1 / 11

Utilizarea Grid Computing in ingineria biomedicala

Ciprian Sandu. Utilizarea Grid Computing in ingineria biomedicala. Cuprins. Introducere Aplica ție target Framework-ul Gmarte. Introducere. Grid – pentru e xecutarea de sarcini de calcul scump Eforturi mari pentru dezvoltarea software-ului Totuși, utilizatorii întâmpină probleme mari

callum-rocha
Download Presentation

Utilizarea Grid Computing in ingineria biomedicala

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. CiprianSandu UtilizareaGrid Computingin ingineriabiomedicala

  2. Cuprins • Introducere • Aplicație target • Framework-ul Gmarte

  3. Introducere • Grid – pentru executareade sarcini de calcul scump • Eforturi mari pentru dezvoltarea software-ului • Totuși, utilizatorii întâmpină probleme mari • Aplicație care efectuează simulări ale activității electrice a țesuturilor cardiace • Aplicația bazată pe infrastructură Grid • de nivel local (bazat pe Globus) şi • la scarălargă (din cadrul proiectului Enabling Grid for E-SciencE)

  4. Simulare a activităţiielectriceînţesuturilecardiace • bolilecardiovasculare-> aproapejumătate din toatedecesele din Europa! • aritmiilecardiace-> unadinprimelecauze de mortalitateînţăriledezvoltate • generarea de tahicardieventricularăşifibrilatiiventriculare (« most efficient killers») -> not understood!! • simulareapermiteformularea de ipotezein silico(virtual)înainte de experimentare clinică

  5. Simulare a activităţiielectriceînţesuturilecardiace (2) • simulareapropagăriielectricedinţesuturilecardiace(indicatoral stării inimii) -> mare problemă de calcul! • studiulelectric al unuiţesut de dimensiunimijlocii-> mai multezile! (folosește modeleionicecare detaliazăcomportamentulintern al fiecăreicelulecardiacesimulate) • simulator bazatpe MPI -> reduce acesttimp!

  6. Simulare a activităţiielectriceînţesuturilecardiace(3) • cost computațional mare, însă: • alternativa: simulări parametrice: • efecteleunornoimedicamente: simulărimultiple variindconcentraţiamedicamentului • efecteleischemieitârzii: variațiarezistenţelorjoncționaleşianalizaevoluţieiactivităţiielectrice =>mai multeexecuţiiindependenteparametrice =>creștecostultotal de calcul al numărului de simulări!

  7. Framework-ul GMarte • Gmarte = Grid Middleware for Abstract Remote Task Execution

  8. Framework-ul Gmarte (2) • Globus – middleware: oferăprotocoaleşiserviciipentru • conectarearesurselorşi • implementareapescarălargă de calcul Grid la nivelmondial • complexitateasainerentă-> descurajantă  • => s-a creatGmarte! (Grid Middleware for Abstract Remote Task Execution) • middleware ușor de utilizat (dezvoltat de Java CoG) -> permitemetascheduling tolerant la defecteîntr-un cadruGlobus-based

  9. Framework-ul Gmarte (3) • Gmarte -> extinspentru a sprijiniexecuţiipeComputingElements a testbed-uluiLCG • LCG = LHC ComputingGridProject • LHC = Large Hadron Collider • LCG -> ceamai mare aplicație de tip Griddisponibilăpentru calcul sciențific

  10. Framework-ul Gmarte (4) • Utilizatorul • folosește API de nivelînaltoferit de GMarte, • nu mai interacţioneazăcuserviciilelow-levelde la Globus • astfel el declară ce în loc de cum trebuie executat de către obiectele Java API furnizate (GridTask, GridResource, etc) • GMarte: middleware client-side, instalatnumaipemasinaclient, va interacţionacuresurseleinfrastructuriiGrid • clientul -> funcţionalpeWindows şi Linux.

  11. Mulțumesc!

More Related