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利用 PubMed 、 Go PubMed 挖掘医学、药学研究信息

利用 PubMed 、 Go PubMed 挖掘医学、药学研究信息. 图书馆信息咨询部 刘丹雯. Contents. PubMed 的简要介绍. 1. PubMed 的使用指南. 2. GoPubMed 的简要介绍. 3. GoPubMed 的使用指南. 4. PubMed 是什么 ？特点？. 美国 国立医学图书馆 （ National Library of Medicine ， NLM ）下属的美国国立生物技术信息中心 (National Center for Biotechnology Information ， NCBI ) 开发研制的网络数据库。.

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利用 PubMed 、 Go PubMed 挖掘医学、药学研究信息

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Presentation Transcript

  1. 利用PubMed、Go PubMed挖掘医学、药学研究信息 图书馆信息咨询部 刘丹雯

  2. Contents PubMed的简要介绍 1 PubMed的使用指南 2 GoPubMed的简要介绍 3 GoPubMed的使用指南 4

  3. PubMed是什么？特点？ • 美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，NLM）下属的美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)开发研制的网络数据库。 • 收录文献范围广：医学、药学、生物、保健、护理、牙科、中医药、医史 • 免费提供题录和文摘 • 提供与原文的网址链接(部分提供免费全文链接）

  4. NCBI(National Center for Biotechnology Information ) • 1988年作为美国国家分子生物学信息资源中心而建立的，其主要工作是开发一些公共数据库，对计算生物学进行研究，开发一些分析基因组的软件工具，传播生物信息。

  5. NCBI提供了28个免费数据库，PubMed只是其中一个，这些数据库使用统一的检索系统和界面—Entrez。NCBI提供了28个免费数据库，PubMed只是其中一个，这些数据库使用统一的检索系统和界面—Entrez。

  6. PubMed都有些什么数据内容呢？ MEDLINE OLDMEDLINE PubMed PreMedline Publisher Supplied Citations PubMed not Medline

  7. MEDLINE-记录中用[indexed for MEDLINE]标记表示 数据来源于1966年始美国和其他70多个国家(包括中国在内)出版的4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、健康保健等学科，目前已达1 500万余条，并以年30余万条递增。 • OLDMEDLINE-记录中用[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]标记表示。 • 以早期印刷版《美国医学索引》（CIM）为主要收集对象，目前收录约200万条1951一1965年间生物医学文献，无文摘、未经主题词标引。

  8. PreMedline-记录中用[PubMed－in Process]标记表示。 未及加工、标引(尚未规范化处理）的新收文献，这部分文献每日更新一次。 • Publisher Supplied Citations-记录中用[PubMed-as supplied by publisher]标记表示。 • 由出版商直接传输的电子型文献，每日都有新加入文献。 • PubMed not Medline-记录中用[PubMed]标记表示。 • 部分Medline期刊(如一些科学通论期刊和化学期刊)未收录的文献,全文电子期刊PMC ( PubMed Central)上发表的文献。

  9. PubMed中的检索运算符 1.逻辑运算符： 与：AND，或：OR，非：NOT。当一个检索表达式中含有两个运以上算符时，顺序为从左至右，括号可以改变运算顺序。 2.截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，如：chem*表示用词根进行检索。 3.双引号：“”，表示对引号中的短语进行强迫词组检索。 4.检索字段标识符：[]，[]内为字段名称，如：[ti]，[au]，[so]， [la]，[pt]。

  10. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

  11. 检索方法 —— 基本检索 • 1.自由词检索:liver cancer 输入检索词

  12. 2.限定检索: “liver cancer”

  13. 3.限制字段检索: liver cancer[ti] AND chinese[la]

  14. 4.著者检索: Wong JS / Wong Julia S 姓在前，名首字母缩写在后，之间要有空格

  15. 5.截词检索: chemical*[ti]

