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Gérer les références bibliographiques de son unité avec Endnote

Gérer les références bibliographiques de son unité avec Endnote. Dominique Fournier fournied@supagro.inra.fr 22 janvier 2008. Déroulement de la journée. Matin 1 généralités sur les logiciels de gestion bibliographique 2 prise en main du logiciel Endnote

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Gérer les références bibliographiques de son unité avec Endnote

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  1. Gérer les références bibliographiques de son unité avec Endnote Dominique Fournier fournied@supagro.inra.fr 22 janvier 2008

  2. Déroulement de la journée Matin 1généralités sur les logiciels de gestion bibliographique 2 prise en main du logiciel Endnote 3 typologie des références bibliographiques 4 alimentation d’une base Endnote 5 importation des références (ProdInra, Web of Science) Après-midi 6 édition de listes de publications 7 mise en forme de listes (styles) 8 fonctions avancées 22/01/2008

  3. Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques

  4. Pourquoi utiliser un logiciel bibliographique ? Conserver les publications des chercheurs de l’unité en vue de leur utilisation ultérieure Par import de références / Par saisie manuelle Retrouver facilement l’information par des recherches et trisgain de temps considérable Gérer les documents numériques (pdf ou URL)références bibliographiques + documents numériques (articles pdf, fichier word, …) Editer des listes de publications « à la carte »en respectant les contraintes des dossiers, les normes éditoriales (styles). Gagner du temps lors de la constitution de dossiersliste par chercheur, équipe, UMR, … Communiquer autour des publis de l’unité page web (HTML); tableaux (XLS); création de notices dans ProdInra; export XML; …. 22/01/2008

  5. Panorama de l ’offre commerciale Les grands classiques : End Note Reference Manager Procite ISI http://www.risinc.com/rscompare.asp BibTex (lien avec LateX) Autres logiciels Biblioscape Bookends Plus (uniquement Macintosh)Bookwhere, Library Master, Papyrus Quelques logiciels libresBibus, Zotero (groupe de travail Agropolis) : test 2007-2008 22/01/2008

  6. Caractéristiques d’EndNote

  7. Vocabulaire de base Library Bibliothèque, base de données de références biblio Référence bibliographique identifiant unique : record number format d’enregistrement correspondent à 1 type de documents : Reference type (Journal article, book, book section, …) Informations spécifiques à un type de documents : champs (fields) Champs et styles saisie des informations dans des champs séparés édition « à la carte » selon un ordre et une mise en forme déterminés par le style bibliographique 22/01/2008

  8. Caractéristiques d’EndNote Gestionde références biblio 32000 réf. / Bibliothèques (plus de limites à partir de v.8) Nbre illimité de bibliothèques Grille standard prédéfinie: des types de documents (bibliographiques + multimédia) des champs descriptifs (40-50 / type de document) 64 000 caractères / document (16 p.) Moteur de recherche: interrogation / champs tri, exportation, Création d’une bibliographie (CWYW) lien direct avec Word styles (instructions / revues)  1300 différents (version 9) + possibilité d’en créer des personnels Récupération de références bibliographiques : bases externes filtres de conversion (Filters) fichier de connexion(connection) 22/01/2008

  9. (.enz) (.enf) (.ens) (.dot) Les fichiers et répertoiresdu logiciel EndNote Edit > Preferences… > Folder Locations 22/01/2008

  10. Infos sur les versions plus récentes Attention ! Pas de « compatibilité descendante » / versions antérieures d’Endnote Restriction de compatibilité (OS, traitement de texte) Version 8 – 9 (et X) gestion du format unicode, taille des bases illimités, nouveaux types de références, nouveaux champs, gestion des préférences 22/01/2008

  11. Liens utiles site officiel :http://www.endnote.com manuel EndNote7 (français - 55 p.): http://www.nantes.inra.fr/ aide-mémoire (2 pages): http://www.bordeaux.inra.fr/ Ce que l’on peut faire avec Endnote 7 (Cemagref 40 diapos) : http://ist.cemagref.fr/ FAQ Endnote (IRD) : http://www.mpl.ird.fr/documentation/ Supports de cette formation: http://www.montpellier.inra.fr/documentation/ >> Gérer sa bibliographie ou Adresses utiles 22/01/2008

  12. Le logiciel EndNote sur le campus Inra SupAgro • Version 6, 7, 9 et X (PC et Mac) • Inscription préalable auprès de l’UICformulaire à remplir en ligne • Installation (paramétrage du poste de travail + lien avec word) • W:\Biblio\EndNote7\Netsetup.exe Dans certains cas, fichiers .dll et .dot à copier dans le répertoire de démarrage de word (outils > options > répertoire par défaut) • Lancement de l’application • W:\Biblio\EndNote7\EndNote7.exe 22/01/2008

  13. Prise en main d’Endnote

  14. Les Bibliothèques de référencesEndNote Library *.enl • Création • ouverture / fermeturedescriptionles références • - description (champs) • création / suppression • visualisation (notion de style) 22/01/2008

