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Les 10 règnes d’Eucaryotes. Version 2012. D’après Baldauf (2003, 2008), Adl et al. (2005), Boudouresque (2011), Burki et al. (2012), très simplifié et mis à jour (Boudouresque, original). Embryo-phytes. ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE). Euglyphides. Charo-phycées. Chlorarach-niobiontes.
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Les 10 règnes d’Eucaryotes Version 2012 D’après Baldauf (2003, 2008), Adl et al. (2005), Boudouresque (2011), Burki et al. (2012), très simplifié et mis à jour (Boudouresque, original) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Cercobiontes Zygnémato-phycées Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Apicomplexes Trentepolio-phycées Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Forami-nifères Chlorobiontes Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Chromalvéolés Retaria Radio-laires Labyrinthulobiontes Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Oobiontes Cryptophytes Chromobiontes Mycétobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Chytridiomycètes Unichontes Kinéto-plastides Microsporidies Para-basa-lia Fungi Basidiomycètes Ascomycètes Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Retorta-mona-dines Oxymo-nadines Choanoflagellés Diplo-mona-dines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires
Ce que la coutume a nommé ‘végétaux’ (il manque les Procaryotes Cyanobactéries, Planctomycètes et Actinobactéries) D’après Boudouresque (2011), mis à jour (2012) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Cercobiontes Zygnémato-phycées Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Apicomplexes Trentepolio-phycées Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Forami-nifères Chlorobiontes Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Chromalvéolés Retaria Radio-laires Labyrinthulobiontes Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Oobiontes Cryptophytes Chromobiontes Mycétobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Chytridiomycètes Unichontes Kinéto-plastides Microsporidies Para-basa-lia Fungi Basidiomycètes Ascomycètes Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Retorta-mona-dines Oxymo-nadines Choanoflagellés Diplo-mona-dines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires
Il manque ici les Procaryotes : Cyanobactéries, D’après Boudouresque (2011) Le terme coutumier ‘Algues’ Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Cercobiontes Zygnémato-phycées Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Apicomplexes Trentepolio-phycées Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Forami-nifères Chlorobiontes Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Chromalvéolés Retaria Radio-laires Labyrinthulobiontes Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Oobiontes Cryptophytes Chromobiontes Mycétobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Chytridiomycètes Unichontes Kinéto-plastides Microsporidies Para-basa-lia Fungi Basidiomycètes Ascomycètes Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Retorta-mona-dines Oxymo-nadines Choanoflagellés Diplo-mona-dines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires
Il manque ici les Procaryotes : Planctomycètes et Actinobactéries Le terme coutumier ‘champignons’’ : un ensemble polyphylétique D’après Boudouresque (2011) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Cercobiontes Zygnémato-phycées Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Apicomplexes Trentepolio-phycées Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Forami-nifères Chlorobiontes Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Chromalvéolés Retaria Radio-laires Labyrinthulobiontes Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Oobiontes Cryptophytes Chromobiontes Mycétobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Chytridiomycètes Unichontes Kinéto-plastides Microsporidies Para-basa-lia Fungi Basidiomycètes Ascomycètes Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Retorta-mona-dines Oxymo-nadines Choanoflagellés Diplo-mona-dines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires
