않은 형식들도 많을 것으로 예상 SOFT format in GEO

  6. My Approach • GEO data의 (attribute, value) 와 MIAME 형식의 (attribute, value)를 비교, matching 구조를 파악. • Programming을 통해 방대한 data를 자동적으로 MIAME에 맞출 수 있도록 자동화하도록 한다.

  7. References • Edgar,R., Domrachev,M. and Lash,A.E. ( (2002) ) Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository. Nucleic Acids Res., , 30, , 207–210. • Brazma,A., Hingamp,P., Quackenbush,J., Sherlock,G., Spellman,P., Stoeckert,C., Aach,J., Ansorge,W., Ball,C.A., Causton,H.C. et al. ( (2001) ) Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data. Nature Genet., , 29, , 365–371.

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