1 / 42

Wizualizacje molekularne

Wizualizacje molekularne. Historia wizualizacji molekularnej. Wizualizacja fizyczna 1958: Kendrew's wire models and the Richards Box 1960's: Physical "Ball and Spoke" Models 1970: Byron's Bender Molecular Sculpture 1990's: Rapid Prototyping. Historia wizualizacji molekularnej.

arnaud
Download Presentation

Wizualizacje molekularne

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Wizualizacje molekularne Biotechnologia UWM

  2. Historia wizualizacji molekularnej Wizualizacja fizyczna • 1958: Kendrew's wire models and the Richards Box • 1960's: Physical "Ball and Spoke" Models • 1970: Byron's Bender • Molecular Sculpture • 1990's: Rapid Prototyping Biotechnologia UWM

  3. Historia wizualizacji molekularnej Wizualizacja komputerowa • 1960's - 70's: Earliest Computer Representations • 1980: TAMS: Teaching Aids for Macromolecular Structure • 1980-1990: Evans & Sutherland Computers • 1992: David & Jane Richardson's Kinemage • 1993: Roger Sayle's RasMol • Szybki rozwój programowania … Biotechnologia UWM

  4. Elementy grafiki komputerowej Piksel (ang. pixel = picture+element) jest to najmniejszy element obrazu bitmapowego. Jeden piksel to bardzo mały kwadrat o przeciętnym boku 0,28mm (rzadziej: prostokąt) widzialny z odległości użytkowej jako wypełniony jednolitym kolorem. Piksel stanowi także najmniejszy element obrazu wyświetlanego na monitorze komputera. Tryb pracy monitora, a konkretnie jego rozdzielczość to właśnie liczba pikseli jakie zawiera on w pionie i poziomie. Wikipedia Biotechnologia UWM

  5. Elementy grafiki komputerowej Wielkość grafiki Rozdzielczość 800 × 600 wielkość obrazka w pikselach 300dpi  rozdzielczość obrazka w punktach na cal 300ppi  rozdzielczość obrazka w pikselach na cal Daje obrazek wielkości 2,667 cala × 2 cale 1 cal = 25,4 mm co daje 67,7(3) × 58 mm Biotechnologia UWM

  6. Elementy grafiki komputerowej Przestrzenie barw RGB R 256 – 8 bitów G 256 – 8 bitów B 256 – 8 bitów 1 piksel zajmuje 3 bajty = 24 bity CMYK Biotechnologia UWM

  7. Elementy grafiki komputerowej • Grafika wektorowa • Grafika rastrowa • rendering Biotechnologia UWM

  8. Grafika wektorowa (obiektowa) Opisanie obrazu za pomocą prostych figur geometrycznych - prymitywów; polega na generowaniu obrazu na podstawie jego matematycznego opisu, który określa pozycję, długość i kierunek prowadzonych linii. Obrazy wektorowe są kolekcjami wektorów, a nie punktów, jak w wypadku grafiki rastrowej. Biotechnologia UWM

  9. Grafika rastrowa Metoda tworzenia grafiki komputerowej traktująca obraz jako zbiór bardzo małych niezależnych od siebie punktów tej samej wielkości (pikseli) ułożonych równo w wierszach i kolumnach. Rastrem nazywa się siatkę takich punktów. Pliki rastrowe nazywa się również plikami bitmapowymi. Typowe formaty plików rastrowych to BMP, TIFF, GIF i JPEG. Biotechnologia UWM

  10. Rendering Jest to generowanie obrazu z modelu zapisanego w pliku cyfrowym rendering Biotechnologia UWM

  11. Rendering OpenGL, Direct3D (DirectX) są to biblioteki programistyczne składające się z zestawów funkcji instalowanych na odpowiednich platformach systemowych służące do obsługi grafiki (lub głównie grafiki). Biotechnologia UWM

  12. Rendering Ray tracing (śledzenia promienia) – jedna z technik renderingu Biotechnologia UWM

  13. Wizualizacja wektorowa Biotechnologia UWM

  14. Wizualizacja renderowana (OpenGL) Biotechnologia UWM

  15. Wizualizacja renderowana (ray-tracing) Biotechnologia UWM

  16. Ray-tracing Biotechnologia UWM

  17. Elementy grafiki komputerowej Formaty grafiki rastrowej BMP bez kompresji TIF/TIFF kompresja bezstratna GIF kompresja z wyborem ilości kolorów, przeźroczystości, animacje PNG kompresja bezstratna – miał wyprzeć GIF-a JPG/JPEG kompresja stratna (nieodwracalnie) DjVu kompresja do 10x lepsza od JPEG Formaty grafiki wektorowej EPS - Encapsulated PostScript PDF - Portable Document Format (Adobe) SVG - Scalable Vector Graphics (open) SWF - Flash Adobe (dawniej Macromedia) CDR - Corel WMF - Windows MetaFile Biotechnologia UWM

  18. Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Punkty i linie (druty) (points and wires) Biotechnologia UWM

  19. Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Kule i pręty (tyczki) (balls and sticks) Biotechnologia UWM

  20. Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Sfery i powierzchnie (spheres and surfaces) Biotechnologia UWM

  21. Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Sfery i powierzchnie (spheres and surfaces) Biotechnologia UWM

  22. Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Biotechnologia UWM

  23. Podstawowe elementy w wizualizacji molekularnej Wstążki i nici (ribbons and coils) Biotechnologia UWM

  24. Podstawowe kolory w wizualizacji molekularnej atomy C O N P S H Biotechnologia UWM

  25. Podstawowe kolory w wizualizacji molekularnej Ładunki (charges) + - Biotechnologia UWM

  26. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej wireframe (obraz szkieletowy) Biotechnologia UWM

  27. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej backbone (kręgosłup) Biotechnologia UWM

  28. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej sticks (pręty – wiązania chemiczne) Biotechnologia UWM

  29. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej ball and sticks (kulki i pręty – atomy i wiązania) Biotechnologia UWM

  30. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej ribbonsi cartoon (wstążki – wzajemne ułożenie powierzchni wiązań peptydowych) Biotechnologia UWM

  31. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej wstążki Biotechnologia UWM

  32. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej spacefill (kule / sfery oddziaływać sił Van der Waalsa - VDW) Biotechnologia UWM

  33. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej sfery VDW Biotechnologia UWM

  34. molecular surface(powierzchnia molekularna)accessible surface area(powierzchnia dostępu) Biotechnologia UWM

  35. Molecular vs. Accessiblearea Biotechnologia UWM

  36. Podstawowe typy wizualizacji molekularnej molecular surface (powierzchnia molekularna) accessible surface area (powierzchnia dostępu) electrostatic surface area (powierzchnia elektrostatyczna) Biotechnologia UWM

  37. Programy do wizualizacji, renderingu i modelowania RasMol Biotechnologia UWM

  38. Programy do wizualizacji i renderingu Biotechnologia UWM

  39. Programy do wizualizacji, renderingu i modelowania SPDBV Biotechnologia UWM

  40. Programy do wizualizacji i renderingu PovRay Biotechnologia UWM

  41. Programy do wizualizacji, renderingu i modelowania Cn3D Biotechnologia UWM

  42. Koniec końców Biotechnologia UWM

More Related