En bleu : taxons revendiqués par les ‘botanistes’ et les ‘zoologistes’ Le terme coutumier ‘protozoaires’ : un ensemble polyphylétique D’après Boudouresque (2011) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Cercobiontes Zygnémato-phycées Phytomyxea Ellobiopsidés Viridiplantae Haplo-sporidies Apicomplexes Trentepolio-phycées Cen-tro-heli-da ? Ciliés Ulvophycées Forami-nifères Chlorobiontes Chlorophycées Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Chromalvéolés Retaria Radio-laires Labyrinthulobiontes Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Oobiontes Cryptophytes Chromobiontes Mycétobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Archamaeba HAPTOBIONTES Lobosa Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Eugléno-biontes Chytridiomycètes Unichontes Kinéto-plastides Microsporidies Para-basa-lia Fungi Basidiomycètes Ascomycètes Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Retorta-mona-dines Oxymo-nadines Choanoflagellés Diplo-mona-dines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires
The 10 Eukaryote kingdoms 2012 version From Baldauf (2003, 2008), Adl et al. (2005), Boudouresque (2011), Burki et al. (2012), simplified (Boudouresque, original) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphids Charo-phyceae Chlorarach-niobionta Streptobionta Rhodo-bionta Glauco-cysto-bionta Dinobionta ALVEOLATA) Cercobionta Zygnemato-phyceae Phytomyxea Ellobiopsids Viridiplantae Haplo-sporidia Apicomplexa Trentepolio-phyceae Trentepolio-phyceae Cen-tro-heli-da ? Ciliophora Ulvophyceae Forami-nifera Chlorobionta Chlorophyceae Actino-phryda STRAMENOPILES (= HETEROKONTS) Prasinophyceae Chromalveolata Retaria Radio-laria Labyrinthulobionta Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTA RHIZARIA Bicosoecids Katablepharids Oobionta Cryptophytes Chromobionta Mycetobionta AMOEBO-BIONTA (= AMOEBOZOA) Archamaeba HAPTOBIONTA Lobosa Eugle-noids Mesomycetozoa Eugleno-bionta Chytridiomycota Unikonts Kineto-plastids Microsporidia Fungi Para-basa-lia Basidiomycota Ascomycota Acrasiobionta (= Heterolobosa) Retorta-monads Oxymo-nads Choanoflagellata Diplo-mona-ds Porifera Meta- zoa (= ani-mals) Percolobionta Placozoa OPISTHO-KONTS EXCAVATES DISCICRISTATES Eumetazoa
The custumary notions of ‘algae’ and ‘fungi’ (not Fungi in a modern meaning) Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphids Charo-phyceae Chlorarach-niobionta Streptobionta Rhodo-bionta Glauco-cysto-bionta Dinobionta ALVEOLATA) Cercobionta Zygnemato-phyceae Phytomyxea Ellobiopsids Viridiplantae Haplo-sporidia Apicomplexa Trentepolio-phyceae Cen-tro-heli-da ? Ciliophora Ulvophyceae Forami-nifera Chlorobionta Chlorophyceae Actino-phryda STRAMENOPILES (= HETEROKONTS) Prasinophyceae Chromalveolata Retaria Radio-laria Labyrinthulobionta Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTA RHIZARIA Bicosoecids Katablepharids Oobionta Cryptophytes Chromobionta Mycetobionta AMOEBO-BIONTA (= AMOEBOZOA) Archamaeba HAPTOBIONTA Lobosa Eugle-noids Mesomycetozoa Eugleno-bionta Chytridiomycota Unikonts Kineto-plastids Microsporidia Fungi Para-basa-lia Basidiomycota Ascomycota Acrasiobionta (= Heterolobosa) Retorta-monads Oxymo-nads Choanoflagellata Diplo-mona-ds Porifera Meta- zoa (= ani-mals) Percolobionta Placozoa OPISTHO-KONTS EXCAVATES DISCICRISTATES Eumetazoa
D’après Boudouresque, 2011 Magnoliophytes (sens large) Em-bryo-phytes Filicophytes (sens large) LES VIRIDI-PLANTAE Bryophytes (sens large) Coléochaetophycées Strepto-biontes Charophycées Chaetosphaeridiophycées Zygnématophycées ‘Algues vertes ’ : un ensemble paraphylétique impossible à définir (ni phylogénétique, ni morphologique, ni fonctionnel) A ne pas utiliser en dehors de la vulgarisation élémentaire Klebsormidiophycées Chlorokybophycées Cladophorophycées Bryopsidophycées Dasycladophycées Chloro-biontes Trentepohliophycées Ulvophycées Trébouxiophycées Chlorophycées Prasinophycées Rhodobiontes (outgroup)
