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Búsquedas bibliográficas en bases de datos

Búsquedas bibliográficas en bases de datos. Tema 1. Javier Burguillo Universidad de Salamanca. Etapas de una búsqueda bibliográfica. Elegir las bases de datos adecuadas Desglosar la pregunta de investigación en palabras clave

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Búsquedas bibliográficas en bases de datos

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Presentation Transcript

  1. Búsquedas bibliográficas en bases de datos Tema 1 Javier Burguillo Universidad de Salamanca

  2. Etapas de una búsqueda bibliográfica • Elegir lasbases de datos adecuadas • Desglosar la pregunta de investigación en palabras clave • Combinar las palabras clave correctamente (AND, OR, NOT) y tomar precauciones para no perder palabras claves equivalentes (ej. array, microarray, biochip) • Usar filtros adecuados para encontrar un número de citas más ajustado(Human, All child (0-18 years), Clinical Trials, etc)

  3. Bases de datos bibliográficas • Generalistas • Especializadas

  4. Bases de datos generalistas Entidad (Empresa) Base de datos Acceso a través de: NCBI (National Center Biotechnology) Medline (PubMed) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed Cumulative Index to Nursing and Allied Helath Literature http://bibliotecas.usal.es CINAHL WEB OF SCIENCE FECYT Current Contents Bibliotecas de la Universidad de Salamanca http://bibliotecas.usal.es IPA (International Pharmaceutical Abstratcs (Ovid)) SCOPUS SCINCE DIRECT (ELSEVIER) http://www.sciencedirect.com/ EMBASE (Medline + 1800 rev.) http://www.embase.com OVID

  5. Bases de datos especializadas en Medicina Basada en la Evidencia (1/2) Portal Base datos Acceso a través de: Cochrane (español) (Centro Cochrane Iberoamericano) Cochrane plus http://www.cochrane.es Cochrane library Cochrane (Inglés) (Cochrane collaboration) http://www.cochrane.org/ EvidenceMatters http://www.evidencematters.com EvidenceMatters (Pago) http://www.wolterskluwerhealth.com/ Wolterskluwerhealth Wolters Kluver (Pago)

  6. Bases de datos de Medicina Basada en la Evidencia (2/2) Portal Base datos Acceso a través de: Clinical Evidence in BMJ Clinical Evidence http://www.clinicalevidence.com Centre for Reviews and Dissemination CRD http://www.york.ac.uk/inst/crd Centre for evidence based medicine CEBM http://www.cebm.net https://www.evidence.nhs.uk/ NHS Evidence (UK) NHS Evidence Critical Appraisal Skills Programme Español http://www.redcaspe.org/ CASPE http://www.tripdatabase.com/ Trip Database Trip

  7. Elegir las bases de datos adecuadas

  8. ¿Qué es Medline? • Es la base de datos electrónica de citas bibliográficas de la U.S. National Library of Medicine. • Fue creada en 1971 a partir de varios índices médicos ya existentes en papel (Index Medicus (1879), Index to Dental Literature, etc.). • Indexa citas desde 1966 hasta la fecha, con un total de aproximadamente 23 millones de referencias hasta Agosto 2013. • En la actualidad captura 600000 citas al año de más de 4800 revistas en 30 idiomas. • Contiene principalmente trabajos de investigación en Medicina, Farmacia, Biología, Salud Pública, etc.

  9. ¿Cómo es Medline? • Cada registro de Medline es la cita bibliográfica de un artículo científico publicado en una revista. • El proceso de indexación de los artículos se hace en base a una tabla que recoge en diferentes “campos” (columnas de la tabla) las características de los artículos: campos registros

  10. ¿Cómo se accede a Medline? Old Medline (1950-1965) PreMedline (indexados inicialmente) Medline (1966- fecha)Publisher Supported (Artículos en prensa) Incluye: PubMed Buscador excelente (Gratuito) Muchas referencias con texto completo Para cada referencia muestra “referencias relacionadas” Guarda búsquedas en MyNCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed Old Medline (1950-1965) PreMedline(indexados inicialmente)Medline (1966- fecha) Medline (OVID) Incluye: http://bibliotecas.usal.es/ (Suscrito por USAL) Buscador bueno Old Medline (1950-1965) PreMedline (indesados inicialmente) Medline (1966- fecha) Medline (WoS) Incluye: http://bibliotecas.usal.es/ (Suscrito por USAL) Buscador bueno Hay varios sitios e interfaces de acceso

  11. Ejecuta búsqueda Caja para escribir los términos en “Búsqueda básica” Abre la pantalla de “Búsqueda avanzada” Ayudas Búsquedas específicas: por autor, por clínica.. Búsquedas por MESH, ensayos clínicos…… Página de inicio de PubMed

  12. Demasiadas Filters Búsqueda basica en PubMed

  13. Búsqueda básica en PubMed (escribiendo palabras en la caja de búsqueda) • Por términos o palabras claves leukemia imatinib microarrays Pubmed hace un “mapeo” interno optimizando la búsqueda: ("leukaemia"[All Fields] OR "leukemia"[MeSH Terms] OR "leukemia"[All Fields]) AND ("imatinib"[Substance Name] OR "imatinib"[All Fields]) AND microarrays[All Fields] (este “mapeo” interno se puede ver en pestaña “ Search Details”) • Por nombre del autor Sin signos de puntación (no vale Bardsley, W.G.) Vale con una inicial o sólo apellido: Bardsley W o Bardsley Si apellido es palabra reservada MESH: Gene[Author] Bardsley WG • Por revista J Biol Chem Journal of Biological Chemistry Nota previa: PubMed no distingue entre mayúsculas y minúsculas

