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Décomposition de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques

Décomposition de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques. V. Berry (MAB) et C. Paul (VAG, HdR) Candidat AMN : Philippe Gambette (LIAFA). Des arbres aux réseaux phylogénétiques.

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Presentation Transcript

  1. Décomposition de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques V. Berry (MAB) et C. Paul (VAG, HdR) Candidat AMN : Philippe Gambette (LIAFA)

  2. Des arbres aux réseaux phylogénétiques • Les réseaux phylogénétiques sont plus expressifs que les arbres en permettant la visualisation : • des transferts horizontaux de gènes, • des recombinaisons ou • des hybridations. • De récents résultats utilisent des techniques issues des graphes. Nous étudierons en particulier les méthodes de décomposition.

  3. Philippe Gambette: candidat AMN • Stage DEA sur les 2-intervalles avec Habib au LIAFA • Stage de recherche dans le groupe Algorithms for Bioinformatics à l’Université de Tübingen (5 mois) sur le logiciel Splitstree (http://www.splitstree.org) • C. Paul et V. Berry ont déjà publié ensemble sur des problèmes algorithmiques liés à la phylogénie.

  4. Publications récentes • Multipolar consensus for phylogenetic trees, C. Bonnard, V. Berry, N. Lartillot, Systematic Biology, in press. • Extending the maximum agreement subtree and maximum compatible tree problems to the supertree context. V.Berry, F.Nicolas, Journ. Discrete Algorithms, to appear. • From constrained to unconstrained maximum agreement subtree in linear time.V.Berry, Z.S. Peng and H.F. Ting, Algorithmica, in press. • Improved parametrized complexity of Maximum Agreement Subtree and Maximum Compatible Tree problems. V.Berry and F. Nicolas, IEEE/ACM Trans. on Comp. Biol. and Bioinf., 3(3), 2006. • Fast Computation of Supertrees for Compatible Phylogenies with Nested Taxa. V. Berry, C. Semple, Systematic Biology, 55(2), U108-U126, Apr 2006. • On the Approximation of Computing Evolutionary Trees. V.Berry, F.Nicolas, S.Guillemot and C.Paul, COCOON'05: 11th Annual International Conference on Computing and Combinatorics, LNCS 3595, pp. 115-125, 2005. • Improved layout of phylogenetic networks. P.Gambette, D.Huson, to appear in TCBB.

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