Floridéophycées Bangiophycées Rhodellophycées Porphyridiophycées Stylonématophycées Compsogonophycées Cyanidiophycées Rhodophytina Cyanidiophytina ‘Algues rouges’ est le nom vernaculaire de Rhodobiontes. Il peut être utilisé sans limites : il se superpose à un taxon monophylétique et bien défini Arbre phylogénétique des Rhodobiontes Gènes : PSI P700 chl a, psaA, rbcL D'après Yoon et al., 2006. J. Phycol., 42 : 482-492 (2006). Redessiné Boudouresque (2011)
Arbre phylogénétique des Chromobiontes Les termes ‘algues brunes’, ‘algues jaunes’, ‘diatomées’, etc. peuvent être utilisés sans res-triction : ils correspondent aux noms vernaculaires de taxons monophylétiques et bien définis Il n’en va bien sur pas de même du terme ‘algues’, ensemble polyphylétique impossible à définir (ni phylogénétique, ni morphologique, ni fonctionnel), à réserver à la vulgarisation élémentaire Phéophycées (‘algues brunes’) Schizocladiophycées Phaeothamniophycées Xanthophycées (‘algues jaunes’) Raphidophycées Pinguiophycées Bacillariophycées Médiophycées ‘Diatomées’ Coscinodiscophycées Bolidophycées Pélagophycées D’après Boudouresque 2011 Chrysophycées (‘algues dorées’) Synurophycées Synchromophycées Outgroups Eustigmatophycées Dictyochophycées Rhodobiontes, Cryptobiontes ou Oobiontes
Un ensemble paraphylétique : les ‘poissons’ Les ‘poissons’ Actinistiens (coelacanthes) Dipneustes Amphibiens Sarco-ptéri-giens Mammifères Chéloniens (tortues) Tétra-podes Ostéi-chthyens Lézards, serpents Crocodiles Oiseaux Téléostéens Chondrostéens (esturgeons) Cladistiens (Polypterus) Chondrichtyens (requins, raies) Pétromyzontidés (lamproies) Myxinoïdes D’après Mulley et Holland (2004) et Lecointre et Le Guyader (2006), redessiné et modifié (Boudouresque)
Les ‘invertébrés’ Un ensemble paraphylétique : les ‘invertébrés’ Kinorhynches Priapulidés Nématodes Tardigrades Onychophores Insectes Crustacés Myriapodes Chélicérates Myzostomides Bryozoaires Entoproctes Gastrotriches Rotifères Gnathostomulides Platyhelminthes Némertes Brachiopodes Phoronides Annélides Mollusques Chaetognathes Acoeles Hémichordés Echinodermes Xénoturbellidés Urochordés (Tuniciers) Céphalochordés Craniates Cnidaires Porifères (Spongiaires) Cténophores Ecdy-sozoa Proto-stomiens Lophotro-chozoa Deutéro-stomiens D’après Lecointre et Le Guyader (2006) et Marlétaz et Le Parco (2010), redessiné et modifié (Boudouresque)
Crocus Les Eucaryotes Fougère Embryo-phytes ARCHAEPLASTIDA (= PLANTAE) Euglyphides Gymnodinium Alexandrium Plasmodium (paludisme) Charo-phycées Chlorarach-niobiontes Streptobiontes Rhodo-biontes Glauco-cysto-biontes Dinobiontes ALVÉOLÉS (= ALVEOLATA) Cercobiontes Zygnémato-phycées Phytomyxea Ellobiopsidés Chara Viridiplantae Haplo-sporidies Apicomplexes Trentepolio-phycées Cen-tro-heli-da ? Foraminifères Ciliés Paramécie Ulvophycées Forami-nifères Chlorobiontes Chlorophycées Delesseria Actino-phryda STRAMÉNOPILES (= HÉTÉROCHONTES) Prasinophycées Chromalvéolés Retaria Radio-laires Tetra-selmis Ulva Cafeteria Labyrinthulobiontes Picobiliphytes ? CRYPTO-BIONTES RHIZARIA Bicosoécidés Katablépharides Oobiontes Cryptophytes Oobionte (ex-cham-pignons, pro parte) Chromobiontes Diatomée Mycétobiontes AMOEBO-BIONTES (= AMOEBOZOA) Archamaeba Entamoeba hysto-litica (dysenterie) HAPTOBIONTES Lobosa Radiolaires Emiliania (à l’ori-gine de la craie) Euglé-noïdes Mésomycétozoaires Trichomonas vaginalis (maladie sexuellement transmissible) Eugléno-biontes Chytridiomycètes Unichontes Cystoseira Kinéto-plastides Amanite (ex-champignons, pro parte) Microsporidies Nosema (cause mortalité des abeilles) Fungi Para-basa-lia Basidiomycètes Euglena Ascomycètes Acrasiobiontes (= Heterolobosa) Retorta-mona-dines Oxymo-nadines Choanoflagellés Diplo-mona-dines Méta-zoaires (= ani-maux) Spongiaires Percolobiontes Placozoaires OPISTHO-CHONTES EXCAVATES DISCICRISTATES Eumétazoaires Trypanosoma (maladie du sommeil) Axinella Homo sapiens Elysia Naegleria (amibe des piscines) Undaria