  15. Create a new Endnote libraryOK Les fois suivantes : Open an existing EndNote libraryBrowse... 1 - Créer une bibliothèque ( = une librairie) Astuce + rapide : Cancel File Open Dans : Mes Documents\Endnote Nom : prénomType: EndNote Library (*.enl)Enregistrer 22/01/2008

  16. Fermeture (sauvegarde) 2 - Travail sur une librairie découverte d’Endnote W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl Ouverture - Fermeture - Personnalisation 22/01/2008

  17. 3 - Description d’une bibliothèque W:\Biblio\Endnote7\Examples\Paleo.enl 22/01/2008

  18. Tri rapide des référencesdouble-clic ou References > Sort References Affichage des champs(Auteur, Date, Titre par défaut) Edit >Preferences>Display Fields 22/01/2008

  19. Nom de la référence (auteur, année, n°) Type de document Champs Navigation entre références 4 - Description d’une référence bibliographique 22/01/2008

  20. Les différents types de documents Edit > Preferences … > Reference Type > Modify Reference Types … Il existe 25 types de documents prédéfinis (34 dans version 9) possibilité d’en créer des nouveaux (3 Unused) Chaque type de documents peut être décrit par 40 champs (51 dans version 9) Les champs d’informations disponibles varient en fonction du type de document choisi, mais on retrouve une certaine logique sur une même ligne (auteur, date, lieu = de colloque, de soutenance, d’édition, …) Possibilité de tout modifier sauf le type Generic qui sert de référence pour la dénomination des champs (dans les menus de recherche, …) Ces modifications concernent la configuration d’Endnote sur votre ordinateur (ne sont pas attachées à la librairie !) 22/01/2008

  21. 5 – Prévisualisation d’une référence bibliographique et notion de style Style Écran de prévisualisation d’une référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Style: fichier spécifique à Endnote, contenant la nature des champs et leurs caractéristiques de mise en forme dans Word, pour obtenir une certaine présentation des citations et des références bibliographiques 22/01/2008

  22. STYLES - compléments Pour sélectionner d’autres styles Pour sélectionner un style par défaut Edit > Output Styles Open Style manager …Sélectionner les styles en fonction du titre de la revue Edit > Output Styles Ils sont localisés dans le répertoire W:/Biblio/Endnote7/Styles- 1012 styles dans la version 7 - 1383 styles dans la version 9Ils utilisent des modèlesqui déterminent pour chaque type de document quels champs sont utilisés, dans quel ordre et sous quelle forme Auteur (nom prénom), Année. Titre. Revue, volume, page. 22/01/2008

  23. Exercice : Prévisualiser une référence bibliographique avec différents styles Écran de prévisualisation d’une référence, mise en forme avec un style par défaut (ou préalablement sélectionné) Author-Date Cell Nature Science Sélectionner dans le Style Manager les styles correspondant aux revues Cell, Science et NaturePrévisualiser une référence avec ces 3 styles différents 22/01/2008

  24. 6 - Personnalisation de son environnement de travail Possibilité de choisir les colonnes qui sont affichées à l’écran Edit > Preferences … > Display Fields 22/01/2008

  25. 7 - Personnalisation de la grille de saisie Edit > Preferences … > Reference Type > Modify Reference Types … Possibilité de : - modifier l’intitulé d’un champ ou d’un type de document, - supprimer un champ - masquer un type de document . .Manuscript Ces modifications concernent la configuration d’Endnote sur votre ordinateur (ne sont pas attachées à la librairie !) 22/01/2008

  26. EXERCICE : Modification de la grille saisie Ouverture de votre base prénom.enl Ne conserver que 6 types de documents Article Ouvrage Chapitre Communication à des colloques Thèse Brevet Simplifier la grille de saisie pour les articles (suppression de champs inutiles, termes en français) Auteur, Année, Titre Revue, Volume, Issue, Pages Mots-clés, Résumé Créer 1 champ équipe (custom1) type de document (custom2) 22/01/2008

  27. Type de références Saisie manuelle Aide à la saisie Enregistrement de références bibliographiques dans une bibliothèque EndNote

  28. References Types Edit Preferences > Reference Type Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused  Unused2 Computer program Electronic source Audiovisual material Film or Braodcast Artwork Map Patent Hearing Bill Statute Case Figure Chart or table Equation Unused  Unused2 Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication Generic Journal Article Book Book section Manuscript Edited book Magazine article Newspaper article Conference proceeding Thesis Report Personnal communication 22/01/2008

  29. References > New Reference Sélection du type de document Principales règles de saisie : 1 - Création d’une nouvelle référence 22/01/2008

  30. Exercice : Saisie manuelle Ouvrir votre librairie prénom.enl Saisir les différents types de documents proposés dans le fichier FP-endnote-liste-publis.doc Associer une référence avec un document word 22/01/2008

  31. 2 - Aide à la saisie - Correction orthographe Endnote peut effectuer la vérification automatique d’orthographe d ’une notice ouverte Tools > Spell Check selon le dictionnaire choisi et la langue Edit >Preferences >Spell Check > Options 22/01/2008

