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MIDI System 구성

MIDI System 구성. 1. 가스 크로마토그래프 (Agilent GC): - 분리용 컬럼 : 25m X 0.20mm X 0.33 um Ultra-2 capillary column - 검출기 : FID 2. 자동시료 주입장치 (Autosampler) 3. Chemstation software 4. Computer & Printer 5. MIDI System Software. MIDI System diagram. 실험 진행 순서.

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Presentation Transcript

  1. MIDI System 구성 1. 가스 크로마토그래프(Agilent GC): - 분리용 컬럼: 25m X 0.20mm X 0.33 um Ultra-2 capillary column - 검출기 : FID 2. 자동시료 주입장치(Autosampler) 3. Chemstation software 4. Computer & Printer 5. MIDI System Software

  2. MIDI System diagram

  3. 실험 진행 순서

  4. Package Library Name Growth Medium Aerobe TSBA40 CLIN40 MI7H10 Aerobes,28℃,24hr, on Trypticase soy broth agar. MRSA. Clinical Aerobes,35℃,24hr, on Blood agar, Chocolate, etc. Mycobacteria,35℃,5-10%CO2,on Middlebrook 7H10 Anaerobe BHIBLA MOORE Anaerobes,35℃,48hr,on BHIBLA VPI Broth-grown Anaerobe Library Yeast YST28 YSTCLN FUNGI ACTIN1 Yeasts,28℃,24hr,SAB Dextrose agar Yeasts,28℃, 24hr,SAB Dextrose agar Fungi,28℃, 2-5days, in SAB Dextrose broth Actinomycetes,28℃,3-10days in Tripticase soy broth 실험방법(1) 1. 미생물을 표준화된 배지에 배양

  5. 실험방법(2) 2. 시료 전처리 과정 Harvesting : 표준배지에서 배양된 균체 채취 Saponification: 세포막의 지질로부터 균체 지방산 분리 Methylation: 지방산에 methyl esters 형성 Extraction: 지방산을 수용층에서 유기층으로 전이 Base wash : GC로 분리 전 추출된 유기층 정제 정제된 지방산을 GC vial로 옮김

  6. 실험방법(3) 3. 시료 전처리 후 과정 • Sherlock sequence sample table 작성 • “Start sequence”클릭하면 이때 부터 안정화된 GC에 채취한 시료 자동 주입, 결과 분석 및 프린트가 자동으로 • 실행됨 • - Running 후 20.75분 후, 하나의 시료분석 결과출력됨 • - 자동 calibration 실행과 자동 데이터 저장기능

  7. Sherlock Sequence Table

  8. Composition Report

  9. MIDI System의 기능 • 기본적 기능 : MIDI system software Library에 • 있는 데이터와 비교하여 미지 미생물의 속, 종 • 및 아종을 동정함 • (결과값은 Similarity Index로 나타남) • 2) 선택 기능 : Library Generation Software 이용 • 2-D plots(subgrouping) • Dendrogram(subgrouping) • 사용자 스스로 library 형성 (data library에 포함가능)

  10. 2-D plot &Dendrogram • 목적 - 시료들간의 관련도 분석 - 시료가 오염되었는지 Subgroup이 존재하는지를 알 수 있음 (품질관리, 임상 보건 분야에서 유용하게 사용되고 있음) • 2-D 데이터 해석 ; 사용단위 ED2(X축*Y축간 차이) - 110 미만 : 같은 종 - 60 미만 : 같은 아종 또는 biotype - 30 미만 : 같은 strain 을 따로 running한 것 2) Dendrogram 해석 ; 사용단위ED(Euclidian Distance) - 10 미만 : 같은 종 - 6 미만 : 같은 아종 - 2.5 미만 : 같은 strain 을 따로 running한 것

  11. 예1) 2-D plot

  12. 예2) Dendrogram

  13. MIDI system기능의 단계별 응용 1단계 : 기존에 존재하는 data library를 이용한 미생물의 분류 동정(아종까지) 2단계: LGS를 이용한 Dendro-gram과 2-D plot (종사이의 유연관계 조사) 3단계: LGS를 이용한 library구축. 미생물 뿐만 아니라 지방산을 함유 물질의 library 구축 및 기존 data library에 새롭게 entry시킴 4단계: 지방산 뿐 만 아니라 GC를 이용해 수행할 수 있는 모든 분석을 기준으로 물질 구분

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