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Anotaci ón Automática

Anotaci ón Automática. Dante Travisany. Temas. Pipeline Tools Bases de Datos Conceptos Ejemplos Ensembl. Identificaci ón del Problema. Virus : 15 – 20 Bacteria 3000 - 5000 Eucariontes : sobre los 10000. Pipeline. Pipeline. Unix S ímbolo : | Segmentaci ón. Tools. BLAST

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Anotaci ón Automática

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Presentation Transcript

  1. AnotaciónAutomática Dante Travisany

  2. Temas • Pipeline • Tools • Bases de Datos • Conceptos • Ejemplos • Ensembl

  3. Identificación del Problema • Virus : 15 – 20 • Bacteria 3000 - 5000 • Eucariontes: sobre los 10000

  4. Pipeline Pipeline Unix Símbolo: | Segmentación

  5. Tools • BLAST • InterProScan • AmiGO • Pathway Tools • Infernal • Glimmer • Critica • GeneMark • GeneWise • BedTools • Samtools • GenomicTools • KEGG-API

  6. Base de Datos BLAST DB Protein BLAST DB Nucleotide - NT - REFSEQ - RDP -KEGG -PRIAM -SWISSPROT-UNIPROT -NR InterProScan - Databases • Pfam • SSF • Gene3D • TIGRfam

  7. Nuevo Problema • Gran cantidad de bases de datos. • Errores en Anotación, dobleanotación. • Necesidad de Crear un vocabularioControlado • Gene Ontology, UniPROT, SwissPROT, InterProScan. • Capacidad de realizarreferenciascruzadas en las bases de datos.

  8. AlgunosConceptosImportantes • Gene Name • VocabularioControlado • IFAA

  9. GeneName:Para cadaOrganismoexisten gene names particulares, según la base de datos de Referencia. HUGO: www.genenames.org

  10. Gene Ontology Consortium Gene Ontology: Proyectocolaborativo entre variadasinstituciones. Vocabulario: Estructurado Preciso Común Controlado Permitedescribir los roles de los genes y los productosgénicos en cualquierorganismo.

  11. División Gene Ontology • ProcesoBiológico • Función Molecular • ComponenteCelular

  12. COG - KOG

  13. Idea • Filtrarpor bases de datos • Generarunarutinaautomáticacapaz de iterar el proceso, paracada set de genes.

  14. Tools & Databases

  15. Resumen • Hasta ahora, se hanvisto: NGS sequencing. Assembly.Gene Prediction.Annotation (Databases).Automatic Annotation

  16. CasoTranscriptómica

  17. Nannochloropsis salinatranscriptomics

  18. GenDB • Automatic Annotation System for Prokaryotic genomes • Development for the University of Bielefeld since 2002. • Modular system developed using an OOP and a relational database (O2DBI). • Provide an Application program Interface (API).

  19. GenDB • Folker Meyer et all. GenDB an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research,2003

  20. GenDBPipeline 25

  21. GenDB

  22. Ensembl • Inicio:1999 • Objetivo: generarherramientas de anotaciónautomática. Ensembl Pipeline. • Website: http://www.ensembl.org/

  23. Galaxy • Workflows, para NGS sequence, web based.http://galaxy.psu.edu/

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