  14. Búsquedas en PubMed (algunas estrategias generales) Fuerza la búsqueda de la frase entera como está escrita: • Uso de “comillas” “Philadelphia chromosome” • Conviene usar “guiones” cuando la palabra se escriba así: Marine-aquaculture • Uso de truncamientos mediante signo * : Bacter* (cogería: bacteria, bacterias, bacterium, bacteriophage, etc.) (importante para capturar singulares y plurales pero puede ser peligroso y encontrar citas excesivas)

  15. Ejemplo de búsqueda básica • Una búsqueda básica del fármaco DASATINIB arroja 1291 citas. • Son excesivas y se impone delimitar la búsqueda usando algún filtro. Filters

  16. Uso de filtros para acotar una búsqueda en PubMed

  17. Tipos de listado de referencias (“display settings”)

  18. Listado en formato “Abstract”

  19. Presentación en formato “Abstract” de 1 referencia seleccionada Related citations

  20. Opciones de “guardar como” (“send to”) Salva un archivo que importaremos al gestor RefWorks

  21. Búsquedas en PubMed (combinación de palabras claves) • Uso de operadores booleanos AND OR NOT • El uso de paréntesis es muy recomendable: (atovaquone AND proguanil) OR (Malarone) AND (malaria) AND (prophylaxis OR prevention) (los operadores se suelen escribir con mayúsculas )

  22. Búsqueda avanzada en PubMed

  23. Resultados búsqueda avanzada anterior

  24. Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”)

  25. Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”)

  26. Búsquedas específicas en PubMed • Buscar citas concretas (Single citation matcher) • Buscar por términos médicos MESH (MESH base) • Buscar por aspectos clínicos (Clinical queries) • Buscar ensayos clínicos en curso (Clinical trials)

  27. Búsqueda de citas concretas (Single citation matcher)

  28. Resultado del “Single citation matcher” anterior

  29. Búsqueda por términos médicos MeSH (1/4) nosebleed epistaxis • Por términos MESH • (búsqueda por conceptos médicos estandarizados y jerarquizados)

  30. Búsqueda por términos MESH (2/4) Se escribe término deseado: Por ej. nosebleed

  31. Búsqueda por términos MESH (3/4) Se marca algún subheading (e.g. mortality) Pulsar en Add search builder Pulsar en Search PubMed Aparecerá esta pantalla:

  32. Búsquedas por términos MESH (4/4) Aparecerá el listado de referencias

  33. Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 1/2 consultas

  34. Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 2/2

  35. Búsqueda por ensayos clínicos en curso (“Clinical trials”) 1/4

  36. Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 2/4 Resultados búsqueda imatinib

  37. Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 3/4

  38. Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 4/4 Imatinib AND Salamanca

  39. Como guardar búsquedas de PubMed en “MyNCBI” usando el botón “save search”

  40. Darse de alta en “MyNCBI”

  41. Etapas para guardar en MyNCBI • Darse de alta • Guardar búsquedas con nombres • Configurar actualizaciones y alertas

  42. Botón “Save search”

  43. Botón “Save search”

  44. Botón “Save search” (y alertas) Todo esto se guarda en MyNCBI Veremos a continuación como guardarlo en un gestor de citas bibliográficas

  45. El “guardar” desde PubMed es “send to”

  46. Gestores de citas bibliográficas(Programa RefWorks)

  47. Gestores de citas bibliográficas(Programa RefWorks) • Darse de alta dentro WIFI USAL (gratis) • Crear carpetas • Importar citas

  48. Incorporando citas a un documento (MS Word y RefWorks a la vez: Write-N-Cite)

  49. Incorporando citas a un documento(Documento definitivo (guardar con otro nombre)

  50. Haciendo la bibliografía de forma automática con RefWorks Bibliografía AbleBits (2008) Add-in tools for excel. WWW document. URL: http://www.ablebits.com/about-us.php. ASTERIAS (2008) Applications for the analysis of genomic data. WWW document. URL: http://asterias.bioinfo.cnio.es/. Bardsley, W.G. (2009) SIMFIT statistical package. university of manchester (U.K.). WWW document. URL: http://www.simfit.man.ac.uk. Bax, L., Yu, L.M., Ikeda, N. & Moons, K.G. (2007) A systematic comparison of software dedicated to meta-analysis of causal studies. BMC Medical Research Methodology, 7, 40. Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995) Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. J. R. Statis. Soc. B. 57, 289-300. Breitling, R. & Herzyk, P. (2005) Rank-based methods as a non-parametric alternative of the T-statistic for the analysis of biological microarray data. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 3, 1171-1189. Breitling, R., Armengaud, P., Amtmann, A. & Herzyk, P. (2004) Rank products: A simple, yet powerful, new method to detect differentially regulated genes in replicated microarray experiments. FEBS Letters, 573, 83-92.

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