MORA PINO JOSE JOAQUIN - INFORME

1. 2023 SIMULACION DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAPGENE Estudiante: Mora Pino, Jose Joaquín BIOTECNOLOGIA Docente: Blgo. Hebert Hernan,Soto Gonzales

2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL “Año de la unidad, la paz y el desarrollo” BIOTECNOLOGIA Vll CICLO TEMA: Simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene ESTUDIANTE: Mora Pino, Jose Joaquin DOCENTE: Blgo. Hebert Hernan, Soto Gonzales Ilo, 02 de junio del 2023

3. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL INDICE INTRODUCCION ................................................................................................................. 4 OBEJTIVOS .......................................................................................................................... 5 MARCO TEORICO .............................................................................................................. 5 Snap Gene ............................................................................................................................ 5 Electrolisis ............................................................................................................................. 6 Gel de agarosa ..................................................................................................................... 7 Electroforesis ........................................................................................................................ 7 Nucleótido ............................................................................................................................. 7 METODOLOGIA .................................................................................................................. 8 Procedimiento ....................................................................................................................... 8 RESULTADOS ................................................................................................................... 11 CONCLUSIONES .............................................................................................................. 12 BIBLIOGRAFIA .................................................................................................................. 12

4. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL INTRODUCCION El software SnapGene facilita una forma más sencilla de forma sencilla y segura de planificar, visualizar y autorizar los procedimientos diarios de la biología molecular. El programa tiene una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias ADN, a la anotación de secuencias, edición de secuencias, edición, clonación y visualización de proteínas y simulación de métodos de clonación comunes. La electroforesis en geles de agarosa, llamada también poliacrilamida, ya que es una de las metodologías más usadas en el laboratorio en todo lo relacionado con el trabajo de ácidos nucleicos, la electroforesis puede separar los fragmentos tanto como ADN Y ARN en función de su tamaño que en lo cual que se pueden observar mediante una sencilla tinción. En el presente informe se da conocer a la realización de una simulación de añadir enzimas dentro del plásmido pgem t-easy usando el programa SnapGene, para si adquirir el conocimiento del proceso.

5. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL OBEJTIVOS Objetivo general ➢ Explicar en el programa SnapGene la electroforesis y el análisis de secuencia del ADN. Objetivos específicos ➢ Estudiar el uso del programa SnapGene y sus funciones básicas. ➢ Aplicar los conceptos básicos sobre las secuencias de ADN tanto como el uso de los programas de simulación con la ayuda de las plataformas de datos como el NCBI. MARCO TEORICO Snap Gene Es un programa de biología molecular utilizado para documentar secuencias de ADN. Es similar a SnapGene Viewer, que es gratuito, pero no ofrece las mismas funciones avanzadas que SnapGene. Ambos programas están disponibles para Windows, macOS y Linux. SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-Fusion del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados. SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos de secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene Construction Kit, GenBank, DNASTAR Lasergene y MacVector, ya que con la aplicación le permite explorar grandes secuencias de ADN y

6. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de controles de búsqueda y zoom. Electrolisis Es un proceso mediante el cual los elementos que forman un compuesto se separan cuando se les aplica electricidad, este proceso es en el que la energía eléctrica se convierte en energía química. Para realizar la electrólisis hay que hacer pasar la corriente eléctrica por un electrolítico y entre dos electrodos llamados cátodo y ánodo.

7. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL Gel de agarosa La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa. El gel se obtiene disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde usando un microondas, hasta obtener una solución homogénea y transparente. La disolución se vacía en un molde y se coloca un peine. Se deja enfriar para polimerizar para formar una matriz porosa variando el tamaño del poro según la concentración de agarosa contenida en la disolución, ya que la migración de los fragmentos de ADN variarán dependiendo del tamaño, conformación molecular. Electroforesis La electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para separar moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica. Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra matriz, los poros del gel o la matriz actúan como un tamiz, lo cual permite que las moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las moléculas más grandes. Nucleótido Es la estructura fundamental básica de los ácidos nucleicos (ARN y ADN). Un nucleótido consta de una molécula de azúcar (ya sea ribosa en el ARN o desoxirribosa en el ADN) unida a un grupo fosfato y a una base nitrogenada.

8. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL METODOLOGIA Materiales Laptop NCBI Snap Gene Procedimiento - Primero nos dirigimos a la pagina del NCBI, para descargar las siguientes secuencias de acuerdo en el siguiente articulo “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”.

9. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL - Ahora descargaremos cada una de las secuencias mencionadas anteriormente, dándole click a expendiente, formato FASTA para crear un archivo.

10. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL - Una vez guardadas todas las secuencias, abrimos el programa “SnapGene”, haciendo click en open, luego open Files, seleccionamos las secuencias guardadas. - Luego para agregar el resto de las secuencias, hacemos click en “tools”, de ahí en Simulate Agarose Gel.

11. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL - Aplicaremos 1% de agarosa, de ahí incorporamos el resto de las secuencias haciendo click en los números. RESULTADOS Después de insertar las 13 especies del artículo, la simulación con gel de agarosa podemos evaluar el comportamiento de los 13 nucleótidos.

12. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL CONCLUSIONES ➢ Se pudo precisar la práctica, gracias con los comandos básicos estudiados del programa, ya que contaba con una interfaz intuitiva el software nos permite la visualización de secuencias de ADN. ➢ Cuando la molécula de ADN es cortada con una enzima de restricción y los fragmentos se produce sopran por electroforesis en un gel de agarosa. ➢ La simulación del electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene es una forma útil y de practicar acerca del procedimiento. BIBLIOGRAFIA ➢filehorse. Joaquin, Perez. 2023. s.l. : https://www.filehorse.com/es/descargar-snapgene/, 2023. ➢Nucleotido. Pérez Porto, Gardey. 2012. s.l. : https://definicion.de/nucleotido/, 2012.