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GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能

GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能. 重庆医科大学图书馆 李 轶. NCBI 网站网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov. 简介. GenBank 数据库是由美国国立生物技术信息中心（ NCBI ）维护的一级核酸序列数据库。. GenBank 数据库的数据来源有三种： 1 、直接来源于测序工作者提交的序列； 2 、与其它数据机构协作交换的数据； 3 、美国专利局提供的专利数据。. 简介. 检索界面. 1 、基本检索界面. Nucleotide 数据库分为三个子数据库：.

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GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能

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Presentation Transcript

  1. GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能 重庆医科大学图书馆 李 轶

  2. NCBI网站网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov

  3. 简介 GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。 GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。

  4. 简介 检索界面 1、基本检索界面

  5. Nucleotide 数据库分为三个子数据库： • EST :表达序列标记数据库 • GSS :基因组测序序列数据库 • CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列

  6. 简介 检索界面 1、基本检索界面 2、跨库检索界面

  7. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索

  8. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索

  9. ras

  10. ras[GENE]

  11. 检索限定词： 1、基因名称的检索限定词：[GENE] or [GENE NAME] 2、生物体名称的检索限定词：[ORGN] or [ORGANISM] 3、作者姓名的检索限定词：[AUTH] or [AUTHOR]

  12. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索

  13. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 e.g.：19440733

  14. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： (1)1个字母+5个阿拉伯数字 e.g.：U12345 (2)2个字母+6个阿拉伯数字 e.g.：AY123456，Af123456 1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 e.g.：19440733

  15. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 3、RefSeq（Reference Sequence）序列接受号: （1）mRNA 记录（NM_*）: e.g.:NM_000492 （2）基因组的DNA重叠群（NT_*）: e.g.:NT_000347 （3）完整的基因组或染色体（NC_*）: e.g.:NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）: e.g.:NG_000019 （5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483

  16. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 4 、PDB序列接受号：１个阿拉伯数字＋３个字母 e.g.：１TUP 序列接受号的检索限定词为[ACCN]or[ACCESSION]

  17. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索

  18. 序列长度的检索限定词：[SLEN] 1510[SLEN]

  19. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索

  20. 范围检索：中间用冒号连接 1、序列接受号范围检索： AF114696:AF114714[ACCN] 2、序列长度范围检索： 3000：4000[SLEN] 3、日期范围检索： 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT]

  21. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 预检索/索引检索（Preview/Index） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details）

  22. 预检索/索引检索 详细匹配过程 限制检索 检索史管理 剪贴板管理

  23. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits）

  24. 限制检索范围

  25. 限制检索范围

  26. ras

  27. 限制分子类型 排除某种类型的序列

  28. 限制分子类型

  29. 限制基因位点

  30. 限制基因位点

  31. 限制序列片段的显示

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