  32. 3 - Les listes de termes (term lists) Endnote complète automatiquement l’entrée des termes à l ’aide d ’index (Term Lists) Par défaut: Authors, Journals, Keywords Tools > Open Term Lists Un terme « nouveau » apparaît en rouge Saisie assistée (termes proposés) C  Vérification a posteriori du contenu des listes 22/01/2008

  33. 4 – Utilisation de nouvelles listes de termes Création d ’autres listes de contrôle à la saisie (UMR, équipe, etc…) Tools > Define Term Lists Create List… lui donner un nom (par exemple CSS) Update List… choisir les champs qui vont alimenter cette liste (Custom3 = classification CSS) Import List… importer une liste en format texte (. Txt) CSS.txt revues scientifiques 3 listes proposées (W:/) répertoire Term Lists: Medical.txt, chemical.txt, humanities.txt Link List … relier les champs à cette liste de termes (custom 3) 22/01/2008

  34. EXERCICE - Importation de listes de termes - Créer une liste (CSS) et importer le fichier CSS.txt(typologie des publications écrites pour l’évaluation des chercheurs INRA) > Tools > Define Term List > Create List > Import List > Link Lists (custom1   CSS) - Caractériser les publications que vous avez saisi manuellement 22/01/2008

  35. Gestion des PDF avec EndNote

  36. Lien vers un document numérique (URL, DOI) Information à renseigner dans le champ URL Si DOI: Dans le champ URL : http://dx.doi.org/… De + en + de revues demandent le DOI des articles cités dans la bibliographie.  mettre l’information dans un champ (exemple : Label) DOI : 10.1104/pp.103.029876 22/01/2008

  37. Lien avec un document (fichier pdf) References Link To …. Select a file to link to the reference (URL, doc, pdf, xls, …)  Lien relatif ! Pour accéder au document attaché : References Open Link Ou clic-droit  Rque : Meilleure gestion des fichiers à partir de la version X 22/01/2008

  38. Importer des références dans sa base EndNote

  39. Importer des références Sources de références bibliographiques Méthodes : Connexion directe sur BDD Exportation directe depuis des BDD Importation de fichiers (filtres) 22/01/2008

  40. A partir de quelles sources ?Par quelle méthode ? Fichier texte structuréFile Import : Tab delimited (Import option) faire précéder le type biblio par * (ex: *generic) et séparer les champs par <tab> Base Endnote File Import : endnote Library (Filter) Sources externes périodiques électroniques, bases de données bibliographiques Import du fichier sauvegardé pour export vers un logiciel bibliographique > File Import : sélection du Filtre correspond à la source interrogée Téléchargement direct (Filtre & transfert automatique) Connection à la base de donnée à partir d’Endnote (Connexion) 22/01/2008

  41. Importer des références à partir de périodiques électroniques En général, l’export se fait de façon quasi-automatique à partir des sites des éditeurs 22/01/2008

  42. Tools Connect … Importer des références en se connectant directement à la BDD à partir d’Endnote Rechercher les publications 2007 des chercheurs INRA Montpellier en se connectant à PubMed à partir d’Endnote en utilisant fichier de connexion PubMed(NLM) 22/01/2008

  43. File Import Importer des références par transfert de fichier Faire la recherche dans la base de données bibliographiques Sauvegarder les références dans un format lisible par Endnote (txt) Importer les références dans la base Endnote en utilisant un Filtre d’import 22/01/2008

  44. Exemple : PubMed http://www.pubmed.com/ Recherche avancée Display Medline Send to File  pubmed-result.txt Importation sous EndNote avec le filtrePubMed(NLM) 22/01/2008

  45. Importer des références automatiquement Comme les sites de périodiques, de nombreuses bases de données proposent l’export « automatique » des références vers Endnote (et/ou autres logiciels de gestion biblio) Exemple : ProdInra portail Inra : toutes les bases du WOK à l’exception de CAB (import indirect + filtre Cab_Wok) 22/01/2008

  46. Récupération des références à partir des BDD de la plateforme Inra 22/01/2008

  47. Récupération des références à partir des BDD de la plateforme Inra (2) 22/01/2008

  48. Récupération dans ProdInra les articles de votre unité http://www.inra.fr/prodinra • Faire une recherche dans ProdInra • Numéro unité • Sélection des notices : • toutes les notices cochées (dans cette page) • toutes les notices de cette page • toutes les notices (dans ces résultats) Transférer les notices dans le panier : Imprimer : Exporter : Excel, Endnote 7 22/01/2008

  49. Récupération dans le Web of Science des 20 publications les plus récentes de votre unité Dispositif revelec > WOS > GENERAL SEARCH 22/01/2008

  50. Autres sources … Tableau récapitulatif - Documentation / Inra Montpellier http://www.montpellier.inra.fr/documentation/importation_endnote.htm Biomed Central Agricola Google scholar 22/01/2008

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