Rules&Tools Tâche 2: modelling LD and estimating IBD

1. Rules&ToolsTâche 2: modelling LD and estimating IBD GABI: Didier Boichard, X1=Pilar Schneider, Hélène Gilbert SAGA: Jean-Michel Elsen, Carole Moreno, Simon Teyssèdre

2. Objectifs Amélioration des méthodes de prise en compte du DL

3. Sous tâche 1: Description du DL et estimations de proba IBD (1) Méthodes d’identification des allèles QTL identiques status IBS ou similarité (Li et al, 2006), histoire des populations (HapIm, M&G), informations population (FastPhase, Beagle, Tom? Cleaveland & Hickey?) • Exploration des techniques statistiques • Exploration des tailles d’haplotypes (quelle efficacité à l’exhaustivité?)

4. Sous tâche 2: Utilisation des informations pedigree pour l’estimation de l’identité Relations de parentés connues entre les fondateurs génotypés Ex : Parentés/structurations de populations pour pondérer des probabilités de status IBS

5. Sous tâche 3: Quelle approche spécifique aux croisements expérimentaux LD intra race et entre race co-existent Utilisation de l’origine raciale pour distinguer des haplotypes deux ou trois générations génotypées (croisements expérimentaux …)

6. Sous tâches 1&2&3: approches • Travail biblio • Développements algébriques • Code • Tests des propriétés sur simulations • Applications aux données réelles  Homogénéisation avec tâches 1 et 5

7. Pilar • Sous-tâches 1 et 2, dès janv 2010 • Étape 1: investigation biblio + propriétés des méthodes • Étape 2 : comparaison sur simulations • Étape 3: comparaison sur un set de pedigree réels contrastés Liens forts avec les tâches 1, 5 et 6, 3 et 4

8. Pilar • biblio mesures IBD/utilisation pedigree • Li et al, BMC Bioinformatics 2006 • BEAGLE: Druet et Georges, Genetics 2010 • FastPhase: Guan et Stephens 2008, Scheet et Stephens 2006 • acquisition méthodes • propriétés M&G, clustering et (AI) REML

9. JM / QTLMAP • structuration en haplotypes chez les fondateurs • LD et LDLA d’après L&F tests en cours • quelles simulations pour le LD?