  16. 检索方法 —— 高级检索 • 1.Preview功能 预览检索结果数量

  17. 2.Search History进行组配

  18. Limits帮你缩小范围，精确检索

  19. 仅仅如此吗？—— MeSH Database • 文献太多，如何保证查全和查准？ • Mesh词表帮助您！ 它是美国国立医学图书馆编制的权威性主题词表。 Mesh在文献检索中的重要作用主要表现在两个方面：准确性（准确揭示文献内容的主题）和专指性。

  20. 主题词检索 • 主题词（Subject Heading）是经人工规范化处理的最能表达文章主题概念的语词。所谓规范化处理，就是在文献存储时，对文献中的同义词、近义词、多义词等加以严格的控制和规范，使得同一主题概念的文献相对集中在一个主题词下。

  21. liver cancer/therapy举例 输入检索词 词义解释

  22. 146518 利用Mesh主题检索，将大量不相关的文献剔除

  23. 副主题词 选择副主题词

  24. 提高查准率！

  25. 不扩展！ 主题词树形结构表：显示该词的学科隶属关系（上、下位类）

  26. Restrict search to major topic headings only:即将检出结果限定在主要主题词(major topic heading)，即以其为核心内容，则可进一步缩窄范围，提高查准率。 • Do not explode this term:不检索下位词，限定于本级概念。

  27. 迅速锁定综述文献

  28. 综述 免费全文 PubMed Central中的免费全文 连接到相关资源

  29. 相关论文还有哪些呢？ 全文链接资源

  30. 如何设置显示方式呢？

  31. 如何实现不同形式的输出呢？

  32. 一切都用MeSHData吗？ • 举例：四逆汤 sini tang 没有下位词！

  33. 其实际检索式：("sini tang"[Substance Name] OR "sini tang"[All Fields]) OR sinitang[All Fields] OR (sini[All Fields] AND decoction[All Fields]) 结合自由词检索是很重要的补充！

  34. My NCBI 个性化服务 可保存检索式设定更新周期，以E-Mail 方式发送结果，追踪科研动态！

  35. 给检索式命名(也可使用默认名称)，按提示完成所有操作给检索式命名(也可使用默认名称)，按提示完成所有操作 可设定更新周期，以E-Mail 方式发送结果，追踪科研动态！

  36. 更贴近临床——Clinical Queries • 它是专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学“过滤器” （Clinical Methodology Filters），这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人员Haynes RB等人在1994年提出来的，并进行了查全率和查准率分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。

  37. 临床疾病的诊断、治疗、病因、预后及临床预测指南临床疾病的诊断、治疗、病因、预后及临床预测指南 灵敏度：强调文献的查全率 专指度：强调文献的查准率 选择主题

  38. 系统综述查询 遗传学内容查询 选择主题

  39. Pubmed的海量数据相关但无序，即使进行主题词检索后还有大量的需要阅读后筛选，怎么办？Pubmed的海量数据相关但无序，即使进行主题词检索后还有大量的需要阅读后筛选，怎么办？

  40. GoPubmed—GO+MeSH 知识挖掘工具 • GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作，利用生物信息学相关知识开发的一个可以对PubMed检索结果进行探索、分析的工具。 • 09年初推出的4.0版速度提高了10倍，可在几秒钟内处理数以百万计的文档。智能搜索保证用户绝不会错失任何一个文档。凭借新的交互式筛选过程，用户只需几次点击就可找出少数重要论文。 • 读者可以根据这些分类快速找到自己需要的文献，而不需要将检索到所有文献进行阅读！

  41. 利用GoPubMed了解以下四个“W” W W W W What Who Where When http://www.gopubmed.com/

  42. http://www.gopubmed.com/

  43. 案 例 分 析 • H1N1流感的研究进展 • 利用GoPubMed查找相关文献，并了解以下四个“W”：What ，Who，Where，When； • 了解涉及由H1N1流感引起病毒性肺炎的文章； • 查找中国（不含省港澳）对HIN1流感进行疫苗接种研究的文章

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