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1. Emergence of Zaire Ebola Virus Diseasein Guinea — Preliminary ReportEmergence de la maladie du Zaïre Ebola virus en Guinée - Rapport préliminaire

2. Content • Describes the detection of the virus strain causing the outbreak in the BSL4 laboratories in Lyon, France and Hamburg, Germany • Describes the timeline of the outbreak until detection of the virus in the cases confirmed in Lyon and Hamburg • Does not describe samples tested in Guinea

3. Teneur • Décrit la détection de la souche de virus à l'origine de l'épidémie dans les laboratoires de BSL4 à Lyon, en France et Hambourg, Allemagne • Décrit la chronologie de l'épidémie jusqu'à la détection du virus dans les cas confirmés à Lyon et Hambourg • Ne décrit pas les échantillons testés en Guinée

4. Activities described • 14 March: Dr. Emmanuel Roland Malano, Dr. Emmanuel Heleze, Dr. Mamadou Saliou Sow, Dr Lamine Koivogui, and Dr. Bare Soropogui arrived in Gueckedou. • 18 March: Team of MSF arrived • Both teams started epidemiological investigation, collection of samples • Samples taken by Team Lamine were given to MSF. • MSF sent 20 samples from both teams to Europe.

5. Les activités décrites • 14 Mars: Dr Emmanuel Roland Malano, le Dr Emmanuel Heleze, Dr Mamadou Saliou Sow, Dr Lamine Koivogui, et le Dr Bare Soropogui sont arrivés à Guéckédou. • 18 Mars: L'équipe de MSF est arrivée • Les deux équipes ont commencé une enquête épidémiologique et la collecte d'échantillons • Les échantillons prélevés par l'équipe du Dr Lamine ont été donnés à MSF. • MSF a envoyé 20 échantillons des deux équipes en Europe.

6. Results of the Laboratories in Europe • 15 of 20 patients positive for Ebola virus Zaire • PCR positive • Virus culture positive • Electron microscopy positive

7. Les résultats des laboratoires en Europe • 15 des 20 patients positifs pour le virus Ebola Zaïre • PCR positives • La culture du virus positive • Microscopie électronique positive

9. Virus sequencing and phylogeny done in Hamburg • Virus from 3 patients was completely sequenced • Phylogeny analysis shows a separate the virus is Ebola Zaire Virus • The virus is a new strain of Zaire Ebola virus • Confusion due to terminology: Now, Zaire Ebola virus is called just Ebola virus

10. Séquençage du virus et phylogénie fait à Hambourg • Les virus de 3 patients ont été complètement séquencés • Analyse de phylogénie montre un virus unique et proche d’Ebola Zaïre • Le virus est une nouvelle souche du virus Ebola Zaïre • Confusion due à la terminologie: maintenant, le virus Ebola Zaïre est appelé juste virus Ebola

12. Where does the outbreak comes from? • Looking back from the confirmed cases • Transmission chains indicate a health care worker from Gueckedou spread the disease to Macenta • First case may be a child in village Meliandou who died in December 2013 • Outbreak was caused by a single source

13. D'où vient l'épidémie? • Enquête rétrospective des cas confirmés • Chaînes de transmission indiquent qu'un travailleur de santé de Guéckédou a propagé la maladie à Macenta • Premier cas peut être un enfant dans le village de Meliandou décedé en Décembre 2013 • Épidémie a été causée par une seule source (un seule chaine)

14. Matching confirmed cases with transmission chainsCorrespondant à des cas confirmés par des chaînes de transmission

16. Conclusions • Single source outbreak probably started in December • Caused by a new strain of Ebola virus Zaire • Demonstrates rapid response of Guinea to investigate the outbreak • Great success of research collaboration between Guinea and Europa • Very positive response from the scientific community around the world for getting these results so early

17. Conclusions • Épidémie de source unique a probablement commencé en Décembre • Causée par une nouvelle souche du virus Ebola Zaïre • Démontre une réponse rapide de la Guinée pour enquêter sur l'épidémie • Grand succès de la collaboration scientifique entre la Guinée et l’Europe • Réponse très positive de la communauté scientifique dans le monde entier: obtention et présentation rapide des résultats

18. Implications for the current outbreak • Outbreak response: The outbreak is caused by Zaire Ebola virus. Therefore, high case fatality rate is expected (up to 90%), but no consequence for outbreak response • Diagnostics: Available assays have been checked with the sequences and will work. • Experimental therapeutics and vaccines: Experiments to test efficacy of experimental therapeutics and vaccines will be initiated in Biosafety level 4 Laboratories around the world • Ecological studies: The virus most likely originates from Guinea and may circulate here since some time. Studies are warranted to identify the animal reservoir. • Preparation for future public health: Raise in public awareness to avoid contact with potential animal sources (monkeys, bats)

19. Implications pour l’épidémie actuelle • Réponse: L’épidemie est causée par le virus Ebola Zaire, d’où la mortalité importante attendue (Peut atteindre 90%), mais aucun changement dans la réponse, et la surveillance épidémiologique. • Diagnostics: Les méthodes actuelles de détection moléculaire ont été verifiées á partir de la séquence obtenue et sont valides. • Traitement experimentaux et vaccins: Les experiences pour tester l’efficacité des traitements et vaccins experimentaux seront initiées dans les laboratoires de classe 4 dans le monde • Etudes écologiques: Selon toutes vraisemblances, le virus existe en Guinée et circule depuis quelques temps. Il serait nécessaire d’identifier le réservoir animal. • Préparation pour le futur: Attirer l’attention du public sur les contacts dangereux avec les sources animales potentielles (singes, chauve-souris). Plans et préparation pour le futur.

20. Thanks to the authors for their great work - I was just the coordinatorMerci aux auteurs pour leur excellent travail - j'étais juste le coordinateur 1 National Reference Center for Viral Hemorrhagic Fevers, Lyon, France 2 Unité de Biologie des Infections Virales Emergentes, Institut Pasteur, Lyon, France 3 Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Université de Lyon, INSERM U1111, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Université Lyon 1, CNRS UMR5308, Lyon, France 4 Laboratoire P4 Inserm-Jean Mérieux, US003, Lyon, France 5 Bernhard-Nocht-Institute for Tropical Medicine, WHO Collaborating Centre for Arbovirus and Haemorrhagic Fever Reference and Research, Hamburg, Germany 6 German Centre for Infection Research (DZIF), Partner Site Hamburg, Germany 7 Institut National de Santé Publique, Conakry, Guinea 8 Université Gamal Abdel Nasser de Conakry, Laboratoire des Fièvres Hémorragiques en Guinée, Conakry, Guinea 9 Hôpital National Donka, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Conakry, Guinea 10 Ministry of Health Guinea, Prevention and Disease Control, Conakry, Guinea 11 Médecins Sans Frontières, Brussels, Belgium 12 Médecins Sans Frontières, Geneva, Switzerland 13 Epicentre, Paris, France 14 Section Prévention et Lutte contre la Maladie à la Direction Régionale de la Santé de Nzérékoré, Nzérékoré, Guinea 15 Section Prévention et Lutte contre la Maladie à la Direction Préfectorale de la Santé de Guéckédou, Guéckédou, Guinea 16 Hôpital Prefectoral de Guéckédou, Guéckédou, Guinea 17 World Health Organization, Conakry, Guinea 18 Pole de Génotypage des Pathogènes, Unité de Recherche et d’Expertise Environnement et Risques Infectieux, Institut Pasteur, Paris, France 19 World Health Organization, African Regional Office, Brazzaville, Republic of Congo 20 World Health Organization, Geneva, Switzerland